vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-314Research ArticleСтатьиArticlesПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ПУЛИРОВАННЫХ ВЫБОРОК ДНК КОГОРТ ЧЕЛОВЕКАGENOME-WIDE SNP ALLELOTYPING OF HUMAN COHORTS BY POOLED DNA SAMPLESБабенкоВ. Н.BabenkoV. N.bob@bionet.nsc.ruМаксимовВ. Н.MaximovV. N.bob@bionet.nsc.ruКулаковаЕ. В.KulakovaE. V.bob@bionet.nsc.ruСафроноваН. С.SafronovaE. S.bob@bionet.nsc.ruВоеводаМ. И.VoevodaM. I.bob@bionet.nsc.ruРогаевЕ. И.RogaevE. I.bob@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Институт терапии СО РАМН, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Institute of Therapy SB RAMS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Институт терапии СО РАМН, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia Institute of Therapy SB RAMS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Институт общей генетики РАН, Москва, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Institute of Genetics RAS, Moscow, RussiaRussian Federation201421012015184/2847855Copyright © Бабенко В.Н., Максимов В.Н., Кулакова Е.В., Сафронова Н.С., Воевода М.И., Рогаев Е.И., 20152015Бабенко В.Н., Максимов В.Н., Кулакова Е.В., Сафронова Н.С., Воевода М.И., Рогаев Е.И.Babenko V.N., Maximov V.N., Kulakova E.V., Safronova E.S., Voevoda M.I., Rogaev E.I.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/314

Цель работы – разработка, валидация и применение подходов приоритетного скрининга точковых полиморфизмов в эксперименте полногеномного аллелотипирования 16 когорт человека, составленных из больных и здоровых индивидов, по схеме «случай –контроль» на основе пулированных выборок. Генотипирование произведено на платформе Illumina Omni1S, имеющей 1,2 млн маркеров на планшете, выборки в среднем составили 200 человек. При сравнении частот аллелей между когортами патологических и контрольных выборок выявляли наборы полиморфизмов, достоверно отличающиеся друг от друга по частоте. Установлено, что выборки больных индивидов показывают систематические, устойчивые отклонения от здоровых по числу достоверно отличающихся полиморфизмов, дисперсия интенсивности аллелей между повторами одной когорты меньше таковой при случайном выборе пар разных когорт.

The research concerns the task of identification of contrasted single nucleotide polymorphisms (SNPs) obtained in genome-wide pooled allelotyping of 16 human cohorts, comprising healthy and ill persons, by the nested case–control approach. The genotyping platform was the Illumina Omni1S chip with 1.2 million markers. The mean pooled sample size was about 200 individuals. The candidate selection was based on statistical comparison of allele frequencies in a “case–control” study. Samples of ill patients show significant deviations from healthy persons in the numbers of significantly differing polymorphisms. The variance of allele frequencies among repeats in a single cohort was less than that in random choice of pairs from different cohorts.

