Протокол работы с информационной системой по биоресурсным коллекциям институтов ФАНО России на примере коллекции микроорганизмов

Во многих научных организациях России имеются коллекции микроорганизмов, по которым накоплены большие объемы информации. Эти данные представляют описание объектов разной природы (бактерии, археи, грибы, протисты) и их свойств, которые были собраны и каталогизированы поколе­ ниями исследователей. Не каждая организация, располагаю­ щая такими коллекциями, имеет электронный каталог с от­ крытым доступом, что осложняет работу с этими уникальными материалами для самих держателей коллекций, приводит к фактическому отсутствию доступа к биологическим образцам для широкого круга сторонних исследователей. В целях облег­ чения обмена информацией между держателями коллекций из разных организаций и сообществом исследователей требуется разработка обобщенного электронного каталога коллекций микроорганизмов, обеспечивающего единообразный свобод­ ный доступ научного сообщества к информации возможно большего списка коллекций. Для объединения информации по коллекциям микроорганизмов в рамках проекта по созданию информационной системы для биоресурсных коллекций ин­ ститутов ФАНО России (http://www.biores.cytogen.ru) создан портал биоресурсных коллекций микроорганизмов (http:// www.biores.cytogen.ru/microbes/), который является площад­ кой, на которой организации-держатели коллекций могут разместить информацию о единицах хранения своих коллек­ ций, а также другие данные по коллекциям, включая ссылки на собственные каталоги. В настоящей статье мы описываем принципы работы с порталом в рамках направления коллек­ ций микроорганизмов. Графический интерфейс портала позво­ ляет получать пользователям, как зарегистрированным, так и незарегистрированным, следующую информацию о коллекци­ ях микроорганизмов: список коллекций, представленных в базе данных, контактные данные организации и сведения о кураторе коллекции, сводную статистику по каждой из них, а также информацию о единицах хранения. Зарегистрирован­ ные пользователи-держатели коллекций имеют возможность создавать и модифицировать записи о единицах хранения своих коллекций, а также актуализировать их описание. Для автоматизации работы с порталом реализован также доступ к базе данных посредством программного протокола (REST API, http://api.biores.cytogen.ru/microbes/). В настоящее время про­ исходит наполнение портала, который уже содержит описание более чем 13 тыс. единиц хранения (из них 3.5 тыс. приходится на биоресурсные коллекции микроорганизмов) 65 биоресурс­ ных коллекций организаций ФАНО России (из них 12 коллек­ ций микроорганизмов с суммарным разнообразием фондов порядка 50000 штаммов).

биоресурсная коллекция, база данных, интернет-портал, микробиологическая коллекция

1. Chen G.Q., Jiang X.R. Next generation industrial biotechnology based on extremophilic bacteria. Curr. Opin. Biotechnol. 2018;50:94-100. DOI 10.1016/j.copbio.2017.11.016.

2. Kazantsev F., Akberdin I., Lashin S., Ree N., Timonov V., Ratushny A., Khlebodarova T., Likhoshvai V. MAMMOTh: a new database for curated MAthematical Models of bioMOlecular sysTems. J. Bioinform. Comput. Biol. 2017. DOI 10.1142/S0219720017400108.

3. Larkum A.W., Ross I.L., Kruse O., Hankamer B. Selection, breeding and engineering of microalgae for bioenergy and biofuel production. Trends Biotechnol. 2012;30(4):198-205. DOI 10.1016/j.tibtech. 2011.11.003.

4. Lee S.Y., Kim H.U. Systems strategies for developing industrial microbial strains. Nat. Biotechnol. 2015;33(10):1061-1072. DOI 10.1038/ nbt.3365.

5. Overmann J. Significance and future role of microbial resource centers. Syst. Appl. Microbiol. 2015;38(4):258-265. DOI 10.1016/j.syapm. 2015.02.008.

6. Rozanov A.S., Kotenko A.V., Akberdin I.R., Peltek S.E. Recombinant strains of Saccharomyces cerevisiae for ethanol production from plant biomass. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2014;18(4/2):989-998. (in Russian)

7. Schallmey M., Frunzke J., Eggeling L., Marienhagen J. Looking for the pick of the bunch: high-throughput screening of producing microorganisms with biosensors. Curr. Opin. Biotechnol. 2014;26: 148-154.

8. Sun Q., Liu L., Wu L., Li W., Liu Q., Zhang J., Ma J. Web resources for microbial data. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015;13(1): 69-72. DOI 10.1016/j.gpb.2015.01.008.

9. Xiao Z., Lu J.R. Strategies for enhancing fermentative production of acetoin: a review. Biotechnol. Adv. 2014;32(2):492-503. DOI 10.1016/j.biotechadv.2014.01.002.

10. Wang Z., Zhuge J., Fang H., Prior B.A. Glycerol production by microbial fermentation: a review. Biotechnol. Adv. 2001;19(3):201-223. DOI 10.1016/S0734-9750(01)00060-X