vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-51Research ArticleСтатьиArticlesВИЗУАЛИЗАЦИЯ ХРОМОСОМОСПЕЦИФИЧНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ДНК ПРИ ПРОВЕДЕНИИ FISH МИКРОДИССЕКЦИОННЫХ ДНК-ПРОБ С МЕТАФАЗНЫМИ ХРОМОСОМАМИVISUALIZATION OF CHROMOSOME-SPECIFIC DNA SEQUENCES BY FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION OF MICRODISSECTION DNA PROBES WITH METAPHASE CHROMOSOMESБогомоловА. Г.BogomolovA. G.mantis_anton@bionet.nsc.ruЗадесенецК. С.ZadesenetsK. S.mantis_anton@bionet.nsc.ruКарамышеваТ. В.KaramyshevaT. V.mantis_anton@bionet.nsc.ruПодколодныйН. Л.PodkolodnyiN. L.mantis_anton@bionet.nsc.ruРубцовН. Б.RubtsovN. B.mantis_anton@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics, SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics, SB RAS, Novosibirsk, Russia Institute of Computational Mathematics and Mathematical Geophysics, SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский государственный университетРоссияInstitute of Cytology and Genetics, SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk State University, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201212122014162348357Copyright © Богомолов А.Г., Задесенец К.С., Карамышева Т.В., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б., 20142014Богомолов А.Г., Задесенец К.С., Карамышева Т.В., Подколодный Н.Л., Рубцов Н.Б.Bogomolov A.G., Zadesenets K.S., Karamysheva T.V., Podkolodnyi N.L., Rubtsov N.B.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/51

В настоящее время для улучшения результатов гибридизации in situ используется супрессия повторенных последовательностей (chromosomal in situ suppression hybridization – СISS-гибридизация). Однако CISS-гибридизацию не всегда можно провести. В статье представлен новый подход, позволяющий с помощью компьютерного анализа FISH изображений выделить сигнал хромосомоспецифичных последовательностей ДНК.

Presently, suppression of repetitive DNAsequences (chromosomal in situ suppression hybridization, СISS-hybridization) is used to improve the results of fluorescence in situ hybridization (FISH). However, in some cases the suppression cannot be performed, because sufficient amounts of DNAof some species are not available. This article presents a new approach, which allows visualization of a signal from chromosome-specific DNAsequences by means of computer-assisted analysis of FISH images.

