vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-185Research ArticleСтатьиArticlesNETINFERENCE: ПРОГРАММЫ ДЛЯ АНАЛИЗА СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ СЕТЕЙNETINFERENCE: COMPUTER PROGRAMS FOR REVEALING NETWORK STRUCTURE AND DYNAMICSТитовИ. И.TitovI. I.titov@bionet.nsc.ruБлиновА. А.BlinovA. A.РудниченкоК. А.RudnichenkoK. A.КрутовП. В.KrutovP. V.КазанцевА. Л.KazantsevA. L.КуликовА. И.KulikovA. I.Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)РоссияNovosibirsk National Research State University, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Computational Mathematics and Mathematical Geophysics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationНовосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, РоссияРоссияNovosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia Institute of Computational Mathematics and Mathematical Geophysics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201310012015174/1615619Copyright © Титов И.И., Блинов А.А., Рудниченко К.А., Крутов П.В., Казанцев А.Л., Куликов А.И., 20152015Титов И.И., Блинов А.А., Рудниченко К.А., Крутов П.В., Казанцев А.Л., Куликов А.И.Titov I.I., Blinov A.A., Rudnichenko K.A., Krutov P.V., Kazantsev A.L., Kulikov A.I.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/185

В работе представлен пакет компьютерных программ для анализа структурно-функциональной организации и эволюции во времени биологических, социальных и других сетей. Пакет позволяет исследовать как глобальную архитектуру сетей, так и их локальные свойства, при этом выявлять ключевые регуляторы и структурно-функциональные модули, а также проследить развитие сетей во времени. Работа пакета иллюстрирована на примере нескольких генных сетей, сети соавторства научных публикаций в области биологии и медицины, а также сети терминов и ключевых слов из этой же области знаний.

We present a computer package for analyzing the structure-functional organization and evolution of biological, social and other networks. The programs allows investigation of not only the global network architecture, but also its local properties, revealing key regulators and structure-functional modules. Also, the network evolution can be traced. The package has been tested with two gene networks: the co-authorship network of biomedical papers and the biomedical term network.

генная сетьсеть соавторствасеть научных терминовструктура сетидинамика сетисинхронная булева моделькомпьютерный анализgene networkco-authorship networkterm networknetwork structurenetwork dynamicssynchronous Boolean modelcomputer analysisМеждисциплинарный интеграционный проект СО РАН № 21; Президентская программа по государственной поддержке ведущих научных школ РФ НШ-5278.2012.4ReferencesAlvarez-Buylla E.R., Chaos A., Aldana M. et al. Padillalongoria floral morphogenesis: stochastic explorations of a gene network epigenetic landscape // PLoS ONE. 2008. V. 3. Nо. 11.Alvarez-Buylla E.R., Chaos A., Aldana M. et al. Padillalongoria floral morphogenesis: stochastic explorations of a gene network epigenetic landscape // PLoS ONE. 2008. V. 3. Nо. 11.Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969. V. 22. P. 437–467.Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969. V. 22. P. 437–467.McKay B.D., Piperno A. Practical graph isomorphism. II. 2013. 22 p. http://arxiv.org/abs/1301.1493.McKay B.D., Piperno A. Practical graph isomorphism. II. 2013. 22 p. http://arxiv.org/abs/1301.1493.Newman M.E.J. The structure and functions of complex networks // SIAM Rev. 2003. V. 45. Nо. 2. Р. 167–256.Newman M.E.J. The structure and functions of complex networks // SIAM Rev. 2003. V. 45. Nо. 2. Р. 167–256.Stepanenko I.L., Titov I.I. Computer analysis of stress response network E. ��с��oli // Proc. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology BGRSSB.10. Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010. Novosibirsk. Р. 278.Stepanenko I.L., Titov I.I. Computer analysis of stress response network E. ��с��oli // Proc. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology BGRSSB.10. Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010. Novosibirsk. Р. 278.Wernicke S., Rasche F. FANMOD: a tool for fast network motif detection // Bioinformatics. 2006. V. 22. Nо. 9. P. 1152–1153.Wernicke S., Rasche F. FANMOD: a tool for fast network motif detection // Bioinformatics. 2006. V. 22. Nо. 9. P. 1152–1153.Xu X., Yuruk N., Feng Zh., Schweiger T.A.J. SCAN: a structural clustering algorithm for networks // Proc. KDD ‘07 Proc. of the 13th ACM SIGKDD Intern. Conf. on Knowledge discovery and data mining. N.Y., 2007. P. 824–833.Xu X., Yuruk N., Feng Zh., Schweiger T.A.J. SCAN: a structural clustering algorithm for networks // Proc. KDD ‘07 Proc. of the 13th ACM SIGKDD Intern. Conf. on Knowledge discovery and data mining. N.Y., 2007. P. 824–833.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.