Представлены результаты изучения наследования белковых маркеров в разных поколениях межвидовых гибридов хлопчатника Gossypium hirsutum L. × G. barbadense L. и G. barbadense L. × G. hirsutum L. При выведении этих гибридов вид G. hirsutum был представлен карликовыми растениями, полученными вследствие мутации, индуцированной ранее гамма-излучением, а вид G. barbadense – сортом С-6037. Растения вида G. hirsutum имели белковый маркер Н-0,13, а у растений вида G. barbadense гомологичный маркер был представлен белком В-0,18. Более ранними исследованиями установлено, что в межвидовых скрещиваниях эти маркеры проявляют себя как аллели одного локуса. Это позволило использовать данные маркеры для анализа соотношений фенотипических классов в ряду поколений межвидовых гибридов, включая F2, F9 и F10. При проведении исследований растения, содержащие только один тип белка (Н-0,13 или В-0,18), рассматривали как гомозиготы по соответствующему гену, а растения, содержащие оба  белка (Н-0,13 и В-0,18), – как гетерозиготы. У ряда полиморфных по указанным белкам потомств наблюдалось достоверное изменение соотношения фенотипических классов, проявлявшееся как смещение в сторону увеличения или уменьшения доли какого-либо гомозиготного фенотипического класса либо как достоверное увеличение или уменьшение доли гетерозиготного класса. Электрофоретический состав белков семян исследуемых образцов хлопчатника оставался неизменным до девятого поколения гибридов, но в десятом поколении некоторые гетерозиготные растения давали потомство, в семенах которых отсутствовал белок с электрофоретической подвижностью 0,70. Такие растения принадлежали гомозиготному фенотипическому классу, у которого выявляется маркер Н-0,13.