Opisthorchis felineusMetorchis xanthosomusHomo sapiensмейотические хромосомыдиспергированные повторенные последовательности ДНКхромосомоспецифичные последовательности ДНКсупрессионная гибридизация in situ (CISS)флюоресцентная гибридизации inOpisthorchis felineusMetorchis xanthosomusHomo sapiensmeiotic chromosomesinterspersed repetitive DNAchromosome-specific DNA sequencesfluorescence in situ hybridization (FISH)chromosomal in situ suppression hybridization (CISS-hybridization)ReferencesГонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений. М.: Техносфера, 2005. С. 350–351, 989–991.Гонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений. М.: Техносфера, 2005. С. 350–351, 989–991.Журавель И.М. Краткий курс теории обработки изображений. 2012. Доступен на: http://matlab.exponenta.ru/imageprocess/book2/index.php.Журавель И.М. Краткий курс теории обработки изображений. 2012. Доступен на: http://matlab.exponenta.ru/imageprocess/book2/index.php.Карамышева Т.В., Матвеева В.Г., Шорина А.Р., Рубцов Н.Б. Клинический и молекулярно-цитогенетический анализ редкого случая мозаицизма по частичной моносомии 3р и частичной трисомии 10q у человека // Генетика. 2001. Т. 37. № 6. С. 811–816.Карамышева Т.В., Матвеева В.Г., Шорина А.Р., Рубцов Н.Б. Клинический и молекулярно-цитогенетический анализ редкого случая мозаицизма по частичной моносомии 3р и частичной трисомии 10q у человека // Генетика. 2001. Т. 37. № 6. С. 811–816.Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В., Гайнер Т.А. Современные методы молекулярно-цитогенетического анализа и диагностика хромосомных патологий // Геномика – медицине. М.: Академкнига, 2005. С. 219–235.Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В., Гайнер Т.А. Современные методы молекулярно-цитогенетического анализа и диагностика хромосомных патологий // Геномика – медицине. М.: Академкнига, 2005. С. 219–235.Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В. Многоцветие современной цитогенетики или multicolor FISH today // Информ. вестник ВОГиС. 2000. № 1. С. 13–15.Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В. Многоцветие современной цитогенетики или multicolor FISH today // Информ. вестник ВОГиС. 2000. № 1. С. 13–15.Софьер В.А. Компьютерная обработка изображений. Ч. 2.Софьер В.А. Компьютерная обработка изображений. Ч. 2.Методы и алгоритмы // Сорос. образоват. журнал. 1996. № 3. С. 111.Методы и алгоритмы // Сорос. образоват. журнал. 1996. № 3. С. 111.Третьяк Л.Н. Обработка результатов наблюдений. Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004. C. 44–45.Третьяк Л.Н. Обработка результатов наблюдений. Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004. C. 44–45.Шапиро Л., Стокман Дж. Компьютерное зрение. М.: БИНОМ, 2006. C. 87, 120–124.Шапиро Л., Стокман Дж. Компьютерное зрение. М.: БИНОМ, 2006. C. 87, 120–124.Calvard S., Ridler T.W. Picture thresholding using an iterative selection method // IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics. 1978. V. 8. No. 8. P. 630–632.Calvard S., Ridler T.W. Picture thresholding using an iterative selection method // IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics. 1978. V. 8. No. 8. P. 630–632.Henegariu O., Heerema N., Wright L. et al. Improvements in cytogenetic slide preparation: controlled chromosome spreading, chemical aging and gradual denaturing // Cytometry. 2001. V. 43. P. 101–109.Henegariu O., Heerema N., Wright L. et al. Improvements in cytogenetic slide preparation: controlled chromosome spreading, chemical aging and gradual denaturing // Cytometry. 2001. V. 43. P. 101–109.Ji L. Intelligent splitting in the chromosome domain // Pattern Recognition. 1989. V. 22. No. 5. P. 519–532.Ji L. Intelligent splitting in the chromosome domain // Pattern Recognition. 1989. V. 22. No. 5. P. 519–532.Lichter P., Cremer T., Borden J. et al. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. No. 3. P. 224–234.Lichter P., Cremer T., Borden J. et al. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. No. 3. P. 224–234.Morozkin E.S., Loseva E.M., Karamysheva T.V. et al. A method for generating selective DNA probes for the analysis of C-negative regions in human chromosomes // Cytogenet. Genome Res. 2011. V. 135. No. 1. P. 1–11.Morozkin E.S., Loseva E.M., Karamysheva T.V. et al. A method for generating selective DNA probes for the analysis of C-negative regions in human chromosomes // Cytogenet. Genome Res. 2011. V. 135. No. 1. P. 1–11.Otsu N. A threshold selection method for gray-levels histograms // IEEE Trans. on Pat. Anal. and Machine Int. 1979. V. 13. Р. 583–598.Otsu N. A threshold selection method for gray-levels histograms // IEEE Trans. on Pat. Anal. and Machine Int. 1979. V. 13. Р. 583–598.Rubtsov N., Riemann I., Trifonov V. et al. Chromosome microdissection using NIR femtosecond laserpulses and generation of band specific DNA-libraries with DOP-PCR // Cell Mol. Biol. 2000. V. 46. Abstr. 200.Rubtsov N., Riemann I., Trifonov V. et al. Chromosome microdissection using NIR femtosecond laserpulses and generation of band specific DNA-libraries with DOP-PCR // Cell Mol. Biol. 2000. V. 46. Abstr. 200.Zack G.W., Rogers W.E., Latt S.A. Automatic measurement of sister chromatid exchange frequency // J. Histochem. Cytochem. 1977. V. 25. No. 7. P. 741–753.Zack G.W., Rogers W.E., Latt S.A. Automatic measurement of sister chromatid exchange frequency // J. Histochem. Cytochem. 1977. V. 25. No. 7. P. 741–753.Zadesenets K.S., Karamysheva T.V., Katokhin A.V. et al. Distribution of repetitive DNA sequences in chromosomes of five opisthorchid species (Trematoda, Opisthorchiidae) // Parasitol. Internat. 2012. V. 61. No. 1. P. 84–86.Zadesenets K.S., Karamysheva T.V., Katokhin A.V. et al. Distribution of repetitive DNA sequences in chromosomes of five opisthorchid species (Trematoda, Opisthorchiidae) // Parasitol. Internat. 2012. V. 61. No. 1. P. 84–86.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.