vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-184Research ArticleСтатьиArticlesBioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИBioUniWA – WEB SERVICES GENERATION SYSTEM AND PIPELINES FOR UNIFIED ACCESS TO RESOURCES IN THE FIELD OF BIOINFORMATICSКомышевЕ. Г.KomyshevE. G.komyshev@bionet.nsc.ruГенаевМ. А.GenaevM. A.komyshev@bionet.nsc.ruГунбинК. В.GunbinK. V.komyshev@bionet.nsc.ruАфонниковД. А.AfonnikovD. A.komyshev@bionet.nsc.ruНовосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, РоссияРоссияNovosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia Institute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201310012015174/1607614Copyright © Комышев Е.Г., Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А., 20152015Комышев Е.Г., Генаев М.А., Гунбин К.В., Афонников Д.А.Komyshev E.G., Genaev M.A., Gunbin K.V., Afonnikov D.A.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/184

Представлена компьютерная система BioUniWA, предназначенная для автоматической генерации Web-сервисов для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики. Система BioUniWA изначально разрабатывалась как развитие системы BioInfoWF для поддержки доступа к вычислительным модулям и конвейерам посредством Web-сервисов.

Система BioUniWA способна автоматически генерировать Web-сервисы для вычислительных модулей и конвейеров, формальные описания которых определяются посредством языка XML. Данные Web-сервисы в дальнейшем могут использоваться как в различных биоинформационных системах, таких как Taverna, Galaxy, так и непосредственно в программном коде разрабатываемых приложений. Разработанный нами инструмент существенно упрощает аннотацию вычислительных модулей и конвейеров, а также их публикацию в сети Интернет.

Система BioUniWA распространяется под свободной лицензией GNU GPL. Дистрибутив и пользовательская документация системы BioUniWA доступны на сайте http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.

We present the BioUniWA system for automatic generation of web services for unified access to resources in the field of bioinformatics. The BioUniWA system was originally designed as the BioInfoWF development system to support access to computing modules and pipelines through web services. BioUniWA can automatically generate web-based applications for computational modules and pipelines whose formal descriptions are defined by a language based on XML. In the future, one will be able to use these web-based applications in a variety of bioinformational systems, such as Taverna or Galaxy, as well as directly in the source code of applications to be developed. We have designed a tool that greatly simplifies the annotation of computing modules and schemes of pipelines, as well as their publication via Internet.

BioUniWA is distributed under a free GNU general public license. The distribution package and user documentation are available at BioUniWA http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.

BioUniWAунификация доступаинтеграция данныхконвейерная обработка данныхописание вычислительных модулейWeb-интерфейсWeb-сервисбиоинформатикаBioUniWAunification of accessdata integrationpipelined data processingdescriptions of computational modulesweb interfaceweb servicesbioinformaticsСО РАН, РФФИ, РАН, программа поддержки ведущих научных школ НШ-5278.2012.4ReferencesГенаев М.А., Комышев Е.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А. BioInfoWF – система автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для биоинформационных исследований // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 849–857.Генаев М.А., Комышев Е.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А. BioInfoWF – система автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для биоинформационных исследований // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 849–857.Aloisio G., Cafaro M., Fiore S., Mirto M. A WorkFlow management system for bioinformatics grid // Proc. of the Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) Workshops, Naples, Italy, 2005.Aloisio G., Cafaro M., Fiore S., Mirto M. A WorkFlow management system for bioinformatics grid // Proc. of the Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) Workshops, Naples, Italy, 2005.Apache Software Foundation, Apache Tomcat. 2013. http:// tomcat.apache.orgApache Software Foundation, Apache Tomcat. 2013. http:// tomcat.apache.orgBray T., Paoli J., Sperberg-McQueen C.M. et al. Extensible Markup Language (XML) (2006). Available at: www. w3.org/TR/xml.Bray T., Paoli J., Sperberg-McQueen C.M. et al. Extensible Markup Language (XML) (2006). Available at: www. w3.org/TR/xml.Cerami E. Web services essentials: distributed applications with XML-RPC, SOAP, UDDI and WSDL. O’Reilly Media, Inc., 2002.Cerami E. Web services essentials: distributed applications with XML-RPC, SOAP, UDDI and WSDL. O’Reilly Media, Inc., 2002.Christensen E., Curbera F., Meredith G., Weerawarana S. Web services description language (WSDL) 1.1. 2001. http://www.w3.org/TR/wsdlChristensen E., Curbera F., Meredith G., Weerawarana S. Web services description language (WSDL) 1.1. 2001. http://www.w3.org/TR/wsdlDeelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workflows and e-Science: An overview of workflow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Nо. 5. P. 528–540.Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workflows and e-Science: An overview of workflow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Nо. 5. P. 528–540.Erl T. Service-oriented architecture. Englewood Cliffs: Prentice Hall, 2004.Erl T. Service-oriented architecture. Englewood Cliffs: Prentice Hall, 2004.Fielding R., Gettys J., Mogul J. et al. Hypertext transfer protocol–HTTP/1.1. 1999.Fielding R., Gettys J., Mogul J. et al. Hypertext transfer protocol–HTTP/1.1. 1999.Free Software Foundation, Inc., GNU General Public License, 2007. http://www.gnu.org/licenses/gpl.htmlFree Software Foundation, Inc., GNU General Public License, 2007. http://www.gnu.org/licenses/gpl.htmlGoecks J., Nekrutenko A., Taylor J. Galaxy a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. V. 11. No. 8. Р. R86.Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J. Galaxy a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. V. 11. No. 8. Р. R86.Gudgin M., Hadley M., Moreau J. et al. Simple Object Access Protocol (SOAP) 1.2. W3C, 2003.Gudgin M., Hadley M., Moreau J. et al. Simple Object Access Protocol (SOAP) 1.2. W3C, 2003.Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. V. 11. No. 3. P. 109–123.Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. V. 11. No. 3. P. 109–123.Hull D., Wolstencroft K., Stevens R. et al. Taverna: a tool for building and running workflows of services // Nucl. Acids Res. 2006. V. 34. Suppl. 2. W729–W732.Hull D., Wolstencroft K., Stevens R. et al. Taverna: a tool for building and running workflows of services // Nucl. Acids Res. 2006. V. 34. Suppl. 2. W729–W732.Kawashima S., Katayama T., Sato Y., Kanehisa M. KEGG API: A web service using SOAP/WSDL to access the KEGG system // Genome Inform. Ser. 2003. P. 673–674.Kawashima S., Katayama T., Sato Y., Kanehisa M. KEGG API: A web service using SOAP/WSDL to access the KEGG system // Genome Inform. Ser. 2003. P. 673–674.Pautasso C., Zimmermann O., Leymann F. Restful web services vs. big’web services: making the right architectural decision // Proc. 17th Intern. Conf. on World Wide Web. ACM, 2008. P. 805–814.Pautasso C., Zimmermann O., Leymann F. Restful web services vs. big’web services: making the right architectural decision // Proc. 17th Intern. Conf. on World Wide Web. ACM, 2008. P. 805–814.Postel J., Reynolds J. File transfer protocol. 1985., available at http://tools.ietf.org/html/rfc959Postel J., Reynolds J. File transfer protocol. 1985., available at http://tools.ietf.org/html/rfc959Postel J. Simple mail transfer protocol // Inform. Sci. 1982.Postel J. Simple mail transfer protocol // Inform. Sci. 1982.Richardson L., Ruby S. RESTful web services. O’Reilly, 2008.Richardson L., Ruby S. RESTful web services. O’Reilly, 2008.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.