vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS10.18699/VJ15.018vavilov-357Research ArticleБИОТЕХНОЛОГИЯ В ПОСТГЕНОМНУЮ ЭРУMEDICAL GENETICSЭпигенетические «зонды» для мониторинга рака легкого: профиль метилирования элементов LINE-1 в циркулирующей ДНК кровиEpigenetic «probes» for lung cancer monitoring: LINE-1 methylation pattern in blood- circulating DNAПономареваА. А.PonomaryovaA. A.РыковаЕ. Ю.RykovaЕ. Y.rykova@niboch.nsc.ruЧердынцеваН. В.CherdyntsevaN. V.БондарьА. А.BondarA. A.ДобродеевА. Ю.DobrodeevA. Y.ЗавьяловА. А.ZavyalovA. A.ТузиковС. А.TuzikovS. A.БрызгаловЛ. О.BryzgalovL. O.МеркуловаТ. И.MerkulovaT. I.ВласовВ. В.VlassovV. V.ЛактионовП. П.LaktionovP. P.Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Томский научно-исследовательский институт онкологии», Томск, Россия; Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Национальный исследовательский Томский политехнический университет», Томск, Россия;РоссияTomsk Cancer Research Institute, Tomsk, Russia The National Research Tomsk Polytechnic University, Tomsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Chemical Biology and Fundamental Medicine SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Томский научно-исследовательский институт онкологии», Томск, Россия; Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Национальный исследовательский Томский государственный университет», Томск, Россия;РоссияTomsk Cancer Research Institute, Tomsk, Russia National Research Tomsk State University, Tomsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Томский научно-исследовательский институт онкологии», Томск, РоссияРоссияTomsk Cancer Research Institute, Tomsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Томский научно-исследовательский институт онкологии», Томск, Россия;РоссияTomsk Cancer Research Institute, Tomsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, NovosibirskRussian Federation201503072015191144150Copyright © Пономарева А.А., Рыкова Е.Ю., Чердынцева Н.В., Бондарь А.А., Добродеев А.Ю., Завьялов А.А., Тузиков С.А., Брызгалов Л.О., Меркулова Т.И., Власов В.В., Лактионов П.П., 20152015Пономарева А.А., Рыкова Е.Ю., Чердынцева Н.В., Бондарь А.А., Добродеев А.Ю., Завьялов А.А., Тузиков С.А., Брызгалов Л.О., Меркулова Т.И., Власов В.В., Лактионов П.П.Ponomaryova A.A., Rykova Е.Y., Cherdyntseva N.V., Bondar A.A., Dobrodeev A.Y., Zavyalov A.A., Tuzikov S.A., Bryzgalov L.O., Merkulova T.I., Vlassov V.V., Laktionov P.P.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/357

Основными компонентами аберрантного метилирования ДНК клеток опухоли являются гиперметилирование промоторов некоторых генов и гипометилирование значительной части ДНК, в частности повторяющихся последовательностей ретротранспозонов. В опухолевой ткани при раке легкого (РЛ) выявлено гипометилирование ретротранспозонов семейства LINE-1. Известно, что при онкологических заболеваниях в составе циркулирующей ДНК (цирДНК) плазмы и цирДНК, связанной с поверхностью клеток крови (скп-цирДНК), накапливаются фрагменты опухолеспецифичных аберрантно метилированных ДНК, которые являются потенциальными онкомаркерами. В настоящей работе проведен сравнительный анализ уровня метилирования LINE-1 ретротранспозонов в цирДНК плазмы и скп-цирДНК 21 больного РЛ до лечения и 23 здоровых доноров. Определяли концентрацию метилированных фрагментов LINE-1 района 1 (LINE-1 methylated, LINE-1met) методом количественной метил-специфичной ПЦР. Для нормирования данных по метилированию оценивали концентрацию всех фрагментов LINE-1 района 2 (LINE-1 Independent, LINE-1Ind). Выявлена тенденция снижения концентрации метилированных фрагментов LINE met (в 1,4 раза) во фракции цирДНК, связанной с клетками крови, у больных РЛ (критерий Манна-Уитни, р = 0,16). Оказалось, что в группе больных РЛ концентрация всех фрагментов LINE-1Ind, которая не зависит от статуса метилирования, в 3 раза ниже (при аденокарциноме – в 4 раза) относительно здоровых доноров. Поэтому в скп-цирДНК крови при РЛ вместе с ожидаемым снижением общей концентрации LINE-1met выявлено неожиданное увеличение их относительной концентрации (LINE-1met/LINE-1Ind) за счет значительного снижения общего количества LINE-1Ind. В цирДНК плазмы индекс метилирования (LINE-1met/LINE-1Ind) у больных РЛ не отличается от здоровых доноров (критерий Манна-Уитни р = 0,40). Полученные результаты подтверждают более ранние данные о том, что фракция скп-цирДНК является высокоинформативным источником материала для диагностики рака легкого. 

