Природная гибридизация значительно увеличивает фенотипическую и генотипическую изменчивость и формирует внутривидовую структуру, изучением которой занимается филогеография. Нами исследована изменчивость митохондриального и полного геномов птиц семейства врановые Corvidae, родов Corvus, Pica, Cyanopica, Perisoreus и Nucifraga. Анализируя классический случай естественной гибридизации между серой и черной воронами (Corvus corone cornix и C. c. corone) в Сибири, мы не обнаружили предполагаемого уменьшения приспособленности гибридов, однако установили ассортативность скрещиваний, которая должна ограничивать ширину гибридной зоны. В результате использования нескольких подходов и генетических маркеров не найдено различий между серой и черной воронами, но в процессе секвенирования митохондриального генома установлено наличие дифференциации на два гаплотипа в пределах ареала восточной черной вороны. При полногеномном секвенировании нами впервые обнаружена явная диверсификация чистых форм и гибридов по SNP и исследованы участки генома с повышенной дифференциацией – «островки видообразования». Сопоставление геномов птиц из европейской и сибирской гибридных зон выявило частично разные участки, ответственные за меланогенез, с признаками дивергентного отбора. Сравнительная филогеография десяти видов врановых, широко распространенных в Палеарктике, позволила выделить две категории ареалов: с дифференциацией на западные и восточные группы гаплотипов и без такого разделения. Это можно объяснить различными экологическими предпочтениями: к полуоткрытым биотопам у птиц первой группы и к лесам у второй. Представители второй группы пережили плейстоценовые оледенения в предполагаемом единственном лесном рефугиуме с последующим бутылочным горлышком, что объясняет их гомогенность, а виды первой группы могли сформироваться в нескольких местах. Один из таких видов – сорока Pica pica – имеет разрыв ареала в Забайкалье, который в настоящее время заполняется. Принадлежащие разным гаплогруппам популяции, различающиеся по фенотипам, мтДНК и вокализации, образуют зону контакта с ограниченной гибридизацией, но в целом репродуктивно изолированы. Таким образом, современная динамика видовых ареалов формирует филогеографическую структуру видов.