Фузариоз относится к важным заболеваниям овса, поскольку многие виды грибов Fusarium способны продуцировать микотоксины, негативно влияющие на качество зерна. Иммунных к заражению грибами Fusarium зерновых культур нет, однако наблюдаются различия генотипов по степени устойчивости. Целью исследования стала характеристика перспективных линий голозерного овса по устойчивости к зараженности зерна грибами и содержанию фузариотоксинов. Анализировали 13 селекционных линий и два сорта голозерного овса, Немчиновский 61 и Вятский, а также сорт пленчатого овса Яков, которые выращивали на естественном фоне в Федеральном исследовательском центре «Немчиновка» в 2019–2020 гг. Зараженность зерна грибами определяли микологическим методом, а также с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени, анализ микотоксинов выполняли иммуноферментным методом. Проведенные анализы показали, что зерно всех образцов овса было заражено грибами, однако их численность и видовое разнообразие варьировали в зависимости от анализируемого генотипа и года исследований. Микобиоту генотипов овса преимущественно составляли виды родов Alternaria (15–90 % от всех выделенных грибов), Cochliobolus (1–33 %), Cladosporium (1–19 %), Epicoccum (0–11 %) и Fusarium (3–17 %). Основными представителями фузариевых грибов были F. poae, продуцирующий ниваленол, и F. langsethiae, производящий Т-2/НТ-2 токсины. Наибольшее количество ДНК F. langsethiae, а также Т-2/НТ-2 токсинов содержалось в зерне пленчатого сорта Яков и составило (27.9–71.9)×10–4 пг/нг и 790–1230 мкг/кг соответственно. В зерне анализируемых линий овса содержание ДНК F. langsethiae варьировало в диапазоне (1.2–42.7)×10–4 пг/нг, Т-2/НТ-2 токсинов – от 5 до 229 мкг/кг. Две линии голозерного овса, 54h2476 и 66h2618, а также новый сорт Азиль (линия 57h2396) можно охарактеризовать в условиях эксперимента как высокоустойчивые к заражению грибами Fusarium и контаминации микотоксинами в сравнении с контролем – сортом Вятский.