vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-76Research ArticleСтатьиArticlesРАСПРЕДЕЛЕННАЯ СИСТЕМА RESTful-WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ РЕКОНСТРУКЦИИ И АНАЛИЗА ГЕННЫХ СЕТЕЙDISTRIBUTED RESTful WEB SERVICES FOR RECONSTRUCTION AND ANALYSIS OF GENE NETWORKSПодколодныйН. Л.PodkolodnyyN. L.pnl@bionet.nsc.ruСеменычевА. В.SemenychevA. V.pnl@bionet.nsc.ruРассказовД. А.RasskazovD. A.pnl@bionet.nsc.ruБоровскийВ. Г.BorowskyV. G.pnl@bionet.nsc.ruАнанькоЕ. А.AnankoE. A.pnl@bionet.nsc.ruИгнатьеваЕ. В.IgnatievaE. V.pnl@bionet.nsc.ruПодколоднаяН. Н.PodkolodnayaN. N.pnl@bionet.nsc.ruПодколоднаяО. А.PodkolodnayaO. A.pnl@bionet.nsc.ruКолчановН. А.KolchanovN. A.pnl@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия НИЦ «Курчатовский институт», Москва, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, Russia National Research Centre «Kurchatov Institute», Moscow, RussiaRussian Federation201215122014164/1791798Copyright © Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Боровский В.Г., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Колчанов Н.А., 20142014Подколодный Н.Л., Семенычев А.В., Рассказов Д.А., Боровский В.Г., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная Н.Н., Подколодная О.А., Колчанов Н.А.Podkolodnyy N.L., Semenychev A.V., Rasskazov D.A., Borowsky V.G., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya N.N., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/76

В данной работе описывается распределенный программный комплекс на основе RESTful-Web-сервисов, который ориентирован на решение задач реконструкции генных сетей на основе интеграции данных из гетерогенных источников информации, включая базы данных о молекулярно-генетических взаимодействиях, метаболических и сигнальных путях, генных сетях и т. д.

This paper describes a RESTful Web service-based distributed software system, which focuses on the reconstruction of gene networks by integrating data from heterogeneous data sources, including databases of molecular-genetic interactions, metabolic and signaling pathways, gene networks, etc.

