Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Изучение изменчивости ДНК органелл аллоплазматических линий ячменя в эпоху высокопроизводительного секвенирования

https://doi.org/10.18699/VJ19.589

Полный текст:

Аннотация

Аллоплазматические линии являются подходящей моделью для изучения молекулярной коэволюции и взаимодействий между генетическими системами растительной клетки. C использованием MiSeqSystem (Illumina) были определены полногеномные последовательности ДНК органелл клетки -хлоропластов и митохондрий. ДНК органелл выделена из 12 образцов коллекции аллоплазматических линий ячменя с цитоплазмами Hordeumvulgaressp. spontaneum (H. spontaneum) и H. vulgaressp. vulgare (H. vulgare), а также из сортов ячменя доноров ядра. Разработан и верифицирован подход к анализу результатов NGS смесей хлоропластной и митохондриальной ДНК для сборки новых полных сиквенсов пла-стидных и митохондриальных геномов H. vulgare и H. spontaneum. Проведено сравнительное изучение изменчивости геномов органелл, локализованы полиморфные участки. Выделено восемь типов хпДНК и пять типов мтДНК. Полученная информация сопоставлена с результатами предыдущих исследований этих же линий методом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ДНК органелл. На основании сравнения полногеномных последовательностей хпДНК и мтДНК аллоплазматических линий и сортов доноров ядерных геномов пересмотрены полученные для них ранее данные по формированию признаков, связанных с продуктивностью. Семнадцать полиморфных локусов обнаружено в экзонах пластидных генов. Семь из них расположены в генах Ndh комплекса. Несинонимические замены нуклеотидов идентифицированы в генах matK, rpoCI, ndhK, ndhG, infA. Вероятно, некоторые SNP являются точками, где происходит эдитинг, о чем свидетельствуют позиции замены в кодоне и тип аминокислотной замены. Проведенное исследование открывает новые перспективы для изучения ядерно-цитоплазматических взаимодействий на примере аллоплазматических линий.

Просмотров: 846


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)