vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS10.18699/VJ18.361vavilov-1455Research ArticleБИОРЕСУРСНЫЕ КОЛЛЕКЦИИBIORESOURCE COLLECTIONSПротокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмовInformation system on microbial collections as a part of bioresource collections portal for Russia’s FASO organizations: a working protocolКазанцевФ. В.KazantsevF. V.

Новосибирск

Novosibirsk

СмирноваА. А.SmirnovaA. A.

Новосибирск

Novosibirsk

РозановА. С.RozanovA. S.

Новосибирск

Novosibirsk

УвароваЮ. Е.UvarovaYu. E.

Новосибирск

Novosibirsk

АфонниковД. А.AfonnikovD. A.

Новосибирск

Novosibirsk

ПельтекС. Е.PeltekS. E.

Новосибирск

Novosibirsk

ЛашинС. А.LashinS. A.

Новосибирск

Novosibirsk

ashin@bionet.nsc.ruФедеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университетРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS; Novosibirsk State UniversityRussian FederationФедеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наукРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RASRussian Federation201808042018222279284Copyright © Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А., 20182018Казанцев Ф.В., Смирнова А.А., Розанов А.С., Уварова Ю.Е., Афонников Д.А., Пельтек С.Е., Лашин С.А.Kazantsev F.V., Smirnova A.A., Rozanov A.S., Uvarova Y.E., Afonnikov D.A., Peltek S.E., Lashin S.A.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/1455

Во многих научных организациях России имеются коллекции микроорганизмов, по которым накоплены большие объемы информации. Эти данные представляют описание объектов разной природы (бактерии, археи, грибы, протисты) и их свойств, которые были собраны и каталогизированы поколе­ ниями исследователей. Не каждая организация, располагаю­ щая такими коллекциями, имеет электронный каталог с от­ крытым доступом, что осложняет работу с этими уникальными материалами для самих держателей коллекций, приводит к фактическому отсутствию доступа к биологическим образцам для широкого круга сторонних исследователей. В целях облег­ чения обмена информацией между держателями коллекций из разных организаций и сообществом исследователей требуется разработка обобщенного электронного каталога коллекций микроорганизмов, обеспечивающего единообразный свобод­ ный доступ научного сообщества к информации возможно большего списка коллекций. Для объединения информации по коллекциям микроорганизмов в рамках проекта по созданию информационной системы для биоресурсных коллекций ин­ ститутов ФАНО России (http://www.biores.cytogen.ru) создан портал биоресурсных коллекций микроорганизмов (http:// www.biores.cytogen.ru/microbes/), который является площад­ кой, на которой организации-держатели коллекций могут разместить информацию о единицах хранения своих коллек­ ций, а также другие данные по коллекциям, включая ссылки на собственные каталоги. В настоящей статье мы описываем принципы работы с порталом в рамках направления коллек­ ций микроорганизмов. Графический интерфейс портала позво­ ляет получать пользователям, как зарегистрированным, так и незарегистрированным, следующую информацию о коллекци­ ях микроорганизмов: список коллекций, представленных в базе данных, контактные данные организации и сведения о кураторе коллекции, сводную статистику по каждой из них, а также информацию о единицах хранения. Зарегистрирован­ ные пользователи-держатели коллекций имеют возможность создавать и модифицировать записи о единицах хранения своих коллекций, а также актуализировать их описание. Для автоматизации работы с порталом реализован также доступ к базе данных посредством программного протокола (REST API, http://api.biores.cytogen.ru/microbes/). В настоящее время про­ исходит наполнение портала, который уже содержит описание более чем 13 тыс. единиц хранения (из них 3.5 тыс. приходится на биоресурсные коллекции микроорганизмов) 65 биоресурс­ ных коллекций организаций ФАНО России (из них 12 коллек­ ций микроорганизмов с суммарным разнообразием фондов порядка 50000 штаммов).

Nowadays, many scientific organizations of Russia own collections of microorganisms on which large volumes of information have been generated. These data represent the descriptions of objects of diverse nature (bacteria, archaea, fungi, protists) and their properties, which have been carefully collected and cataloged by generations of researchers. Not every organization that has such collections has an open access electronic catalog, which not only complicates work with these unique materials, but also even hides the fact of the existence of such collections. This state of affairs requires the development of electronic resources for presenting these materials to the scientific community. To put together the information on microorganism collections, we have developed an internet portal (http://www.biores.cytogen.ru/microbes/) of microbial bioresource collections of FASO organizations in the Russian Federation. The portal was created under the project developing the information system for bioresource collections of FASO institutes. It is a platform where collection organizations can place information about the storage units of their collections, as well as other information on collections, including links to their own catalogs. In this paper, we describe the principles of working with the portal. The portal’s graphical interface allows users, both registered and unregistered, to receive the following information about collections of microorganisms: a list of collections represented in the database, contact details of the organization and information about the curator of the collection, summary statistics for each collection, as well as information on storage units. Registered users – owners of collections – have the opportunity to create and modify records about the storage units of their collections, and to update their description. To automate work with the portal, software access to the database through the REST API has been implemented (http://api.biores.cytogen.ru/ microbes/). At present, the portal is still being filled, but it already contains a description of more than 13,000 items of storage (of which 3500 are in the microorganisms’ part) of 65 bioresource collections in Russia’s FASO organizations. Of these collections, 12 with microorganisms have a total diversity of funds of about 50,000 strains).