распределенные системыRESTful-Web-сервисыгенные сетиинтеграция данныханализ графов генных сетейdistributed systemsRESTful-Web servicesgene networksdata integrationgene network graph analysisМинистерство образования и науки РФReferencesГринвальд Р., Стаковьяк Р., Стерн Д. Oracle 11g. Основы. СПб.: Символ-плюс, 2009. 464 с.Гринвальд Р., Стаковьяк Р., Стерн Д. Oracle 11g. Основы. СПб.: Символ-плюс, 2009. 464 с.Кайт Т. Oracle для профессионалов: архитектура, программирование и особенности версий 9i, 10g и 11g. «ВИЛЬЯМС», 2011. 848 с.Кайт Т. Oracle для профессионалов: архитектура, программирование и особенности версий 9i, 10g и 11g. «ВИЛЬЯМС», 2011. 848 с.Колчанов Н.А., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А. и др. Генные сети // Молекуляр. биология. 2000. Т. 34. № 4. С. 533–544.Колчанов Н.А., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А. и др. Генные сети // Молекуляр. биология. 2000. Т. 34. № 4. С. 533–544.Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L. et al. GeneNet in 2005 // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. D425–D427.Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L. et al. GeneNet in 2005 // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. D425–D427.Aranda B., Achuthan P., Alam-Faruque Y. et al. The IntAct molecular interaction database in 2010 // Nucl. Acids Res. 2009. V. 38. D525–D531.Aranda B., Achuthan P., Alam-Faruque Y. et al. The IntAct molecular interaction database in 2010 // Nucl. Acids Res. 2009. V. 38. D525–D531.Caspi R., Altman T., Dale J.M. et al. The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. P. 473–479.Caspi R., Altman T., Dale J.M. et al. The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. P. 473–479.Chatr-Aryamontri A., Ceol A., Palazzi L.M. et al. MINT: the Molecular INTeraction database // Nucl. Acids Res. 2007. V. 35. P. 572–574.Chatr-Aryamontri A., Ceol A., Palazzi L.M. et al. MINT: the Molecular INTeraction database // Nucl. Acids Res. 2007. V. 35. P. 572–574.Croft D., O’Kelly G., Wu G., Haw R. et al. Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. P. 691–697.Croft D., O’Kelly G., Wu G., Haw R. et al. Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. P. 691–697.Csárdi G., Nepusz T. The igraph software package for complex network research // Intern. J. Complex Syst. 2006a. V. 1695.Csárdi G., Nepusz T. The igraph software package for complex network research // Intern. J. Complex Syst. 2006a. V. 1695.Csárdi G., Nepusz T. igraph Reference Manual // 29-33 Konkoly-Thege Miklуs road, Budapest H-1121, Hungary, 509 p. 2006b. http://igraph.sourceforge.net/doc/igraphdocs.pdfCsárdi G., Nepusz T. igraph Reference Manual // 29-33 Konkoly-Thege Miklуs road, Budapest H-1121, Hungary, 509 p. 2006b. http://igraph.sourceforge.net/doc/igraphdocs.pdfGalperin M.Y., Fernández-Suárez X.M. The 2012 nucleic acids research database issue and the online molecular biology database collection // Nucl. Acids Res. 2011. V. 40. D1-D8.Galperin M.Y., Fernández-Suárez X.M. The 2012 nucleic acids research database issue and the online molecular biology database collection // Nucl. Acids Res. 2011. V. 40. D1-D8.Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A. et al. TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes // Intell. Data Anal. 2008. V. 12. No. 5. P. 443–461.Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A. et al. TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes // Intell. Data Anal. 2008. V. 12. No. 5. P. 443–461.Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a database for gene networks and its automated visualization // Bioinformatics. 1998. V. 14. No. 6. P. 529–537.Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a database for gene networks and its automated visualization // Bioinformatics. 1998. V. 14. No. 6. P. 529–537.Newman M.E.J. Finding community structure in networks using the eigenvectors of matrices // Phys. Rev. 2006. E 74, 036104.Newman M.E.J. Finding community structure in networks using the eigenvectors of matrices // Phys. Rev. 2006. E 74, 036104.Richardson L., Ruby S. RESTful Web Services. O’Relly Media. Inc., 1005 Gravensein Highway North, Sebastopol, CA, 2007. 420 c.Richardson L., Ruby S. RESTful Web Services. O’Relly Media. Inc., 1005 Gravensein Highway North, Sebastopol, CA, 2007. 420 c.Schaefer C.F., Anthony K., Krupa S. et al. PID: the pathway interaction database // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. P. 674–679.Schaefer C.F., Anthony K., Krupa S. et al. PID: the pathway interaction database // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. P. 674–679.Scheer M., Grote A., Chang A. et al. BRENDA, the enzyme information system in 2011 // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. P. 670–676.Scheer M., Grote A., Chang A. et al. BRENDA, the enzyme information system in 2011 // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. P. 670–676.Schreier S. Modeling RESTful applications // Proc. WS-REST ‘11 Proceedings of the Second Intern. Workshop on RESTful Design. ACM, NY, USA, 2011. P. 15–21.Schreier S. Modeling RESTful applications // Proc. WS-REST ‘11 Proceedings of the Second Intern. Workshop on RESTful Design. ACM, NY, USA, 2011. P. 15–21.Subbu Allamaraju RESTful Web Servises Cookbook. O’Relly Media, Inc. 2010. 293 с.Subbu Allamaraju RESTful Web Servises Cookbook. O’Relly Media, Inc. 2010. 293 с.Valverde F., Pastor O. Dealing with REST Services in Modeldriven Web Engineering Methods // V Jornadas Científi co-Técnicas en Servicios Web y SOA, JSWEB. 2009.Valverde F., Pastor O. Dealing with REST Services in Modeldriven Web Engineering Methods // V Jornadas Científi co-Técnicas en Servicios Web y SOA, JSWEB. 2009.Wrzodek C., Drager A., Zell A. KEGG translator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats // Bioinformatics. 2011. V. 27. No. 16. P. 2314–2315.Wrzodek C., Drager A., Zell A. KEGG translator: visualizing and converting the KEGG PATHWAY database to various formats // Bioinformatics. 2011. V. 27. No. 16. P. 2314–2315.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.