Активное развитие технологий высокопроизводительного секвенирования привело к взрывообразному накоплению высококачественных данных по последовательностям бактериальных геномов – их число приближается к трем миллионам, и дальнейший рост продолжается. Это, в свою очередь, дает дополнительный импульс развитию технологий для более эффективной их аннотации аналитическими методами с прицелом на применение таких больших геномных данных, а также получение нового качества аннотаций. Одним из таких аналитических подходов стал метод филогенетического футпринтинга, направленный на выявление мотивов, соответствующих сайтам связывания транскрипционных факторов в промоторных областях бактериальных геномов путем сравнения соответствующих выборок регуляторных последовательностей генов-ортологов для родственных организмов. Дальнейшее накопление геномных данных стало стимулом для развития подхода. Так, было обнаружено, что избыточное число последовательностей в выборке, анализируемой с использованием филогенетического футпринтинга, лишь ухудшает точность метода, тогда как включение этапа отбора последовательностей в анализируемую выборку с учетом данных о взаимных эволюционных расстояниях повышает качество работы метода. В настоящей статье нами предложен и реализован следующий шаг развития метода филогенетического футпринтинга, основанный на множественном запуске описанного выше этапа отбора для формирования различающихся подвыборок, последующего запуска конвейера для каждой из подвыборок и на статистическом анализе получаемых результатов множественных запусков конвейера. Предложенный подход, реализованный в методе MotifsOnFly, позволяет повысить устойчивость получаемых результатов распознавания мотивов, выявляемых в многократных запусках конвейера. Эффективность метода MotifsOnFly продемонстрирована на примере анализа хорошо аннотированного промотора гена OmpW Escherichia coli.