Malignant cell transformation is accompanied by two processes of DNA methylation changes: promoter hypermethylation of specific genes and hypomethylation of retrotransposons. The composition of circulating DNA (cirDNA) from plasma and cell-surface-bound circulating DNA (csb- cirDNA) was shown earlier to be altered in the blood of cancer patients due to accumulation of tumor- specific aberrantly methylated DNA fragments, which are currently considered valuable cancer markers. The present study compares LINE-1 retrotransposon methylation patterns in plasma cirDNA and csb- cirDNA from 21 untreated lung cancer patients (LC) and 23 healthy donors. Concentrations of methylated LINE-1 region 1 copies (LINE-1met) were assayed by real-time methylation-specific PCR. In order to normalize the LINE-1 methylation level, the LINE-1 region 2 concentration was evaluated, which was independent of the methylation status (LINE-1Ind). The LINE-1met concentration in csb-cirDNA tended to decrease (by a factor of 1.4) in blood from LC patients in comparison to healthy donors (Mann- Whitney test, P=0.16). The LINE-1Ind concentration in csb-cirDNA (methylation-independent) was found to be threefold lower in LC patients and fourfold lower in patients with adenocarcinoma than in healthy donors. That is why, along with the expected decrease in LINE-1met concentration in csb-cirDNA, we recorded an unexpected statistically significant increase of the LINE-1 methylation index determined as (LINE-1met/LINE-1Ind) due to the profound LINE-1Ind decrease. Plasma cirDNA demonstrated no difference in the LINE-1 methylation index (LINE-1met/LINE-1Ind) between LC patients and healthy donors (Mann-Whitney test, P = 0.40). The data obtained agree with our earlier results, which showed that csb-cirDNA was a highly informative material for lung cancer diagnostics. 

циркулирующие ДНК кровиаберрантное метилированиеLINE-1 ретротранспозоныдиагностикарак легкогоblood-circulating DNAaberrant methylationLINE-1 retrotransposonsdiagnosticslung cancerReferencesAnker P., Lyautey J., Lederrey C, Stroun M. Circulating nucleic acids in plasma or serum. Clin. Chim. Acta. 2001;313:143-146.Anker P., Lyautey J., Lederrey C, Stroun M. Circulating nucleic acids in plasma or serum. Clin. Chim. Acta. 2001;313:143-146.Aparicio A., North B., Barske L., Wang X., Bollati V., Weisenberger D., Yoo C., Tannir N., Horne E., Groshen S., Jones P., Yang A., Issa J.P. LINE-1 methylation in plasma DNA as a biomarker of activity of DNA methylation inhibitors in patients with solid tumors. Epigenetics. 2009;4:176-184.Aparicio A., North B., Barske L., Wang X., Bollati V., Weisenberger D., Yoo C., Tannir N., Horne E., Groshen S., Jones P., Yang A., Issa J.P. LINE-1 methylation in plasma DNA as a biomarker of activity of DNA methylation inhibitors in patients with solid tumors. Epigenetics. 