vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-82Research ArticleСтатьиArticlesИНФОРМАЦИОННЫЙ ПОРТАЛ «БИОТЕХНОЛОГИЯ РАСТЕНИЙ» – ИНТЕРНЕТ-РЕСУРС ДЛЯ ПОДДЕРЖКИ ЭКСПЕРИМЕНТОВ В ОБЛАСТИ ГЕННОЙ ИНЖЕНЕРИИ РАСТЕНИЙ, ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ ПШЕНИЦЫINFORMATIONAL PORTAL «PLANT BIOTECHNOLOGY» – INTERNET RESOURCE TO SUPPORT EXPERIMENTS IN PLANT GENE ENGINEERING, GENETICS AND WHEAT BREEDINGКочетовА. В.KochetovA. V.ak@bionet.nsc.ruСмирноваО. Г.SmirnovaO. G.ak@bionet.nsc.ruИбрагимоваС. М.IbragimovaS. M.ak@bionet.nsc.ruРассказовД. А.RasskazovD. A.ak@bionet.nsc.ruАфонниковД. А.AfonnikovD. A.ak@bionet.nsc.ruГенаевМ. А.GenaevM. A.ak@bionet.nsc.ruДорошковА. В.DoroshkovA. V.ak@bionet.nsc.ruПшеничниковаТ. А.PshenichnikovaT. A.ak@bionet.nsc.ruСимоновА. В.SimonovA. V.ak@bionet.nsc.ruМорозоваЕ. В.MorozovaE. V.ak@bionet.nsc.ruФедеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201215122014164/1838848Copyright © Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.М., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В., 20142014Кочетов А.В., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.М., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А., Симонов А.В., Морозова Е.В.Kochetov A.V., Smirnova O.G., Ibragimova S.M., Rasskazov D.A., Afonnikov D.A., Genaev M.A., Doroshkov A.V., Pshenichnikova T.A., Simonov A.V., Morozova E.V.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/82

Разработан Интернет-портал для информационной поддержки проведения НИР в области биотехнологии растений, содержащий специализированные модули (базы данных –БД) и программные компоненты), включая БД внешних информационных ресурсов, БД промоторов для трансгенеза растений, БД трансляционных энхансеров для трансгенеза растений, БД WheatPGE для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений и селекционно-генетических экспериментов на пшенице. Модульная структура позволяет использовать этот ресурс в качестве платформы, к которой могут добавляться новые информационные и программные компоненты. Интернет-ресурс доступен на сайте ИЦиГ СО РАН (http://bioagrotech.bionet.nsc.ru/).

New Internet-resource to support the research in plant biotechnology is presented. This Internet portal contains specialized modules (databases and software) and allows users to combine these modules to solve various tasks as well as it permits the further resource development by addition of new modules. Currently the resource contains the database of external informational sources, the database on promoters for plant transgenesis, the database on translational enhancers for plant transgenesis, and the database WheatPGE to support the experiments in a wheat breeding. The resource is available at ICG www-site (http://bioagrotech.bionet.nsc.ru/).

