Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Улучшение качества сборки de novo транскриптомов ячменя на основе гибридного подхода для линий с изменениями окраски колоса и стебля

https://doi.org/10.18699/VJ21.004

Аннотация

Реконструкция транскриптома de novo – важная стадия биоинформатического анализа данных RNA-seq, которая позволяет получить последовательности транскриптов, присутствующих в изучаемом биологическом образце. Наличие точной и полной последовательности транскриптома организма, в свою очередь, является необходимым условием для дальнейшей работы с данными RNA-seq. Биоинформатическим сообществом было создано множество программ-сборщиков для реконструкции транскриптома из коротких прочтений RNA-seq. Сборщики позволяют проводить как de novo реконструкцию транскриптома, так и реконструкцию, основанную на картировании коротких прочтений RNA-seq на последовательность референсного генома организма. Большинство de novo сборщиков, работающих с данными RNA-seq, применяют технологию реконструкции последовательностей методом графов де Брёйна. Однако детали их работы могут существенно различаться, поэтому различия могут встречаться и в результатах. Некоторые авторы рекомендуют для получения более полной и качественной сборки использовать гибридную сборку транскриптома – подход, основанный на комбинации результатов работы нескольких сборщиков. Преимущество такого подхода было продемонстрировано в ряде исследований по анализу транскриптомов на платформе Illumina. Нами предложен гибридный подход по созданию сборок транскриптома ячменя Hordeum vulgare изогенной линии Bowman и двух почти изогенных линий, полученных на основе Bowman и контрастных по окраске колоса, используя данные, полученные при секвенировании матричной РНК на платформе IonTorrent. В данном подходе применяются несколько индивидуальных сборщиков: Trans-ABySS, rnaSPAdes и Trinity. Были оценены некоторые показатели, характеризующие полноту и точность сборки: доля обнаруженных в сборке известных транскриптов ячменя, доля задействованных в сборке прочтений из библиотек RNA-seq, значение критерия BUSCO. По совокупности этих показателей метасборки демонстрируют более высокое качество полученного транскриптома по сравнению с индивидуальными сборщиками.
Просмотров: 1353


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)