биоресурсная коллекциябаза данныхинтернет-порталмикробиологическая коллекцияbioresource collectiondatabaseinternet portalmicrobial collectionReferencesChen G.Q., Jiang X.R. Next generation industrial biotechnology based on extremophilic bacteria. Curr. Opin. Biotechnol. 2018;50:94-100. DOI 10.1016/j.copbio.2017.11.016.Chen G.Q., Jiang X.R. Next generation industrial biotechnology based on extremophilic bacteria. Curr. Opin. Biotechnol. 2018;50:94-100. DOI 10.1016/j.copbio.2017.11.016.Kazantsev F., Akberdin I., Lashin S., Ree N., Timonov V., Ratushny A., Khlebodarova T., Likhoshvai V. MAMMOTh: a new database for curated MAthematical Models of bioMOlecular sysTems. J. Bioinform. Comput. Biol. 2017. DOI 10.1142/S0219720017400108.Kazantsev F., Akberdin I., Lashin S., Ree N., Timonov V., Ratushny A., Khlebodarova T., Likhoshvai V. MAMMOTh: a new database for curated MAthematical Models of bioMOlecular sysTems. J. Bioinform. Comput. Biol. 2017. DOI 10.1142/S0219720017400108.Larkum A.W., Ross I.L., Kruse O., Hankamer B. Selection, breeding and engineering of microalgae for bioenergy and biofuel production. Trends Biotechnol. 2012;30(4):198-205. DOI 10.1016/j.tibtech. 2011.11.003.Larkum A.W., Ross I.L., Kruse O., Hankamer B. Selection, breeding and engineering of microalgae for bioenergy and biofuel production. Trends Biotechnol. 2012;30(4):198-205. DOI 10.1016/j.tibtech. 2011.11.003.Lee S.Y., Kim H.U. Systems strategies for developing industrial microbial strains. Nat. Biotechnol. 2015;33(10):1061-1072. DOI 10.1038/ nbt.3365.Lee S.Y., Kim H.U. Systems strategies for developing industrial microbial strains. Nat. Biotechnol. 2015;33(10):1061-1072. DOI 10.1038/ nbt.3365.Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015;38(4):258-265. DOI 10.1016/j.syapm. 2015.02.008.Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015;38(4):258-265. DOI 10.1016/j.syapm. 2015.02.008.Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I.R., Peltek S.E. Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2014;18(4/2):989-998. (in Russian)Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I.R., Peltek S.E. Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2014;18(4/2):989-998. (in Russian)Schallmey M., Frunzke J., Eggeling L., Marienhagen J. Looking for the pick of the bunch: high-throughput screening of producing microorganisms with biosensors. Curr. Opin. Biotechnol. 2014;26: 148-154.Schallmey M., Frunzke J., Eggeling L., Marienhagen J. Looking for the pick of the bunch: high-throughput screening of producing microorganisms with biosensors. Curr. Opin. Biotechnol. 2014;26: 148-154.Sun Q., Liu L., Wu L., Li W., Liu Q., Zhang J., Ma J. Web resources for microbial data. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015;13(1): 69-72. DOI 10.1016/j.gpb.2015.01.008.Sun Q., Liu L., Wu L., Li W., Liu Q., Zhang J., Ma J. Web resources for microbial data. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015;13(1): 69-72. DOI 10.1016/j.gpb.2015.01.008.Xiao Z., Lu J.R. Strategies for enhancing fermentative production of acetoin: a review. Biotechnol. Adv. 2014;32(2):492-503. DOI 10.1016/j.biotechadv.2014.01.002.Xiao Z., Lu J.R. Strategies for enhancing fermentative production of acetoin: a review. Biotechnol. Adv. 2014;32(2):492-503. DOI 10.1016/j.biotechadv.2014.01.002.Wang Z., Zhuge J., Fang H., Prior B.A. Glycerol production by microbial fermentation: a review. Biotechnol. Adv. 2001;19(3):201-223. DOI 10.1016/S0734-9750(01)00060-XWang Z., Zhuge J., Fang H., Prior B.A. Glycerol production by microbial fermentation: a review. Biotechnol. Adv. 2001;19(3):201-223. DOI 10.1016/S0734-9750(01)00060-X

The authors declare that there are no conflicts of interest present.