информационный ресурсбаза данныхпромотортрансляционный энхансергенная инженерияпшеницафенотипированиеселекцияinformational resourcedatabasepromotertranslational enhancersgenetic engineeringbread wheatphenotypingbreedingМинистерство образования и науки РФReferencesГенаев, М.А., Дорошков A.В., Морозова Е.В. и др. Компьютерная система WheatPGE для анализа взаимосвязи фенотип–генотип–окружающая среда у пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2011. Т. 15. С. 784–793.Генаев, М.А., Дорошков A.В., Морозова Е.В. и др. Компьютерная система WheatPGE для анализа взаимосвязи фенотип–генотип–окружающая среда у пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2011. Т. 15. С. 784–793.Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А. и др. Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 410–424.Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А. и др. Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 410–424.Крупнов В.А., Цапайкин А.П. Опушение листьев пшеницы: генетические и экологические аспекты // С.-х. биология. Сер. «биология растений». 1990. № 1. C. 51–57.Крупнов В.А., Цапайкин А.П. Опушение листьев пшеницы: генетические и экологические аспекты // С.-х. биология. Сер. «биология растений». 1990. № 1. C. 51–57.Лихенко И.Е. О взаимосвязи опушения органов растений яровой мягкой пшеницы с хозяйственно и биологически ценными признаками в условиях Западной Сибири // Растениеводство и селекция. 2007. № 6. C. 25–31.Лихенко И.Е. О взаимосвязи опушения органов растений яровой мягкой пшеницы с хозяйственно и биологически ценными признаками в условиях Западной Сибири // Растениеводство и селекция. 2007. № 6. C. 25–31.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012а. Т. 7. № 2. С. 444–460.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012а. Т. 7. № 2. С. 444–460.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений: база данных трансляционных энхансеров // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012б. Т. 16. № 4/1. С. 766–773.Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений: база данных трансляционных энхансеров // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012б. Т. 16. № 4/1. С. 766–773.Abdeev R.M., Abdeeva I.A., Bruskin S.S. et al. Bacterial thermostable beta-glucanases as a tool for plant functional genomics // Gene. 2009. V. 436. P. 81–89.Abdeev R.M., Abdeeva I.A., Bruskin S.S. et al. Bacterial thermostable beta-glucanases as a tool for plant functional genomics // Gene. 2009. V. 436. P. 81–89.Ageitos J.M., Vallejo J.A., Veiga-Crespo P., Villa T.G. Oily yeasts as oleaginous cell factories // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011. V. 90. P. 1219–1227.Ageitos J.M., Vallejo J.A., Veiga-Crespo P., Villa T.G. Oily yeasts as oleaginous cell factories // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011. V. 90. P. 1219–1227.Ajjawi I., Lu Y., Savage L.J. et al. Large-scale reverse genetics in Arabidopsis: case studies from the Chloroplast 2010 Project // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 529–540.Ajjawi I., Lu Y., Savage L.J. et al. Large-scale reverse genetics in Arabidopsis: case studies from the Chloroplast 2010 Project // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 529–540.Brachi B., Faure N., Horton M. et al. Linkage and association mapping of Arabidopsis thaliana fl owering time in nature // PLoS Genet. 2010. V. 6. P. e1000940.Brachi B., Faure N., Horton M. et al. Linkage and association mapping of Arabidopsis thaliana fl owering time in nature // PLoS Genet. 2010. V. 6. P. e1000940.Bulgakov V.P., Inyushkina Y.V., Fedoreyev S.A. Rosmarinic acid and its derivatives: biotechnology and applications // Crit. Rev. Biotechnol. 2011.Bulgakov V.P., Inyushkina Y.V., Fedoreyev S.A. Rosmarinic acid and its derivatives: biotechnology and applications // Crit. Rev. Biotechnol. 2011.Eberius M., Lima-Guerra J. High-Throughput Plant Phenotyping – Data Acquisition, Transformation, and Analysis // Bioinformatics: Tools and Applications / Ed. D. Edwards et al. Springer Science+Business Media, LLC, 2009. P. 259–278.Eberius M., Lima-Guerra J. High-Throughput Plant Phenotyping – Data Acquisition, Transformation, and Analysis // Bioinformatics: Tools and Applications / Ed. D. Edwards et al. Springer Science+Business Media, LLC, 2009. P. 259–278.Genaev M.A., Doroshkov A.V., Pshenichnikova T.A. et al. Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique // Planta. 2012. In press.Genaev M.A., Doroshkov A.V., Pshenichnikova T.A. et al. Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique // Planta. 