2009;4:176-184.Beck J., Urnovitz H.B., Mitchell W.M., Schütz E. Next generation sequencing of serum circulating nucleic reveals differences to healthy and nonmalignant controls acids from patients with invasive ductal breast cancer. Mol. Cancer Res. 2010;8(3):335-342. DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-09-0314Beck J., Urnovitz H.B., Mitchell W.M., Schütz E. Next generation sequencing of serum circulating nucleic reveals differences to healthy and nonmalignant controls acids from patients with invasive ductal breast cancer. Mol. Cancer Res. 2010;8(3):335-342. DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-09-0314Beck J., Urnovitz H.B., Riggert J., Clerici M., Schütz E. Profile of the circulating DNA in apparently healthy individuals. Clin. Chem. 2009;55(4):730-738. DOI: 10.1373/clinchem.2008.113597Beck J., Urnovitz H.B., Riggert J., Clerici M., Schütz E. Profile of the circulating DNA in apparently healthy individuals. Clin. Chem. 2009;55(4):730-738. DOI: 10.1373/clinchem.2008.113597Bourc’his D., Bestor T.H. Meiotic catastrophe and retrotransposon reactivation in male germ cells lacking Dnmt3L. Nature. 2004;431(7004):96-99.Bourc’his D., Bestor T.H. Meiotic catastrophe and retrotransposon reactivation in male germ cells lacking Dnmt3L. Nature. 2004;431(7004):96-99.Bryzgunova O., Laktionov P., Skvortsova T., Bondar A., Morozkin E., Lebedeva A., Krause H., Miller K., Vlassov V. Efficacy of bisulfite modification and recovery of human of genomic and circulating DNA using commercial kits. Eur. J. Mol. Biol. 2013;1(1):1-8. DOI: 10.11648/j.ejmb.20130101.11Bryzgunova O., Laktionov P., Skvortsova T., Bondar A., Morozkin E., Lebedeva A., Krause H., Miller K., Vlassov V. Efficacy of bisulfite modification and recovery of human of genomic and circulating DNA using commercial kits. Eur. J. Mol. Biol. 2013;1(1):1-8. DOI: 10.11648/j.ejmb.20130101.11Carethers J.M. Proteomics, genomics, and molecular biology in the personalized treatment of colorectal cancer. J. Gastrointest Surg. 2012;16(9):1648-1650. DOI:10.1007/s11605-012-1942-2Carethers J.M. Proteomics, genomics, and molecular biology in the personalized treatment of colorectal cancer. J. Gastrointest Surg. 2012;16(9):1648-1650. DOI:10.1007/s11605-012-1942-2Dunican D.S., Cruickshanks H.A., Suzuki M., Semple C.A., Davey T., Arceci R.J., Greally J., Adams I.R., Meehan R.R. Lsh regulates LTR retrotransposon repression independently of Dnmt3b function. Genome Biol. 2013;14(12):R146. DOI:10.1186/gb-2013-1412-r146Dunican D.S., Cruickshanks H.A., Suzuki M., Semple C.A., Davey T., Arceci R.J., Greally J., Adams I.R., Meehan R.R. Lsh regulates LTR retrotransposon repression independently of Dnmt3b function. Genome Biol. 2013;14(12):R146. DOI:10.1186/gb-2013-1412-r146Ehrlich M. DNA hypomethylation, cancer, the immunodeficiency, centromeric region instability, facial anomalies syndrome and chromosomal rearrangements. J. Nutr. 2002;132. Suppl. 8:2424S2429S.Ehrlich M. DNA hypomethylation, cancer, the immunodeficiency, centromeric region instability, facial anomalies syndrome and chromosomal rearrangements. J. Nutr. 2002;132. Suppl. 8:2424S2429S.Esteller M. Epigenetics in cancer. N. Engl. J. Med. 2008;358(11): 1148-1159.Esteller M. Epigenetics in cancer. N. Engl. J. Med. 2008;358(11): 1148-1159.Hoshimoto S., Kuo C.T., Chong K.K., Takeshima T.L., Takei Y., Li M.W., Huang S.K., Sim M.S., Morton D.L., Hoon D.S. AIM1 and LINE-1 epigenetic aberrations in tumor and serum relate to melanoma progression and disease outcome. J. Invest. Dermatol. 2012;132(6): 1689-1697. DOI: 10.1038/jid.2012.36Hoshimoto S., Kuo C.T., Chong K.K., Takeshima T.L., Takei Y., Li M.W., Huang S.K., Sim M.S., Morton D.L., Hoon D.S. AIM1 and LINE-1 epigenetic aberrations in tumor and serum relate to melanoma progression and disease outcome. J. Invest. Dermatol. 