Генетическое разнообразие популяции центральноевропейского кабана (Sus scrofa scrofa) и пород домашних свиней (Sus scrofa domesticus) на основе микросателлитных локусов ДНК

В работе приведены результаты исследований генетической структуры популяции центральноевропейского кабана (Sus scrofa scrofa) и четырех пород домашних свиней (дюрок, йоркшир, крупная белая и ландрас), разводимых в Центрально-Черноземном регионе России. На основе 12 микросателлитных локусов установлено достоверное (р < 0.05) снижение генетической изменчивости в разводимых породах. Ожидаемая гетерозиготность и индекс Шеннона были равными: у кабана – Ho = 0.763 ± 0.026, I = 1.717 ± 0.091; у пород дюрок – Ho = 0.569 ± 0.068, I = 1.191 ± 0.157; ландрас – Ho = 0.618 ± 0.062, I = 1.201 ± 0.147; крупная белая – Ho = 0.680 ± 0.029, I = 1.362 ± 0.074; йоркшир – Ho = 0.642 ± 0.065, I = 1.287 ± 0.156. Результаты проверки генотипического равновесия Харди–Вайнберга на основе G-теста максимального правдоподобия показали, что в популяции кабана большинство локусов находилось в состоянии генотипического равновесия Харди–Вайнберга. Напротив, в популяциях различных пород свиней часть локусов демонстрирует достоверное отклонение от отмеченного равновесия. Кроме того, в популяциях йоркшир, крупная белая и ландрас присутствовали локусы, для которых достоверно отвергалась гипотеза о нейтральности на основании результатов теста Эвенса–Ваттерсона (Ewens–Watterson test). Обнаруженные приватные аллели, характерные для кабана и различных пород, в дальнейшем могут быть использованы для их идентификации. Ординация центроидов разных стад в пространстве первых двух главных координат на основании матрицы попарных оценок генетических дистанций М. Nei показала, что наиболее удаленные популяции – породы дюрок и кабан, а самые генетически близкие – йоркшир и ландрас. Ближе всех к популяции кабана была порода крупная белая. Оценка эффективной численности, проведенная с использованием метода, основанного на неравновесии по сцеплению (linkage disequilibrium) и MC-метода (the molecular coancestry method), продемонстрировала, что во всех изученных группах, включая и популяцию кабана, эффективный размер оказался меньше 100 особей. Низкое значение эффективного размера популяции кабана (Ne = 21.8, Neb = 4.0), вероятно, является следствием падежа и отстрела животных из-за африканской чумы свиней (Pestis africana suum).