Разработан новый подход к поиску регуляторных SNP (rSNP), основанный на анализе ChIP-seq и RNA-seq данных проекта ENCODE. Подход успешно применен для выявления rSNP, связанных с колоректальным раком. В качестве исходных данных были взяты результаты 15 независимых ChIP-Seq экспериментов, выполненных на клеточной линии колоректального рака HCT-116, что позволило сформировать пул из 7985 SNP, расположенных в регуляторных районах генов. Для дальнейшего отбора регуляторных SNP из этого пула использована выявляемая в экспериментах ChIP-seq аллель-специфичность распределения гистоновых меток и негистоновых белков хроматина в местах локализации гетерозиготных SNP. Это позволило выявить 775 SNP, которые потенциально могут влиять на уровень экспрессии генов в клетках HCT-116. В дальнейшем была проведена оценка асимметричности экспрессии аллелей на основании данных RNA-seq, полученных на той же клеточной линии. В результате была подтверждена функциональность 231 SNP, которые были классифицированы как rSNP. Для отбора из них тех, что могут иметь отношение к развитию колоректального рака, были взяты rSNP, находящиеся в одной группе сцепления (±10 т. п. н.) с SNP, ассоциированными с этим заболеванием, по данным GWAS и ClinVar. Функциональная аннотация генов, содержащих выбранные таким образом SNP, подтвердила полученные ранее данные о роли генов BAIAP2L1 и BUB3 в формировании предрасположенности к раку толстого кишечника. Также были обнаружены новые гены-кандидаты колоректального рака, RRAGD и FZD6, белковые продукты которых являются компонентами RAS/MAРK- и WNT-сигнальных путей, сопряженных с развитием данной патологии. Кроме того, выявлено 14 новых потенциальных генов-кандидатов колоректального рака, перспективных для дальнейшего изучения.