Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов


https://doi.org/10.18699/VJ18.361

Полный текст:


Аннотация

Во многих научных организациях России имеются коллекции микроорганизмов, по которым накоплены большие объемы информации. Эти данные представляют описание объектов разной природы (бактерии, археи, грибы, протисты) и их свойств, которые были собраны и каталогизированы поколе­ ниями исследователей. Не каждая организация, располагаю­ щая такими коллекциями, имеет электронный каталог с от­ крытым доступом, что осложняет работу с этими уникальными материалами для самих держателей коллекций, приводит к фактическому отсутствию доступа к биологическим образцам для широкого круга сторонних исследователей. В целях облег­ чения обмена информацией между держателями коллекций из разных организаций и сообществом исследователей требуется разработка обобщенного электронного каталога коллекций микроорганизмов, обеспечивающего единообразный свобод­ ный доступ научного сообщества к информации возможно большего списка коллекций. Для объединения информации по коллекциям микроорганизмов в рамках проекта по созданию информационной системы для биоресурсных коллекций ин­ ститутов ФАНО России (http://www.biores.cytogen.ru) создан портал биоресурсных коллекций микроорганизмов (http:// www.biores.cytogen.ru/microbes/), который является площад­ кой, на которой организации-держатели коллекций могут разместить информацию о единицах хранения своих коллек­ ций, а также другие данные по коллекциям, включая ссылки на собственные каталоги. В настоящей статье мы описываем принципы работы с порталом в рамках направления коллек­ ций микроорганизмов. Графический интерфейс портала позво­ ляет получать пользователям, как зарегистрированным, так и незарегистрированным, следующую информацию о коллекци­ ях микроорганизмов: список коллекций, представленных в базе данных, контактные данные организации и сведения о кураторе коллекции, сводную статистику по каждой из них, а также информацию о единицах хранения. Зарегистрирован­ ные пользователи-держатели коллекций имеют возможность создавать и модифицировать записи о единицах хранения своих коллекций, а также актуализировать их описание. Для автоматизации работы с порталом реализован также доступ к базе данных посредством программного протокола (REST API, http://api.biores.cytogen.ru/microbes/). В настоящее время про­ исходит наполнение портала, который уже содержит описание более чем 13 тыс. единиц хранения (из них 3.5 тыс. приходится на биоресурсные коллекции микроорганизмов) 65 биоресурс­ ных коллекций организаций ФАНО России (из них 12 коллек­ ций микроорганизмов с суммарным разнообразием фондов порядка 50000 штаммов).

Об авторах

Ф. В. Казанцев
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Новосибирск


А. А. Смирнова
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Россия
Новосибирск


А. С. Розанов
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Россия
Новосибирск


Ю. Е. Уварова
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Россия
Новосибирск


Д. А. Афонников
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Новосибирск


С. Е. Пельтек
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Россия
Новосибирск


С. А. Лашин
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Новосибирск


Список литературы

1. Chen G.Q., Jiang X.R. Next generation industrial biotechnology based on extremophilic bacteria. Curr. Opin. Biotechnol. 2018;50:94-100. DOI 10.1016/j.copbio.2017.11.016.

2. Kazantsev F., Akberdin I., Lashin S., Ree N., Timonov V., Ratushny A., Khlebodarova T., Likhoshvai V. MAMMOTh: a new database for curated MAthematical Models of bioMOlecular sysTems. J. Bioinform. Comput. Biol. 2017. DOI 10.1142/S0219720017400108.

3. Larkum A.W., Ross I.L., Kruse O., Hankamer B. Selection, breeding and engineering of microalgae for bioenergy and biofuel production. Trends Biotechnol. 2012;30(4):198-205. DOI 10.1016/j.tibtech. 2011.11.003.

4. Lee S.Y., Kim H.U. Systems strategies for developing industrial microbial strains. Nat. Biotechnol. 2015;33(10):1061-1072. DOI 10.1038/ nbt.3365.

5. Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015;38(4):258-265. DOI 10.1016/j.syapm. 2015.02.008.

6. Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I.R., Peltek S.E. Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2014;18(4/2):989-998. (in Russian)

7. Schallmey M., Frunzke J., Eggeling L., Marienhagen J. Looking for the pick of the bunch: high-throughput screening of producing microorganisms with biosensors. Curr. Opin. Biotechnol. 2014;26: 148-154.

8. Sun Q., Liu L., Wu L., Li W., Liu Q., Zhang J., Ma J. Web resources for microbial data. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015;13(1): 69-72. DOI 10.1016/j.gpb.2015.01.008.

9. Xiao Z., Lu J.R. Strategies for enhancing fermentative production of acetoin: a review. Biotechnol. Adv. 2014;32(2):492-503. DOI 10.1016/j.biotechadv.2014.01.002.

10. Wang Z., Zhuge J., Fang H., Prior B.A. Glycerol production by microbial fermentation: a review. Biotechnol. Adv. 2001;19(3):201-223. DOI 10.1016/S0734-9750(01)00060-X


Дополнительные файлы

Просмотров: 115

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)