vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-190Research ArticleСтатьиArticlesБИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНОМА ШТАММА Geobacillus stearothermophilus 22, ВЫДЕЛЕННОГО ИЗ ГОРЯЧЕГО ИСТОЧНИКА ГАРГА (ПРИБАЙКАЛЬЕ)BIOINFORMATIC ANALYSIS OF THE GENOME OF THE Geobacillus stearothermophilus 22 STRAIN ISOLATED FROM THE GARGA HOT SPRING, BAIKAL REGIONРозановА. С.RozanovA. S.peltek@bionet.nsc.ruИванисенкоТ. В.IvanisenkoT. V.peltek@bionet.nsc.ruБрянскаяА. В.BryanskayaA. V.peltek@bionet.nsc.ruШеховцовС. В.ShekhovtsovS. V.peltek@bionet.nsc.ruЛогачеваМ. Д.LogachevaM. D.СайкО. В.SaikO. V.peltek@bionet.nsc.ruМалупТ. К.MalupT. K.peltek@bionet.nsc.ruДеменковП. С.DemenkovP. S.peltek@bionet.nsc.ruГорячковскаяТ. Н.GoryachkovskayaT. N.peltek@bionet.nsc.ruИванисенкоВ. А.IvanisenkoV. A.peltek@bionet.nsc.ruПельтекС. Е.PeltekS. E.peltek@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова»РоссияLomonosov Moscow State University, Moscow, RussiaRussian Federation201310012015174/1659665Copyright © Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцов С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е., 20152015Розанов А.С., Иванисенко Т.В., Брянская А.В., Шеховцов С.В., Логачева М.Д., Сайк О.В., Малуп Т.К., Деменков П.С., Горячковская Т.Н., Иванисенко В.А., Пельтек С.Е.Rozanov A.S., Ivanisenko T.V., Bryanskaya A.V., Shekhovtsov S.V., Logacheva M.D., Saik O.V., Malup T.K., Demenkov P.S., Goryachkovskaya T.N., Ivanisenko V.A., Peltek S.E.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/190

Новый штамм Geobacillus stearothermophilus 22 был выделен из термального источника Гарга, расположенного в Баргузинской долине Прибайкалья. Были проанализированы морфологические и биохимические особенности G. stearothermophilus 22, проведено полногеномное секвенирование с последующим биоинформатическим анализом. Показана высокая степень сходства нуклеотидных последовательностей (контигов) анализируемого штамма с геномом бактерии-термофила G. kaustophilus  Y412MC52. Охарактеризован протеом выделенной бактерии. Обнаружены ферменты,  относящиеся к гемицеллюлазам (эндоксиланаза, бета-ксилозидаза, арабинофуранозидаза), и фермент эндоксиланаза.

A new strain, Geobacillus stearothermophilus 22 was isolated from the Garga hot spring in the Bargusin Valley, Baikal Region, Russia. The morphology and biochemistry of the strain were analyzed, and the  genomewide sequencing was conducted. The sequence was subjected to bioinformatic analysis. Nucleotide sequences (contigs) of the strain were found to be similar to the genome of the thermophilic strain G. kaustophilus Y412MC52. The proteome of the new strain was analyzed. Fragments associated with hemicellulases (endoxylanase, beta xylosidase, and arabinofuranosidase) and the endoxylanase enzyme were detected.

Geobacillusтермофилыполногеномное секвенированиебиоинформатический анализGeobacillusthermophilegenome-wide sequencingbioinformatic analysisМинистерство образования и науки Российской Федерации (ГК 14.512.11.0072 от 19.04.2013 г.)ReferencesБонч-Осмоловская Е.А., Мирошниченко М.Л., Соколова Т.Г., Слободкин А.И. Термофильные микробные сообщества: новые физиологические группы, новые местообитания // Тр. Ин-та микробиологии им. С.Н. Виноградского. М.: Наука, 2004. Вып. 12.Бонч-Осмоловская Е.А., Мирошниченко М.Л., Соколова Т.Г., Слободкин А.И. Термофильные микробные сообщества: новые физиологические группы, новые местообитания // Тр. Ин-та микробиологии им. С.Н. Виноградского. М.: Наука, 2004. Вып. 12.Нетрусова А.И. Практикум по микробиологии. М.: Академия, 2005. 608 с.Нетрусова А.И. Практикум по микробиологии. М.: Академия, 2005. 608 с.Brock T.D. Thermophilic microorganisms and life at high temperatures. N.Y.: Springer-Verlag, 1978. 465 p.Brock T.D. Thermophilic microorganisms and life at high temperatures. N.Y.: Springer-Verlag, 1978. 465 p.Cripps R.E., Eley K., Leak D.J. et al. Metabolic engineering of Geobacillus thermoglucosidasius for high yield ethanol production // Metab. Eng. 2009. V. 11. P. 398–408.Cripps R.E., Eley K., Leak D.J. et al. Metabolic engineering of Geobacillus thermoglucosidasius for high yield ethanol production // Metab. Eng. 2009. V. 11. P. 398–408.Kanehisa M., Goto S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes // Nucl. Acids Res. 2000. V. 28. P. 27–30.Kanehisa M., Goto S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes // Nucl. Acids Res. 2000. V. 28. P. 27–30.Kanehisa M., Goto S., Sato Y. et al. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular datasets // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D109–D114.Kanehisa M., Goto S., Sato Y. et al. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular datasets // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D109–D114.Suzuki H., Yoshida K. Genetic transformation of Geobacillus kaustophilus HTA426 by conjugative transfer of host-mimicking plasmids // J. Microbiol. Biotechnol. 2012. V. 22. P. 1279–1287.Suzuki H., Yoshida K. Genetic transformation of Geobacillus kaustophilus HTA426 by conjugative transfer of host-mimicking plasmids // J. Microbiol. Biotechnol. 2012. V. 22. P. 1279–1287.Tanimura A., Nakamura T., Watanabe I. et al. Isolation of a novel strain of Candida shehatae for ethanol production at elevated temperature // Springerplus. 2012. V. 4. P. 1–27.Tanimura A., Nakamura T., Watanabe I. et al. Isolation of a novel strain of Candida shehatae for ethanol production at elevated temperature // Springerplus. 2012. V. 4. P. 1–27.Taylor M.P., Esteban C.D., Leak D.J. Development of a versatile shuttle vector for gene expression in Geobacillus ssp. // Plasmid 60. 2008. P. 45–52.Taylor M.P., Esteban C.D., Leak D.J. Development of a versatile shuttle vector for gene expression in Geobacillus ssp. // Plasmid 60. 2008. P. 45–52.Zhu X., Cui J., Feng Y. et al. Metabolic adaption of ethanoltolerant Clostridium thermocellum // PLoS ONE. 2013. V. 8. P. E70631.Zhu X., Cui J., Feng Y. et al. Metabolic adaption of ethanoltolerant Clostridium thermocellum // PLoS ONE. 2013. V. 8. P. E70631.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.