2012;132(6): 1689-1697. DOI: 10.1038/jid.2012.36Kristensen L.S., Hansen L.L. PCR-based methods for detecting single-locus DNA methylation biomarkers in cancer diagnostics, prognostics, and response to treatment. Clin. Chem. 2009;55(8): 1471-1483. DOI: 10.1373/clinchem.2008.121962Kristensen L.S., Hansen L.L. PCR-based methods for detecting single-locus DNA methylation biomarkers in cancer diagnostics, prognostics, and response to treatment. Clin. Chem. 2009;55(8): 1471-1483. DOI: 10.1373/clinchem.2008.121962Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Nusbaum C., Zody M.C., Baldwin J., Devon K., Dewar K., Doyle M., FitzHugh W., Funke R., Gage D., Harris K., Heaford A., Howland J., Kann L., Lehoczky J., LeVine R., McEwan P., McKernan K., Meldrim J., Mesirov J.P., Miranda C., Morris W., Naylor J., Raymond C., Rosetti M., Santos R., SheridanA., Sougnez C., StangeThomann N., Stojanovic N., Subramanian A., Wyman D., Rogers J., Sulston J., Ainscough R., Beck S., Bentley D., Burton J., Clee C., Carter N., Coulson A., Deadman R., Deloukas P., Dunham A., A.A. Ponomaryova, Е.Y. Rykova, N.V. Cherdyntseva, ... 2015Dunham I., Durbin R., French L., Grafham D., Gregory S., Hubbard T., Humphray S., Hunt A., Jones M., Lloyd C., McMurray A., Matthews L., Mercer S., Milne S., Mullikin J.C., Mungall A., Plumb R., Ross M., Shownkeen R., Sims S., Waterston R.H., Wilson R.K., Hillier L.W., McPherson J.D., Marra M.A., Mardis E.R., Fulton L.A., Chinwalla A.T., Pepin K.H., Gish W.R., Chissoe S.L., Wendl M.C., Delehaunty K.D., Miner T.L., Delehaunty A., Kramer J.B., Cook L.L., Fulton RS, Johnson D.L., Minx P.J., Clifton S.W., Hawkins T., Branscomb E., Predki P., Richardson P., Wenning S., Slezak T., Doggett N., Cheng J.F., Olsen A., Lucas S., Elkin C., Uberbacher E., Frazier M., Gibbs R.A., Muzny D.M., Scherer S.E., Bouck J.B., Sodergren E.J., Worley K.C., Rives C.M., Gorrell J.H., Metzker M.L., Naylor S.L., Kucherlapati R.S., Nelson D.L., Weinstock G.M., Sakaki Y., Fujiyama A., Hattori M., Yada T., Toyoda A., Itoh T., Kawagoe C., Watanabe H., Totoki Y., Taylor T., Weissenbach J., Heilig R., Saurin W., Artiguenave F., Brottier P., Bruls T., Pelletier E., Robert C., Wincker P., Smith D.R., Doucette-Stamm L., Rubenfield M., Weinstock K., Lee H.M., Dubois J., Rosenthal A., Platzer M., Nyakatura G., Taudien S., Rump A., YangH.,YuJ.,WangJ.,HuangG.,GuJ.,HoodL.,RowenL.,MadanA., Qin S, Davis R.W., Federspiel N.A., Abola A.P., Proctor M.J., Myers R.M., Schmutz J., Dickson M., Grimwood J., Cox D.R., Olson M.V., Kaul R., Raymond C., Shimizu N., Kawasaki K., Minoshima S., Evans G.A., Athanasiou M., Schultz R., Roe B.A., Chen F., Pan H., Ramser J., Lehrach H., Reinhardt R., McCombie W.R., de la Bastide M., Dedhia N., Blöcker H., Hornischer K., Nordsiek G., Agarwala R., Aravind L., Bailey J.A., Bateman A., Batzoglou S., Birney E., Bork P., Brown D.G., Burge C.B., Cerutti L., Chen H.C., Church D., Clamp M., Copley R.R., Doerks T., Eddy S.R., Eichler E.E., Furey T.S., Galagan J., Gilbert J.G, Harmon C., Hayashizaki Y., Haussler D., Hermjakob H., Hokamp K., Jang W., Johnson L.S., Jones T.A., Kasif S., Kaspryzk A., Kennedy S., Kent W.J., Kitts P., Koonin E.V., Korf I., Kulp D., Lancet D., Lowe T.M., McLysaght A., Mikkelsen T, Moran J.V., Mulder N., Pollara VJ, Ponting C.P., Schuler G., Schultz J., Slater G., Smit A.F., Stupka E., Szustakowski J., Thierry-Mieg D., ThierryMieg J., Wagner L., Wallis J., Wheeler R., Williams A., Wolf Y.I., Wolfe K.H., Yang SP, Yeh R.F., Collins F, Guyer M.S., Peterson J., Felsenfeld A., Wetterstrand K.A., Patrinos A., Morgan M.J., de Jong P., Catanese J.J., Osoegawa K., Shizuya H., Choi S., Chen Y.J. