Preview

Войти

Регистрация нового пользователя Забыли Ваш пароль?

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

De novo сборка и анализ транскриптома сибирской лягушки Rana amurensis

https://doi.org/10.18699/VJGB-22-07

Полный текст:

PDF (Eng)
сгенерировать QR код

Аннотация

Сибирская лягушка Rana amurensis Boulenger, 1886 – наиболее устойчивый к гипоксии вид амфибий. Она может прожить несколько месяцев при почти полном отсутствии кислорода. О механизмах этой замечательной устойчивости мало что известно, отчасти потому, что исследования геномов амфибий затруднены из-за их большого размера. Чтобы сделать сибирскую лягушку более доступной для генетического анализа, мы провели секвенирование и сборку de novo транскриптома мозга R. amurensis в условиях гипоксии и нормоксии, а также для сердца – в нормоксии. Для сборки транскриптома de novo использовали парные прочтения длиной 125 п.н., полученные для мозга сибирской лягушки в нормоксии и гипоксии, а также для сердца контрольных особей. В транскриптоме, собранном из примерно 100 млн ридов, 81.5 % транскриптов были аннотированы как полные, 5.3 – как фрагментированные и 13.2 % – как отсутствующие. Мы обнаружили 59 078 известных транскриптов, которые были сгруппированы в 22251 ген, 11482 из них были отнесены к определенным категориям Gene Ontology. Среди них – 6696 генов, участвующих в белок-белковом взаимодействии, 3531 ген, кодирующий белок с каталитической функцией, и 576 генов, связанных с транспортной активностью. Для большинства транскриптов были установлены тканеспецифичные различия в экспрессии. Известно, что нейротрансмиттеры играют важную роль в ответе на гипоксию различных организмов, устойчивых к недостатку кислорода. Поиск генов, кодирующих рецепторы важнейших нейромедиаторов, которые могут участвовать в реакции на гипоксию, выявил набор экспрессируемых рецепторов дофамина, серотонина, гамма-аминомасляной кислоты (ГАМК), глутамата, ацетилхолина и норадреналина. При этом не обнаружено транскриптов для рецепторов гистамина. Данные, полученные в нашей работе, представляют собой ценный ресурс для исследования механизмов толерантности к гипоксии у сибирской лягушки, а также для изучения амфибий в целом

Просмотров: 776


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)

Институт цитологии и генетики СО РАН 
630090, Новосибирск, пр. Ак. Лаврентьева, дом №10, 
Телефон: +7(383)363-49-77

Обработка персональных данных
создано и поддерживается NEICON
(лаборатория Elpub)