За миллионы лет эволюции геномы современных насекомых накопили значительное количество мутаций. Геномные различия неко­ торых представителей класса Insecta, принадлежащих одному семейству или отряду, настолько велики, что могут завести в тупик при проведении филогенетических исследований и требуют использования нетрадиционных методов анализа. Известно, что молекулярная эволюция идет не только путем единичных нуклео­ тидных замен, но и включает в себя более крупные геномные пере­ стройки, такие как изменение порядка генов. Гены митохондри­ альной ДНК (мтДНК) достаточно часто используются в качестве маркера для филогенетических исследований у многих организ­ мов, в том числе членистоногих, поскольку мтДНК многокопийна, наследуется по материнской линии, не подвержена рекомбинации и достаточно быстро (относительно ядерного генома) накапливает мутации. К настоящему времени в общедоступных базах данных собрано большое количество полных нуклеотидных последова­ тельностей митогеномов (тысячи организмов), однако их филоге­нетический анализ имеет свои сложности, особенно для пред­ ставителей класса Насекомые (Insecta), чья эволюция занимает значительный отрезок геологического времени. Целью данного исследования была оценка возможности использования новых методических приемов филогенетического анализа насекомых. Сравниваются два способа филогенетического анализа. Первый метод использует изменчивость нуклеотидной последовательно­ сти мтДНК, второй – порядок генов в полных митохондриальных геномах как дополнительный маркер. Показано, что порядок генов может быть применен в качестве дополнительного маркера при филогенетических исследованиях представителей отряда Hymenoptera. Разработана программа mitoSpider, с помощью ко­ торой выявлены 63 последовательности митогеномов насекомых, где количества генов отличаются от стандартного (для высокоор­ ганизованных Metazoa).