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001;409(6822):860-921.Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Lander E.S., Linton L.M., Birren B., Nusbaum C., Zody M.C., Baldwin J., Devon K., Dewar K., Doyle M., FitzHugh W., Funke R., Gage D., Harris K., Heaford A., Howland J., Kann L., Lehoczky J., LeVine R., McEwan P., McKernan K., Meldrim J., Mesirov J.P., Miranda C., Morris W., Naylor J., Raymond C., Rosetti M., Santos R., SheridanA., Sougnez C., StangeThomann N., Stojanovic N., Subramanian A., Wyman D., Rogers J., Sulston J., Ainscough R., Beck S., Bentley D., Burton J., Clee C., Carter N., Coulson A., Deadman R., Deloukas P., Dunham A., A.A. Ponomaryova, Е.Y. Rykova, N.V. Cherdyntseva, ... 2015Dunham I., Durbin R., French L., Grafham D., Gregory S., Hubbard T., Humphray S., Hunt A., Jones M., Lloyd C., McMurray A., Matthews L., Mercer S., Milne S., Mullikin J.C., Mungall A., Plumb R., Ross M., Shownkeen R., Sims S., Waterston R.H., Wilson R.K., Hillier L.W., McPherson J.D., Marra M.A., Mardis E.R., Fulton L.A., Chinwalla A.T., Pepin K.H., Gish W.R., Chissoe S.L., Wendl M.C., Delehaunty K.D., Miner T.L., Delehaunty A., Kramer J.B., Cook L.L., Fulton RS, Johnson D.L., Minx P.J., Clifton S.W., Hawkins T., Branscomb E., Predki P., Richardson P., Wenning S., Slezak T., Doggett N., Cheng J.F., Olsen A., Lucas S., Elkin C., Uberbacher E., Frazier M., Gibbs R.A., Muzny D.M., Scherer S.E., Bouck J.B., Sodergren E.J., Worley K.C., Rives C.M., Gorrell J.H., Metzker M.L., Naylor S.L., Kucherlapati R.S., Nelson D.L., Weinstock G.M., Sakaki Y., Fujiyama A., Hattori M., Yada T., Toyoda A., Itoh T., Kawagoe C., Watanabe H., Totoki Y., Taylor T., Weissenbach J., Heilig R., Saurin W., Artiguenave F., Brottier P., Bruls T., Pelletier E., Robert C., Wincker P., Smith D.R., Doucette-Stamm L., Rubenfield M., Weinstock K., Lee H.M., Dubois J., Rosenthal A., Platzer M., Nyakatura G., Taudien S., Rump A., YangH.,YuJ.,WangJ.,HuangG.,GuJ.,HoodL.,RowenL.,MadanA., Qin S, Davis R.W., Federspiel N.A., Abola A.P., Proctor M.J., Myers R.M., Schmutz J., Dickson M., Grimwood J., Cox D.R., Olson M.V., Kaul R., Raymond C., Shimizu N., Kawasaki K., Minoshima S., Evans G.A., Athanasiou M., Schultz R., Roe B.A., Chen F., Pan H., Ramser J., Lehrach H., Reinhardt R., McCombie W.R., de la Bastide M., Dedhia N., Blöcker H., Hornischer K., Nordsiek G., Agarwala R., Aravind L., Bailey J.A., Bateman A., Batzoglou S., Birney E., Bork P., Brown D.G., Burge C.B., Cerutti L., Chen H.C., Church D., Clamp M., Copley R.R., Doerks T., Eddy S.R., Eichler E.E., Furey T.S., Galagan J., Gilbert J.G, Harmon C., Hayashizaki Y., Haussler D., Hermjakob H., Hokamp K., Jang W., Johnson L.S., Jones T.A., Kasif S., Kaspryzk A., Kennedy S., Kent W.J., Kitts P., Koonin E.V., Korf I., Kulp D., Lancet D., Lowe T.M., McLysaght A., Mikkelsen T, Moran J.V., Mulder N., Pollara VJ, Ponting C.P., Schuler G., Schultz J., Slater G., Smit A.F., Stupka E., Szustakowski J., Thierry-Mieg D., ThierryMieg J., Wagner L., Wallis J., Wheeler R., Williams A., Wolf Y.I., Wolfe K.H., Yang SP, Yeh R.F., Collins F, Guyer M.S., Peterson J., Felsenfeld A., Wetterstrand K.A., Patrinos A., Morgan M.J., de Jong P., Catanese J.J., Osoegawa K., Shizuya H., Choi S., Chen Y.J. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001;409(6822):860-921.Morozkin E.S., Loseva E.M., Morozov I.V., Kurilshikov A.M., Bondar A.A., Rykova E.Y., Rubtsov N.B., Vlassov V.V., Laktionov P.P. A comparative study of cell-free apoptotic and genomic DNA using FISH and massive parallel sequencing. Expert Opin. Biol. Ther. 2012;12(1):S141-S153. DOI: 10.1517/14712598.2012.670631Morozkin E.S., Loseva E.M., Morozov I.V., Kurilshikov A.M., Bondar A.A., Rykova E.Y., Rubtsov N.B., Vlassov V.V., Laktionov P.P. A comparative study of cell-free apoptotic and genomic DNA using FISH and massive parallel sequencing. Expert Opin. Biol. Ther. 2012;12(1):S141-S153. DOI: 10.1517/14712598.2012.670631Peters D.L., Pretorius P.J. Origin, translocation and destination of extracellular occurring DNA-a new paradigm in genetic behaviour. Clin. Chim. Acta. 2011;412(11/12):806-811. DOI: 10.1016/ j.cca.2011.01.026Peters D.L., Pretorius P.J. Origin, translocation and destination of extracellular occurring DNA-a new paradigm in genetic behaviour. Clin. Chim. Acta. 2011;412(11/12):806-811. DOI: 10.1016/ j.cca.2011.01.026Ponomaryova A., Rykova E., Cherdyntseva N., Skvortsova T.E., Dobrodeev A.Y., Zav’yalov A.A., Bryzgalov L.O., Tuzikov S.A., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Potentialities of aberrantly methylated circulating DNA for diagnostics and post-treatment follow-up of lung cancer patients. Lung Cancer. 2013;81(3):397-403. DOI: 10.1016/j.lungcan.2013.05.016Ponomaryova A., Rykova E., Cherdyntseva N., Skvortsova T.E., Dobrodeev A.Y., Zav’yalov A.A., Bryzgalov L.O., Tuzikov S.A., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Potentialities of aberrantly methylated circulating DNA for diagnostics and post-treatment follow-up of lung cancer patients. Lung Cancer. 2013;81(3):397-403. DOI: 10.1016/j.lungcan.2013.05.016Radpour R., Barekati Z., Kohler C., Lv Q., Bürki N., Diesch C., Bitzer J., Zheng H., Schmid S., Zhong X.Y. Hypermethylation of tumor suppressor genes involved in critical regulatory pathways for developing a blood-based test in breast cancer. PLoS ONE. 2011;6(1):e16080. DOI:10.1371/journal.pone.0016080Radpour R., Barekati Z., Kohler C., Lv Q., Bürki N., Diesch C., Bitzer J., Zheng H., Schmid S., Zhong X.Y. Hypermethylation of tumor suppressor genes involved in critical regulatory pathways for developing a blood-based test in breast cancer. PLoS ONE. 2011;6(1):e16080. DOI:10.1371/journal.pone.0016080Ramzy I.I., Omran D.A., Hamad O., Shaker O., Abboud A. Evaluation of serum LINE-1 hypomethylation as a prognostic marker for hepatocellular carcinoma. Arab J. Gastroenterol. 2011;12(3):139142. DOI:10.1016/j.ajg.2011.07.002Ramzy I.I., Omran D.A., Hamad O., Shaker O., Abboud A. Evaluation of serum LINE-1 hypomethylation as a prognostic marker for hepatocellular carcinoma. Arab J. Gastroenterol. 