Межпородное скрещивание (кроссбридинг) способствует интродукции новых аллелей, повышению уровня генетического разнообразия крупного рогатого скота, достижению желательных фенотипических характеристик исходных пород. Однако следствием кроссбридинга может стать снижение степени генетической дифференциации пород, обусловленное потерей части их уникального аллелофонда. Цель настоящей работы – изучение влияния кроссбридинга на изменчивость аллелофонда отечественного черно-пестрого скота с использованием 10 локусов микросателлитов (BM1818, BM2113, ETH10, ETH225, TGLA122, TGLA126, TGLA227, ILST005, ETH185, ILST006). Исследо- вания проводили на чистопородных быках-производителях черно-пестрой породы (BW_PB, n = 14) и кроссах с голштинской породой с кровностью по черно-пестрой породе 25,0–62,5 % (BW_KR1, n = 16) и менее 12,5 % (BW-KR2, n = 67). В качестве группы сравнения использовали быков голштинской породы (HOLST, n = 42). Установлено, что с увеличением доли кровности по голштинской породе наблюдается снижение генетического разнообразия, оцененного по среднему числу эффективных аллелей (с 4,59 ± 0,46 до 3,87 ± 0,53), информационному индексу Шеннона (с 1,60 ± 0,13 до 1,46 ± 0,14) и уровню наблюдаемой гетерозиготности (с 0,779 ± 0,053 до 0,687 ± 0,055). Показано, что следствием кроссбридинга является повышение генетического сходства с HOLST: Fst = 0,058, 0,036 и 0,026, Rst = 0,088, 0,060 и 0,050, DNei = 0,306, 0,178 и 0,123 для BW_PB, BW_KR1 и BW_KR2 соответственно. Снижение генетических различий между черно-пестрой и голштинской породами, обусловленное кроссбридингом, подтверждено результатами кластерного анализа. Таким образом, для эффективного управления генетическими ресурсами сельскохозяйственных животных необходим мониторинг оценки состояния аллелофонда и уровня генетической изменчивости в популяциях.