Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Приоритизация генов, ассоциированных с патогенезом лейкоза у крупного рогатого скота

https://doi.org/10.18699/VJ18.451

Аннотация

Перспективным подходом для искоренения инфекционных болезней сельскохозяйственных животных, особенно при отсутствии эффективных методов лечения и профилактики, считается направленная селекция по генетическим маркерам (однонуклеотидным полиморфизмам, минисателлитам). Вирус лейкоза крупного рогатого скота (ВЛКРС) распространен по всему миру и представляет одну из основных проблем для развития животноводства и продовольственной безопасности в России. Однако, как показали недавние полногеномные исследования, чувствительность/резистентность к инфекции ВЛКРС носит полигенный характер. Целью исследования было создание каталога генов крупного рогатого скота и других видов млекопитающих, вовлеченных в процесс патогенеза инфекции ВЛКРС, и приоритизация генов каталога с помощью методов биоинформатики. Путем ручного сбора информации из открытых источников нами создан каталог генов крупного рогатого скота и других видов млекопитающих, вовлеченных в процесс патогенеза инфекции ВЛКРС, включающий 446 генов. Приоритизацию генов каталога осуществляли на основе следующих критериев: 1) ген ассоциирован с лейкозом по данным полногеномного анализа ассоциаций; 2) ген ассоциирован с лейкозом по данным анализа ассоциаций «случай–контроль»; 3) роль гена в развитии лейкоза изучена в экспериментах по нокауту у мышей; 4) белок, кодируемый геном, участвует в белок-белковых взаимодействиях с вирусной частицей либо отдельным вирусным белком; 5) ген имеет аннотацию терминами Gene Ontology, которые являются перепредставленными для данного списка генов; 6) ген участвует в биологических путях из баз KEGG или REACTOME, которые являются перепредставленными для данного списка генов; 7) белок, кодируемый геном, имеет неслучайно высокое количество белокбелковых взаимодействий с белками, кодируемыми другими генами из каталога. На основе каждого критерия гену присваивали ранг. Затем ранги суммировали и определяли общий ранг. Приоритизация списка, включающего 446 генов, позволила выделить пять наиболее вероятных генов-кандидатов (TNF, LTB, BOLA-DQA1, BOLA-DRB3, ATF2), которые могут влиять на чувствительность/устойчивость крупного рогатого скота к заболеванию лейкозом.

Просмотров: 867


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)