2011;12(3):139142. DOI:10.1016/j.ajg.2011.07.002Rykova E.Y., Morozkin E.S., Ponomaryova A.A., Loseva E.M., Zaporozhchenko I.A., Cherdyntseva N.V., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Cell-free and cell-bound circulating nucleic acid complexes: mechanisms of generation, concentration and content. Expert Opin. Biol. Th. 2012;12. Suppl. 1:S141-S153. DOI:10.1517/ 14712598.2012.673577Rykova E.Y., Morozkin E.S., Ponomaryova A.A., Loseva E.M., Zaporozhchenko I.A., Cherdyntseva N.V., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Cell-free and cell-bound circulating nucleic acid complexes: mechanisms of generation, concentration and content. Expert Opin. Biol. Th. 2012;12. Suppl. 1:S141-S153. DOI:10.1517/ 14712598.2012.673577Saito K., Kawakami K., Matsumoto I., Oda M., Watanabe G., Minamoto T. Long interspersed nuclear element 1 hypomethylation is a marker of poor prognosis in stage IA non–small cell lung cancer. Clin. Cancer Res. 2010;16(8):2418-2426. DOI:10.1158/10780432.CCR-09-2819Saito K., Kawakami K., Matsumoto I., Oda M., Watanabe G., Minamoto T. Long interspersed nuclear element 1 hypomethylation is a marker of poor prognosis in stage IA non–small cell lung cancer. Clin. Cancer Res. 2010;16(8):2418-2426. DOI:10.1158/10780432.CCR-09-2819Schwarzenbach H., Nishida N., Calin G.A., Pantel K. Clinical relevance of circulating cell-free microRNAs in cancer. Nature Rev. Clin. Oncol. 2014;11(3):145-156. DOI: 10.1038/nrclinonc.2014.5Schwarzenbach H., Nishida N., Calin G.A., Pantel K. Clinical relevance of circulating cell-free microRNAs in cancer. Nature Rev. Clin. Oncol. 2014;11(3):145-156. DOI: 10.1038/nrclinonc.2014.5Skvortsova T.E., Bryzgunova O.E., Lebedeva A.O., Mak V.V., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Methylated cell-free DNA in vitro and in vivo. Circulating nucleic acids in plasma and serum (Ed. P.B .Gahan). United Kingdom: Springer, 2011:85-194. DOI: 10.1007/97890-481-9382-0_25Skvortsova T.E., Bryzgunova O.E., Lebedeva A.O., Mak V.V., Vlassov V.V., Laktionov P.P. Methylated cell-free DNA in vitro and in vivo. Circulating nucleic acids in plasma and serum (Ed. P.B .Gahan). United Kingdom: Springer, 2011:85-194. DOI: 10.1007/97890-481-9382-0_25Suzuki M., Shiraishi K., Eguchi A., Ikeda K., Mori T., Yoshimoto K., Ohba Y., Yamada T., Ito T., Baba Y., Baba H. Aberrant methylation of LINE-1, SLIT2, MAL and IGFBP7 in non-small cell lung cancer. Oncol. Rep. 2013;29(4):1308-1314. DOI: 10.3892/ or.2013.2266Suzuki M., Shiraishi K., Eguchi A., Ikeda K., Mori T., Yoshimoto K., Ohba Y., Yamada T., Ito T., Baba Y., Baba H. Aberrant methylation of LINE-1, SLIT2, MAL and IGFBP7 in non-small cell lung cancer. Oncol. Rep. 2013;29(4):1308-1314. DOI: 10.3892/ or.2013.2266Van der Vaart M., Semenov D.V., Kuligina E.V., Richter V.A., Pretorius P.J. Characterisation of circulating DNA by parallel tagged sequencing on the 454 platform. Clin. Chim. Acta. 2009;409(1/2): 21-27. DOI: 10.1016/j.cca.2009.08.011Van der Vaart M., Semenov D.V., Kuligina E.V., Richter V.A., Pretorius P.J. Characterisation of circulating DNA by parallel tagged sequencing on the 454 platform. Clin. Chim. Acta. 2009;409(1/2): 21-27. DOI: 10.1016/j.cca.2009.08.011

The authors declare that there are no conflicts of interest present.