аллелотипированиепулированная выборкаполногеномный анализчастота аллеляточковый полиморфизмgenome-wide genotypingpooled sampleallele frequencySNPИЦиГ СО РАН, грант Правительства Российской Федерации 14.B25.31.0033, РФФИ, ИВМиМГ СО РАН, Елена Пивоварова, Татьяна КолесниковаReferencesAbecasis G.R., Auton A. et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. 1000 Genomes Project Consortium // Nature. 2012. V. 491. No. 7422. P. 56–65.Abecasis G.R., Auton A. et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. 1000 Genomes Project Consortium // Nature. 2012. V. 491. No. 7422. P. 56–65.Berglund E.C., Lindqvist C.M., Hayat S. et al. Accurate detection of subclonal single nucleotide variants in whole genome amplified and pooled cancer samples using HaloPlex target enrichment // BMC Genomics. 2013. No. 14. P. 856.Berglund E.C., Lindqvist C.M., Hayat S. et al. Accurate detection of subclonal single nucleotide variants in whole genome amplified and pooled cancer samples using HaloPlex target enrichment // BMC Genomics. 2013. No. 14. P. 856.Bobak M., Richards M., Malyutina S. et al. Association between year of birth and cognitive functions in Russia and the Czech Republic: cross-sectional results of the HAPIEE study // Neuroepidemiology. 2009. V. 33. No. 3. P. 231–239.Bobak M., Richards M., Malyutina S. et al. Association between year of birth and cognitive functions in Russia and the Czech Republic: cross-sectional results of the HAPIEE study // Neuroepidemiology. 2009. V. 33. No. 3. P. 231–239.Gaj P., Maryan N., Hennig E.E. et al. Pooled sample-based GWAS: a cost-effective alternative for identifying colorectal and prostate cancer risk variants in the Polish population // PLoS One. 2012. V. 7. No. 4. P. e35307.Gaj P., Maryan N., Hennig E.E. et al. Pooled sample-based GWAS: a cost-effective alternative for identifying colorectal and prostate cancer risk variants in the Polish population // PLoS One. 2012. V. 7. No. 4. P. e35307.Iliadis A., Anastassiou D., Wang X. Fast and accurate haplotype frequency estimation for large haplotype vectors from pooled DNA data // BMC Genet. 2012. V. 13. P. 94.Iliadis A., Anastassiou D., Wang X. Fast and accurate haplotype frequency estimation for large haplotype vectors from pooled DNA data // BMC Genet. 2012. V. 13. P. 94.Malyutina S., Bobak M., Kurilovitch S. et al. Relation between heavy and binge drinking and all-cause and cardiovascular mortality in Novosibirsk, Russia: a prospective cohort study // Lancet. 2002. V. 360. No. 9344. P. 1448–1454.Malyutina S., Bobak M., Kurilovitch S. et al. Relation between heavy and binge drinking and all-cause and cardiovascular mortality in Novosibirsk, Russia: a prospective cohort study // Lancet. 2002. V. 360. No. 9344. P. 1448–1454.Nicholson A., Pikhart H., Pajak A. et al. Socio-economic status over the life-course and depressive symptoms in men and women in Eastern Europe // J. Affect. Disord. 2008. V. 105. No. (1–3). P. 125–136.Nicholson A., Pikhart H., Pajak A. et al. Socio-economic status over the life-course and depressive symptoms in men and women in Eastern Europe // J. Affect. Disord. 2008. V. 105. No. (1–3). P. 125–136.Ozerov M., Vasemägi A., Wennevik V. et al. Cost-effective genome-wide estimation of allele frequencies from pooled DNA in Atlantic salmon (Salmo salar L.) // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 12.Ozerov M., Vasemägi A., Wennevik V. et al. Cost-effective genome-wide estimation of allele frequencies from pooled DNA in Atlantic salmon (Salmo salar L.) // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 12.Pajak A., Szafraniec K., Kubinova R. et al. Binge drinking and blood pressure: cross-sectional results of the HAPIEE study // PLoS One. 2013. V. 8. No. 6. P. e65856.Pajak A., Szafraniec K., Kubinova R. et al. Binge drinking and blood pressure: cross-sectional results of the HAPIEE study // PLoS One. 2013. V. 8. No. 6. P. e65856.Purcell S., Neale B., Todd-Brown K. et al. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis // American J. Human Genetics. 2007. V. 81. No. 3. P. 559–575.Purcell S., Neale B., Todd-Brown K. et al. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis // American J. Human Genetics. 2007. V. 81. No. 3. P. 559–575.Teumer A., Ernst F.D., Wiechert A. et al. Comparison of genotyping using pooled DNA samples (allelotyping) and individual genotyping using the affymetrix genome-wide human SNP array 6.0 // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 506.Teumer A., Ernst F.D., Wiechert A. et al. Comparison of genotyping using pooled DNA samples (allelotyping) and individual genotyping using the affymetrix genome-wide human SNP array 6.0 // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 506.Vikhireva O., Pikhart H., Pajak A. et al. Non-fatal injuries in three Central and Eastern European urban population samples: the HAPIEE study // Eur. J. Public Health. 2010. V. 20. No. 6. P. 695–701.Vikhireva O., Pikhart H., Pajak A. et al. Non-fatal injuries in three Central and Eastern European urban population samples: the HAPIEE study // Eur. J. Public Health. 2010. V. 20. No. 6. P. 695–701.Wilkening S., Chen B., Wirtenberger M. et al. Allelotyping of pooled DNA with 250 K SNP microarrays // BMC Genomics. 2007. V. 8. P.77.Wilkening S., Chen B., Wirtenberger M. et al. Allelotyping of pooled DNA with 250 K SNP microarrays // BMC Genomics. 2007. V. 8. P.77.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.