2012. In press.Golzarian M.R., Frick R.A., Rajendran K. et al. Accurate inference of shoot biomass from high-throughput images of cereal plants // Plant Methods. 2011. V. 7. 2.Golzarian M.R., Frick R.A., Rajendran K. et al. Accurate inference of shoot biomass from high-throughput images of cereal plants // Plant Methods. 2011. V. 7. 2.Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.Hassan S.W., Waheed M.T., Lössl A.G. New areas of plantmade pharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2011. V. 10. P. 151–153.Hassan S.W., Waheed M.T., Lössl A.G. New areas of plantmade pharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2011. V. 10. P. 151–153.Iyer-Pascuzzi A.S., Symonova O., Mileyko Y. et al. Imaging and analysis platform for automatic phenotyping and trait ranking of plant root systems // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 1148–1157.Iyer-Pascuzzi A.S., Symonova O., Mileyko Y. et al. Imaging and analysis platform for automatic phenotyping and trait ranking of plant root systems // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 1148–1157.Kaminuma E., Yoshizumi T., Wada T. et al. Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography // Plant J. 2008. V. 56. P. 470–482.Kaminuma E., Yoshizumi T., Wada T. et al. Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography // Plant J. 2008. V. 56. P. 470–482.Komarova T.V., Baschieri S., Donini M. et al. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2010. V. 9. P. 859–876.Komarova T.V., Baschieri S., Donini M. et al. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2010. V. 9. P. 859–876.Kumar G.R., Sakthivel K., Sundaram R.M. et al. Allele mining in crops: prospects and potentials // Biotechnol. Adv. 2010. V. 28. P. 451–461.Kumar G.R., Sakthivel K., Sundaram R.M. et al. Allele mining in crops: prospects and potentials // Biotechnol. Adv. 2010. V. 28. P. 451–461.Lee J.M., Davenport G.F., Marshall D. et al. GERMINATE: a generic database for integrating genotypic and phenotypic information for plant genetic resource collections // Plant Physiol. 2005. V. 139. P. 619–631.Lee J.M., Davenport G.F., Marshall D. et al. GERMINATE: a generic database for integrating genotypic and phenotypic information for plant genetic resource collections // Plant Physiol. 2005. V. 139. P. 619–631.Lu Y., Savage L.J., Ajjawi I. et al. New connections across pathways and cellular processes: industrialized mutant screening reveals novel associations between diverse phenotypes in Arabidopsis // Plant Physiol. 2008 V. 146. P. 1482–1500.Lu Y., Savage L.J., Ajjawi I. et al. New connections across pathways and cellular processes: industrialized mutant screening reveals novel associations between diverse phenotypes in Arabidopsis // Plant Physiol. 2008 V. 146. P. 1482–1500.Pritchard L., Birch P. A systems biology perspective on plant-microbe interactions: biochemical and structural targets of pathogen effectors // Plant Sci. 2011. V. 180. P. 584–603.Pritchard L., Birch P. A systems biology perspective on plant-microbe interactions: biochemical and structural targets of pathogen effectors // Plant Sci. 2011. V. 180. P. 584–603.Skryabin K. Do Russia and Eastern Europe need GM plants? // N. Biotechnol. 2010. V. 27. P. 593–595.Skryabin K. Do Russia and Eastern Europe need GM plants? // N. Biotechnol. 2010. V. 27. P. 593–595.Smirnova O.G., Ibragimova S.М., Kochetov A.V. Simple database to select promoters for plant transgenesis // Transgenic Res. 2012. 21. Р. 429–437.Smirnova O.G., Ibragimova S.М., Kochetov A.V. Simple database to select promoters for plant transgenesis // Transgenic Res. 2012. 21. Р. 429–437.Vankadavath R.N., Hussain A.J., Bodanapu R. et al. Computer aided data acquisition tool for high-throughput phenotyping of plant populations // Plant Methods. 2009. V. 5. 18.Vankadavath R.N., Hussain A.J., Bodanapu R. et al. Computer aided data acquisition tool for high-throughput phenotyping of plant populations // Plant Methods. 2009. V. 5. 18.Varshney R.K., Bansal K.C., Aggarwal P.K. et al. Agricultural biotechnology for crop improvement in a variable climate: hope or hype? // Trends Plant Sci. 2011. V. 16. P. 363–371.Varshney R.K., Bansal K.C., Aggarwal P.K. et al. Agricultural biotechnology for crop improvement in a variable climate: hope or hype? // Trends Plant Sci. 2011. V. 16. P. 363–371.Wiley P.E., Campbell J.E., McKuin B. Production of biodiesel and biogas from algae: a review of process train options // Water Environ. Res. 2011. V. 83. P. 326–338.Wiley P.E., Campbell J.E., McKuin B. Production of biodiesel and biogas from algae: a review of process train options // Water Environ. Res. 2011. V. 83. P. 326–338.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.