ПРИМЕНЕНИЕ МАЛДИ ВРЕМЯПРОЛЕТНОЙ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ

Полный текст:


Аннотация

В последнее десятилетие наряду с классическими и молекулярно-биологическими методами идентификации микроорганизмов, все чаще применяется метод идентификации микроорганизмов по их белковым профилям, или прямое белковое профилирование. Данный метод не уступает по таким показателям, как точность и специфичность идентификации, однако его выгодно отличают быстрота проведения и более низкая себестоимость анализов. В данном обзоре приведены современные представления о возможностях данного метода, а также дано сравнение с используемыми методами идентификации микроорганизмов.


Об авторах

Е. А. Демидов
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


К. В. Старостин
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


В. М. Попик
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт ядерной физики им. Г.И. Будкеpа Сибирского отделения Российской академии наук
Россия


С. Е. Пельтек
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Anhalt J.P., Fenselau C. Identification of bacteria using mass spectrometry // Analyt. Chem. 1975. V. 500. Nо. 2. P. 219–225.

2. Barbuddhe S.B., Maier T., Schwarz G. et al. Rapid identification and typing of listeria species by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry // Appl. Environ. Microbiol. 2008. V. 74. Nо. 17. P. 5402–5407.

3. Becker K., Harmsen D., Mellmann A. et al. Development and evaluation of a quality-controlled ribosomal sequence database for 16S ribosomal DNA-based identification of Staphylococcus species // J. Clin. Microbiol. 2004. V. 42. Nо. 11. P. 4988–4995.

4. Ben L.M., van Baar. Characterisation of bacteria by matrixassisted laser desorption/ionization and electrospray mass spectrometry // FEMS Microbiol. Rev. 2000. V. 24. Nо. 2. P. 193–219.

5. Böhme K., Fernández-No I.C., Pazos M. et al. Identification and classification of seafood-borne pathogenic and spoilage bacteria: 16S rRNA sequencing versus MALDI-TOF MS fingerprinting // Electrophoresis. 2013. V. 34. Nо. 6. P. 877–887.

6. Bosshard P.P., Zbinden R., Abels S. et al. 16S rRNA gene sequencing versus the API 20 NE system and the VITEK 2 ID-GNB card for identification of nonfermenting gramnegative bacteria in the clinical laboratory // J. Сlin. Microbiol. 2006. V. 44. Nо. 4. P. 1359–1366.

7. Cloud J.L., Conville P.S., Croft A. et al. Evaluation of partial 16S ribosomal DNA sequencing for identification of Nocardia species by using the MicroSeq 500 system with an expanded database // J. Сlin. Microbiol. 2004. V. 42. Nо. 2. P. 578–584.

8. Despeyroux D., Phillpotts R., Watts P. Electrospray mass spectrometry for detection and characterization of purified cricket paralysis virus (CrPV) // Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996. V. 10. Nо. 8. P. 937–941.

9. Dickinson D.N., La Duc M.T., Satomi M. et al. MALDITOFMS compared with other polyphasic taxonomy

10. approaches for the identification and classification of Bacillus pumilus spores // J. Microbiol. Meth. 2004. V. 58. Nо. 1. P. 1–12.

11. Fenselau C., Russell S., Swatkoski S., Edwards N. Proteomic strategies for rapid characterization of micro-organisms // Eur. J. Mass Spectrom. 2007. V. 13. Nо. 1. P. 35–39.

12. Ghyselinck J., Van Hoorde K., Hoste B. et al. Evaluation of MALDI-TOF MS as a tool for high-throughput

13. dereplication // J. Microbiol. Meth. 2011. V. 86. Nо. 3. P. 327–336.

14. Heinzen R., Stiegler G.L., Whiting L.L. et al. Use of pulsed field gel electrophoresis to differentiate Coxiella burnetii strains // Ann. N.Y. Acad. Sci. 1990. V. 590. P. 504–513.

15. Karas M., Bachmann D., Bahr D., Hillenkamp F. Matrix-assisted ultraviolet-laser desorption of nonvolatile compounds // Int. J. Mass Spectrom. Ion Proc. 1987. V. 78. P. 53–68.

16. Krishnamurthy T., Ross P.L., Rajamani U. Detection of pathogenic and non-pathogenic bacteria by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry// Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996. V. 10. Nо. 8. P. 883–888.

17. Maiden M.C. Multilocus sequence typing of bacteria // Annu. Rev. Microbiol. 2006. V. 60. P. 561–588.

18. Mellmann A., Bimet F., Bizet C. et al. High interlaboratory reproducibility of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry-based species identification of nonfermenting bacteria // J. Clin. Microbiol. 2009. V. 47. Nо. 11. P. 3732–3734.

19. Mellmann A., Cloud J., Maier T. et al. Evaluation of matrixassisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry in comparison to 16S rRNA gene sequencing for species identification of nonfermenting bacteria // J. Clin. Microbiol. 2008. V. 46. Nо. 6. P. 1946–1954.

20. Notermans S., Wernars K. Evaluation and interpretation of data obtained with immunoassays and DNA-DNA hybridization techniques // Intern. J. Food Microbiol. 1990. V. 11. Nо. 1. P. 35–49.

21. O’Hara C. Manual and automated instrumentation for identification of Enterobacteriaceae and other aerobic gramnegative bacilli // Clin. Microbiol. Rev. 2005. V. 18. Nо. 1. P. 147–162.

22. Reiner E., Hicks J.J., Ball M.M., Martin W.J. Rapid characterization of salmonella organisms by means of pyrolysisgas-liquid chromatography // Analyt. Сhem. 1972. V. 44. Nо. 6. P. 1058–1061.

23. Ruelle V., El Moualij B., Zorzi W. et al. Rapid identification of environmental bacterial strains by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004. V. 18. Nо. 18. P. 2013–2019.

24. Ryzhov V., Fenselau C. Characterization of the protein subset desorbed by MALDI from whole bacterial cells // Analyt. Chem. 2001. V. 73. Nо. 4. P. 746–750.

25. Sandrin T.R., Goldstein J.E., Schumaker S. MALDI TOF MS profiling of bacteria at the strain level: A review // Mass Spectrom. Rev. 2013. V. 32. Nо. 3. P. 188–217.

26. Šedo O., Sedláček I., Zdráhal Z. Sample preparation methods for MALDI-MS profiling of bacteria // Mass Spectrom. Rev. 2011. V. 30. Nо. 3. P. 417–434.

27. Seibold E., Maier T., Kostrzewa M. et al. Identification of Francisella tularensis by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry: fast, reliable, robust, and cost-effective differentiation on species and subspecies levels // J. Clin. Microbiol. 2010. V. 48. Nо. 4. P. 1061–1069.

28. Turner K.M., Feil E.J. The secret life of the multilocus sequence type // Intern. J. Antimicrobial Agents. 2007. V. 29. P. 129–135.

29. Valentine N., Wunschel S., Wunschel D. et al. Effect of culture conditions on microorganism identification by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry // Appl. Environ. Microbiol. 2005. V. 71. Nо. 1. P. 58–64.


Дополнительные файлы

Просмотров: 178

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)