Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

ИССЛЕДОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ГЕНОМА СПЕРМАТОЗОИДОВ И ФИБРОБЛАСТОВ МЫШИ МЕТОДОМ Hi-C

Полный текст:

Аннотация

Пространственная организация генома эукариот играет важную роль в регуляции активности генов. Недавно разработанный метод Hi-C позволяет изучать хромосомные контакты в масштабе всего генома, однако до сих пор Hi-C не применялся для исследования пространственной организации генома половых клеток. В данной работе мы создали Hi-C ДНК-библиотеки из сперматозоидов и фибробластов мыши, а также оценили качество полученных библиотек. В результате работы показано, что метод Hi-C можно применять для исследования пространственной организации плотно упакованного генома сперматозоидов.

Об авторах

Н. Р. Батуллин
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


В. С. Фишман
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


А. А. Хабарова
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


М. Ю. Помазной
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Т. А. Шнайдер
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


Д. А. Афонников
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


О. Л. Серов
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Баттулин Н.Р., Фишман В.С., Орлов Ю.Л. и др. 3С-методы в исследованиях пространственной организации генома // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/2. С. 872–878.

2. Belton J.-M., McCord R.P., Gibcus J.H. et al. Hi-C: A comprehensive technique to capture the conformation of genomes // Methods. 2012. V. 58. No. 3. P. 268–276.

3. Bench G.S., Friz A.M., Corzett M.H. et al. DNA and total protamine masses in individual sperm from fertile mammalian subjects // Cytometry. 1996. V. 23. No. 4. P. 263–271.

4. Brewer L.R., Corzett M., Balhorn R. Protamine-induced condensation and decondensation of the same DNA molecule // Science. 1999. V. 286. No. 5437. P. 120–123.

5. Brykczynska U., Hisano M., Erkek S. et al. Repressive and active histone methylation mark distinct promoters in human and mouse spermatozoa // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. V. 17. No. 6. P. 679–587.

6. Dekker J., Rippe K., Dekker M. et al. Capturing chromosome conformation // Science. 2002. V. 295. P. 1306–1311. Dixon J.R., Selvaraj S., Yue F. et al. Topological domains in mammalian genomes identifi ed by analysis of chromatin interactions // Nature. 2012. V. 485. P. 376–380.

7. Gatewood J.M., Cook G.R., Balhorn R. et al. Isolation of four core histones from human sperm chromatin representing a minor subset of somatic histones // J. Biol. Chem. 1990. V. 265. No. 33. P. 20662–20666.

8. Horowitz R.A., Agard D.A., Sedat J.W. et al. The threedimensional architecture of chromatin in situ: electron tomography reveals fi bers composed of a continuously variable zig-zag nucleosomal ribbon // J. Cell. Biol. 1994. V. 125. No. 1. P. 1–10.

9. Imakaev M., Fudenberg G., McCord R.P. et al. Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization // Nat. Meth. 2012. V. 9. P. 999–1003.

10. Kalhor R., Tjong H., Jayathilaka N. et al. Genome architectures revealed by tethered chromosome conformation capture and population-based modeling // Nat. Biotechnol. 2012. V. 30. P. 90–98.

11. Kruglova A.A., Matveeva N.M., Gridina M.M. et al. Dominance of parental genomes in embryonic stem cell/fibroblast hybrid cells depends on the ploidy of the somatic partner // Cell Tissue Res. 2010. V. 340. No. 3. P. 437–450.

12. Lieberman-Aiden E., van Berkum N.L., Williams L. et al. Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome // Science. 2009. V. 326. P. 289–293.

13. Wykes S.M., Krawetz S.A. The structural organization of sperm chromatin // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. No. 32. P. 29471–29477.

14. Zalenskaya I.A., Zalensky A.O. Non-random positioning of chromosomes in human sperm nuclei // Chromosome Res. 2004. V. 12. No. 2. P. 163–173.


Просмотров: 259


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)