vavilovВавиловский журнал генетики и селекцииVavilov Journal of Genetics and Breeding2500-3259Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RASvavilov-83Research ArticleСтатьиArticlesBioInfoWF – СИСТЕМА АВТОМАТИЧЕСКОЙ ГЕНЕРАЦИИ WEB-ИНТЕРФЕЙСОВ И WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ БИОИНФОРМАЦИОННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙBioInfoWF – WEB SERVICES AND WEB INTERFACES GENERATOR FOR BIOINFORMATICS ANALYSISГенаевМ. А.GenaevM. A.mag@bionet.nsc.ruКомышевЕ. Г.KomyshevE. G.ГунбинК. В.GunbinK. V.mag@bionet.nsc.ruАфонниковД. А.AfonnikovD. A.mag@bionet.nsc.ruУчреждение Российской академии наук Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, RussiaRussian FederationФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)РоссияNovosibirsk National Research State University, Novosibirsk, RussiaRussian FederationУчреждение Российской академии наук Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, РоссияРоссияInstitute of Cytology and Genetics SB RAS, Novosibirsk, Russia Novosibirsk National Research State University, Novosibirsk, RussiaRussian Federation201215122014164/1849857Copyright © Генаев М.А., Комышев Е.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А., 20142014Генаев М.А., Комышев Е.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А.Genaev M.A., Komyshev E.G., Gunbin K.V., Afonnikov D.A.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/83

В настоящей работе представлена система BioInfoWF для автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для вычислительных модулей в области биоинформатики. Для каждого вычислительного модуля, используемого в этой системе, вводится метаописание на языке XML. На основе метаописаний BioInfoWF автоматически генерируют Web-интерфейсы и Web-сервисы, которые в дальнейшем могут использоваться как в различных биоинформационных системах, так и непосредственно в самой системе BioInfoWF. Вычислительные модули в нашей системе могут объединяться в конвейеры, для которых автоматически генерируется пользовательский Web-интерфейс. Разработанный нами инструмент существенно упрощает разработку и публикацию модулей анализа биоинформатических данных в сети, что обеспечивает их доступность для сообществ биологов и биоинформатиков. Система BioInfoWF распространяется под свободной лицензией GNU GPL. Дистрибутив и пользовательская документация системы BioInfoWF доступны на сайте http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.

The BioinfoWF (Bioinformatics WorkFlow) system for automated generation of Web interface and Web services for bioinformatics programs. Each program module used in the system has metadescription in XML. The metadescriptions are used for automated generation of Web interface and Web services that can be used further in bioinformatics workflows. Computational modules can be organized in workflows. The tool we have developed significantly simplify the design and publication of modules for bioinformatics data analysis via the internet and their availability for scientific communities. The developed system makes is distributed under GNU GPL. The Source codes and documentation for BioinfoWF are available at http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.

биоинформатикаинтеграция данныхконвейерная обработка данныхметаописание данныхWeb-интерфейсWeb-сервисbioinformaticsdata integrationworkflow data processingdata metadescriptionWeb interfaceWeb serviceМинистерство образования и науки РФReferencesГунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B // Вестн. Томского гос. ун-та. Биология. 2011. 4. С. 175–189.Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B // Вестн. Томского гос. ун-та. Биология. 2011. 4. С. 175–189.Bhagat J., Tanoh F., Nzuobontane E. et al. BioCatalogue: a universal catalogue of Web services for the life sciences // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 689–694.Bhagat J., Tanoh F., Nzuobontane E. et al. BioCatalogue: a universal catalogue of Web services for the life sciences // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 689–694.Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workfl ows and e-Science: An overview of workfl ow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Р. 528–540.Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workfl ows and e-Science: An overview of workfl ow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Р. 528–540.Dereeper A., Guignon V., Blanc G. et al. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. Р. 465–469.Dereeper A., Guignon V., Blanc G. et al. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. Р. 465–469.Fernald G.H., Capriotti E., Daneshjou R. et al. Bioinformatics challenges for personalized medicine // Bioinformatics. 2011. V. 27. Р. 1741–1748.Fernald G.H., Capriotti E., Daneshjou R. et al. Bioinformatics challenges for personalized medicine // Bioinformatics. 2011. V. 27. Р. 1741–1748.Goble C.A., Bhagat J., Aleksejevs S. et al. myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workfl ows // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 677–682.Goble C.A., Bhagat J., Aleksejevs S. et al. myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workfl ows // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 677–682.Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J., Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. 11:R86.Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J., Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. 11:R86.Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. In press.Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. In press.Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. P. 224.Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. P. 224.Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.Moore J.H., Asselbergs F.W., Williams S.M. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies // Bioinformatics. 2010. V. 26. Р. 445–455.Moore J.H., Asselbergs F.W., Williams S.M. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies // Bioinformatics. 2010. V. 26. Р. 445–455.Oinn T., Addis M., Ferris J. et al. Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workfl ows // Bioinformatics. 2004. V. 20. Р. 3045–3054.Oinn T., Addis M., Ferris J. et al. Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workfl ows // Bioinformatics. 2004. V. 20. Р. 3045–3054.Pop M., Salzberg S.L. Bioinformatics challenges of new sequencing technology // Trends Genet. 2008. V. 24. Р. 142–149.Pop M., Salzberg S.L. Bioinformatics challenges of new sequencing technology // Trends Genet. 2008. V. 24. Р. 142–149.Pupko T., Pe’er I., Hasegawa M. et al. A branch-and-bound algorithm for the inference of ancestral amino-acid sequences when the replacement rate varies among sites: Application to the evolution of fi ve gene families // Bioinformatics. 2002. V. 18. Р. 1116–1123.Pupko T., Pe’er I., Hasegawa M. et al. A branch-and-bound algorithm for the inference of ancestral amino-acid sequences when the replacement rate varies among sites: Application to the evolution of fi ve gene families // Bioinformatics. 2002. V. 18. Р. 1116–1123.Sánchez R., Serra F., Tárraga J. et al. Phylemon 2.0: a suite of Web-tools for molecular evolution, phylogenetics, phylogenomics and hypotheses testing // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. Р. 470–474.Sánchez R., Serra F., Tárraga J. et al. Phylemon 2.0: a suite of Web-tools for molecular evolution, phylogenetics, phylogenomics and hypotheses testing // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. Р. 470–474.Smith N.G. Are radical and conservative substitution rates useful statistics in molecular evolution? // J. Mol. Evol. 2003. V. 57. Р. 467–478.Smith N.G. Are radical and conservative substitution rates useful statistics in molecular evolution? // J. Mol. Evol. 2003. V. 57. Р. 467–478.Zhang J. Rates of conservative and radical nonsynonymous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes // J. Mol. Evol. 2000. V. 50. Nо. 1. P. 56–68.Zhang J. Rates of conservative and radical nonsynonymous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes // J. Mol. Evol. 2000. V. 50. Nо. 1. P. 56–68.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.