BioUniWA – СИСТЕМА ГЕНЕРАЦИИ WEB-СЕРВИСОВ И КОНВЕЙЕРОВ ДЛЯ УНИФИЦИРОВАННОГО ДОСТУПА К РЕСУРСАМ В ОБЛАСТИ БИОИНФОРМАТИКИ

Полный текст:


Аннотация

Представлена компьютерная система BioUniWA, предназначенная для автоматической генерации Web-сервисов для унифицированного доступа к ресурсам в области биоинформатики. Система BioUniWA изначально разрабатывалась как развитие системы BioInfoWF для поддержки доступа к вычислительным модулям и конвейерам посредством Web-сервисов.

Система BioUniWA способна автоматически генерировать Web-сервисы для вычислительных модулей и конвейеров, формальные описания которых определяются посредством языка XML. Данные Web-сервисы в дальнейшем могут использоваться как в различных биоинформационных системах, таких как Taverna, Galaxy, так и непосредственно в программном коде разрабатываемых приложений. Разработанный нами инструмент существенно упрощает аннотацию вычислительных модулей и конвейеров, а также их публикацию в сети Интернет.

Система BioUniWA распространяется под свободной лицензией GNU GPL. Дистрибутив и пользовательская документация системы BioUniWA доступны на сайте http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.


Об авторах

Е. Г. Комышев
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


М. А. Генаев
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


К. В. Гунбин
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Д. А. Афонников
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Генаев М.А., Комышев Е.Г., Гунбин К.В., Афонников Д.А. BioInfoWF – система автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для биоинформационных исследований // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 849–857.

2. Aloisio G., Cafaro M., Fiore S., Mirto M. A WorkFlow management system for bioinformatics grid // Proc. of the Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) Workshops, Naples, Italy, 2005.

3. Apache Software Foundation, Apache Tomcat. 2013. http:// tomcat.apache.org

4. Bray T., Paoli J., Sperberg-McQueen C.M. et al. Extensible Markup Language (XML) (2006). Available at: www. w3.org/TR/xml.

5. Cerami E. Web services essentials: distributed applications with XML-RPC, SOAP, UDDI and WSDL. O’Reilly Media, Inc., 2002.

6. Christensen E., Curbera F., Meredith G., Weerawarana S. Web services description language (WSDL) 1.1. 2001. http://www.w3.org/TR/wsdl

7. Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workflows and e-Science: An overview of workflow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Nо. 5. P. 528–540.

8. Erl T. Service-oriented architecture. Englewood Cliffs: Prentice Hall, 2004.

9. Fielding R., Gettys J., Mogul J. et al. Hypertext transfer protocol–HTTP/1.1. 1999.

10. Free Software Foundation, Inc., GNU General Public License, 2007. http://www.gnu.org/licenses/gpl.html

11. Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J. Galaxy a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. V. 11. No. 8. Р. R86.

12. Gudgin M., Hadley M., Moreau J. et al. Simple Object Access Protocol (SOAP) 1.2. W3C, 2003.

13. Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. V. 11. No. 3. P. 109–123.

14. Hull D., Wolstencroft K., Stevens R. et al. Taverna: a tool for building and running workflows of services // Nucl. Acids Res. 2006. V. 34. Suppl. 2. W729–W732.

15. Kawashima S., Katayama T., Sato Y., Kanehisa M. KEGG API: A web service using SOAP/WSDL to access the KEGG system // Genome Inform. Ser. 2003. P. 673–674.

16. Pautasso C., Zimmermann O., Leymann F. Restful web services vs. big’web services: making the right architectural decision // Proc. 17th Intern. Conf. on World Wide Web. ACM, 2008. P. 805–814.

17. Postel J., Reynolds J. File transfer protocol. 1985., available at http://tools.ietf.org/html/rfc959

18. Postel J. Simple mail transfer protocol // Inform. Sci. 1982.

19. Richardson L., Ruby S. RESTful web services. O’Reilly, 2008.


Дополнительные файлы

Просмотров: 125

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)