При идентификации представителей рода Mentha L. часто возникают сложности из-за значительного внутривидового полиморфизма, активной межвидовой гибридизации, а также изменений в плоидности растений. В настоящей работе предпринята попытка комплексного подхода к изучению различных параметров растений двух трудно разделяемых видов с перекрывающимися признаками: Mentha arvensis L. и M. сanadensis L. Исследованы представители восьми географически разобщенных популяций Mentha, собранные в разных регионах: европейская часть, Хакасия и Дальний Восток России, Западная Украина и Индокитай. Изучены диагностические для этих видов морфологические признаки, состав компонентов эфирного масла и проведен фрагментный анализ ДНК с использованием ISSR-маркеров. Полученные данные обработаны статистически с помощью кластерного анализа, метода главных компонент и метода главных координат. По результатам анализа количественных характеристик чашечки и листьев четко разделяются европейская и азиатская группы образцов, а в определении принадлежности дальневосточных растений к той или иной группе есть расхождения при использовании разных методов обработки данных и, соответственно, затруднено определение их таксономического положения с использованием только морфологических признаков. По составу эфирного масла и ISSR-фрагментов выделена группа наиболее генетически, морфологически и фитохимически близких растений, в которую вошли представители популяций Московской, Владимирской, Калужской областей, Республики Коми и Хакасии. Все они относятся к виду M. arvensis. Растения, собранные в природной флоре Дальнего Востока, по компонентному составу эфирного масла и составу ISSR-фрагментов имели большее сходство с M. arvensis из европейской части, чем с коллекционными образцами из флоры Индокитая, которые, согласно полученным данным, относятся к M. сanadensis. Комплексное изучение морфологических признаков растений, состава эфирного масла и фрагментного ISSR-анализа ДНК позволяет уточнить видовую принадлежность, а также оценить полиморфизм и степень родства между популяциями. Выявлена корреляция между данными молекулярно-генетического анализа и составом эфирного масла для растений M. arvensis и M. сanadensis и, в некоторой степени, с морфологическими признаками растений.