vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-73Research ArticleСтатьиArticlesИНФОРМАЦИОННАЯ ПОДДЕРЖКА ЭКСПЕРИМЕНТОВ ПО ТРАНСГЕНЕЗУ РАСТЕНИЙ В БАЗЕ ДАННЫХ ТРАНСЛЯЦИОННЫХ ЭНХАНСЕРОВA DATABASE ON TRANSLATIONAL ENHANCERS TO SUPPORT EXPERIMENTS WITH TRANSGENIC PLANTSСмирноваО. Г.SmirnovaO. G.ak@bionet.nsc.ruРассказовД. А.RasskazovD. A.ak@bionet.nsc.ruКочетовА. В.KochetovA. V.ak@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201214122014164/1766773Copyright © Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В., 20142014Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В.Smirnova O.G., Rasskazov D.A., Kochetov A.V.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/73

Разработана база данных для подбора трансляционных энхансеров, обеспечивающих дополнительный контроль экспрессии чужеродного гена в растениях на уровне трансляции мРНК. База данных содержит структурированную информацию о локализованных в мРНК трансляционных энхансерах, которые контролируют экспрессию генов на посттранскрипционном уровне. Эта информация полезна для планирования генно-инженерных экспериментов. Использование платформы и интерфейса Sequence Retrieval System позволяет проводить быстрый поиск трансляционных энхансеров с определенными характеристиками и получать нуклеотидные последовательности выбранных энхансеров. База данных доступна по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trsig/.

A database on translational enhancers providing additional control of foreign gene expression at the mRNA translation level has been developed. It contains structured information on the presence of enhancers located within mRNAs, which control gene expression at the posttranscriptional stage. These data can be used to design genetic constructs for plant transgenesis. The database is based on the platform of the Sequence Retrieval System (SRS), allowing users to make a rapid search for enhancers with defined properties and retrieve corresponding nucleotide sequences. The database is available at http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trsig/

база данныхинформационный ресурстрансляционный энхансергенетическая инженериятрансгенные растенияdatabaseinformation resourcetranslational enhancergenetic engineeringtransgenic plantsгрант Министерства образования и науки РФ в рамках ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007–2013 гг.»ReferencesКочетов А.В., Смирнова О., Ибрагимова С. и др. Информационный портал «Биотехнология растений» – Интернет-ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 838–848.Кочетов А.В., Смирнова О., Ибрагимова С. и др. Информационный портал «Биотехнология растений» – Интернет-ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 838–848.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 444–460.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 444–460.Gallie D.R. The 5’-leader of tobacco mosaic virus promotes translation through enhanced recruitment of eIF4F // Nucl. Acids Res. 2002. V. 30. Nо. 15. P. 3401–3411.Gallie D.R. The 5’-leader of tobacco mosaic virus promotes translation through enhanced recruitment of eIF4F // Nucl. Acids Res. 2002. V. 30. Nо. 15. P. 3401–3411.Grillo G., Turi A., Licciulli F. et al. UTRdb and UTRsite (RELEASE 2010): a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Database issue. P. D75–D80.Grillo G., Turi A., Licciulli F. et al. UTRdb and UTRsite (RELEASE 2010): a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Database issue. P. D75–D80.Jacobs G.H., Chen A., Stevens S.G. et al. Transterm: a database to aid the analysis of regulatory sequences in mRNAs // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. Database issue. P. D72–D76.Jacobs G.H., Chen A., Stevens S.G. et al. Transterm: a database to aid the analysis of regulatory sequences in mRNAs // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. Database issue. P. D72–D76.Liu Y., Wimmer E., Paul A.V. Cis-acting RNA elements in human and animal plus-strand RNA viruses // Biochim. Biophys. Acta. 2009. V. 1789. Nо. 9/10. P. 495–517.Liu Y., Wimmer E., Paul A.V. Cis-acting RNA elements in human and animal plus-strand RNA viruses // Biochim. Biophys. Acta. 2009. V. 1789. Nо. 9/10. P. 495–517.Zdobnov E.M., Lopez R., Apweiler R., Etzold T. The EBI SRS server – recent developments // Bioinformatics. 2002. V. 18. P. 368–373.Zdobnov E.M., Lopez R., Apweiler R., Etzold T. The EBI SRS server – recent developments // Bioinformatics. 2002. V. 18. P. 368–373.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.