СОЗДАНИЕ ПАНЕЛИ ДНК ПОРОД КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА РОССИИ ДЛЯ ГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Создана панель из 96 образцов ДНК, характеризующая генетическое разнообразие пород крупного рогатого скота России. Панель включает по 4–8 животных от 11 молочных и 6 молочно-мясных и мясных пород. Основным критерием при включении животных в панель было наличие у них, по данным родословных, наибольшего числа неродственных гаплоидных геномов. В результате по количеству неродственных гаплоидных геномов (186,1) и минимальной популяционной частоте аллеля, необходимой для его выявления в панели с вероятностью p > 0,95 (0,016), собранная панель не уступает созданной в США панели MARC Beef Cattle Diversity Panel version 2.1. Анализ трех SNP у коров галловейской, герефордской, серой украинской и черно-пестрой пород показал отсутствие достоверных различий между частотами аллелей у животных в панели и в популяциях. Таким образом, собранная панель ДНК может быть использована для выбора SNPs при генетическом анализе хозяйственно важных признаков, для выявления чистопородных и гибридных животных, а также, вероятно, для предварительной оценки частот аллелей в популяциях.

1. Агросервер. Мясные породы КРС. 2014. http://www.agroserver.ru/articles/178.htm.

2. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А., Курбатова О.Л. и др. Динамика популяционных генофондов при антропогенных воздействиях. М.: Наука, 2004. 620 с.

3. Сивкин Н.В., Стрекозов Н.И., Чинаров В.И. Молочные породы крупного рогатого скота: племенные ресурсы // Молочн. пром-сть. 2011. № 6. С. 62–64.

4. Столповский Ю.А., Ахани Азари М., Кол Н.В. и др. Дифференциация генофонда пород крупного рогатого скота по ISSR-PCR-маркерам // Изв. ТСХА. 2009. № 3. С. 89–97.

5. Юдин Н.С., Нефедова М.В., Кобзев В.Ф. и др. Полиморфизм второго интрона гена SDF1 у галловейской, герефордской и черно-пестрой пород крупного рогатого скота // Генетика. 2011. Т. 47. № 2. С. 279–283.

6. Bovine HapMap Consortium, Gibbs R.A., Taylor J.F. et al. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds // Science. 2009. V. 324. No. 5926. P. 528–532.

7. Database of Single Nucleotide Polymorphisms (dbSNP). Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine. 2014. available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

8. Gibson G. Rare and common variants: twenty arguments // Nat. Rev. Genet. 2012. V. 13. No. 2. P. 135–145.

9. Hayes B.J., Bowman P.J., Chamberlain A.J., Goddard M.E. Invited review: Genomic selection in dairy cattle: progress and challenges // J. Dairy Sci. 2009. V. 92. No. 2. P. 433–443.

10. Heaton M.P., Chitko-McKnown C.G., Grosse W.M. et al. Interleukin-8 haplotype structure from nucleotide sequence variation in commercial populations of U.S. beef cattle // Mamm. Genome. 2001. V. 12. No. 3. P. 219–226.

11. Heaton M.P., Harhay G.P., Bennett G.L. et al. Selection and use of SNP markers for animal identifi cation and paternity analysis in U.S. beef cattle // Mamm. Genome. 2002. V. 13. No. 5. P. 272–281.

12. Heaton M.P., Leymaster K.A., Freking B.A. et al. Prion gene sequence variation within diverse groups of U.S. sheep, beef cattle, and deer // Mamm. Genome. 2003. V. 14. No. 11. P. 765–777.

13. Heaton M.P., Keen J.E., Clawson M.L. et al. Use of bovine single nucleotide polymorphism markers to verify sample tracking in beef processing // J. Am. Vet. Med. Assoc. 2005. V. 226. No. 8. P. 1311–1314.

14. Konnai S., Usui T., Ikeda M. et al. Tumor necrosis factor-alpha genetic polymorphism may contribute to progression of bovine leukemia virus-infection // Microbes Infect. 2006. V. 8. No. 8. P. 2163–2171.

15. Matukumalli L.K., Lawley C.T., Schnabel R.D. et al. Development and characterization of a high density SNP genotyping assay for cattle // PLoS One. 2009. V. 4. No. 4. P. e5350.