Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С
Е. А. Антропова,
Т. М. Хлебодарова,
П. С. Деменков,
А. С. Вензель,
Н. В. Иванисенко,
А. Д. Гавриленко,
Т. В. Иванисенко,
А. В. Адамовская,
П. М. Ревва,
И. Н. Лаврик,
В. А. Иванисенко https://doi.org/10.18699/VJGB-22-89
Аннотация
Вирус гепатита С (ВГС) считается фактором риска для возникновения гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК). Известно, что большую роль в молекулярно-генетических механизмах вирус-индуцированного онкогенеза играют эпигенетические изменения. Аберрантное метилирование ДНК служит медиатором эпигенетических изменений, которые тесно связаны с патогенезом ГЦК, и признано биомаркером для его ранней диагностики. С помощью ANDSystem проведены реконструкция и оценка статистической значимости путей потенциальной регуляции вирусными белками ВГС 32 генов человека, гиперметилированных при ГЦК. Среди исследованных генов были как онкосупрессоры, так и проопухолевые гены, идентифицированных по данным
полногеномного анализа метилирования ДНК. Реконструированы регуляторные пути, включающие белок-белковые взаимодействия, регуляцию экспрессии генов, регуляцию активности, стабильности и транспорта белков. Среди статистически значимых оказались пути регуляции экспрессии. Показано, что восемь из десяти белков ВГС являются участниками данных путей. Белок ВГС NS3 был вовлечен в наибольшее число регуляторных путей. NS3 связан с регуляцией пяти генов-онкосупрессоров, что может свидетельствовать о его центральной роли в патогенезе ГЦК. Анализ реконструированных путей показал, что при ингибировании транскрипционных факторов в результате связывания с вирусными белками, экспрессия ряда онкосупрессоров (WT1, MGMT, SOCS1, P53) подавлялась, тогда как экспрессия других (RASF1, RUNX3, WIF1, DAPK1) активировалась. Таким образом, с помощью реконструкции генных сетей показано, что вирусные белки гепатита С способны влиять не только на статус метилирования генов-онкосупрессоров, но и на их транскрипционную регуляцию. Полученные результаты могут быть использованы при поиске фармакологических мишеней для разработки новых средств против ГЦК, индуцированной ВГС.
Об авторах
Е. А. Антропова
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук
Россия
Россия
Новосибирск
Т. М. Хлебодарова
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН
Россия
Россия
Новосибирск
П. С. Деменков
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН
Россия
Россия
Новосибирск
А. С. Вензель
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН
Россия
Россия
Новосибирск
Н. В. Иванисенко
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН
Россия
Россия
Новосибирск
А. Д. Гавриленко
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Россия
Новосибирск
Т. В. Иванисенко
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН
Россия
Россия
Новосибирск
А. В. Адамовская
Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Россия
Новосибирск
П. М. Ревва
Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Россия
Новосибирск
И. Н. Лаврик
Магдебургский университет им. Отто фон Герике, медицинский факультет
Германия
Германия
Магдебург
В. А. Иванисенко
Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук; Курчатовский геномный центр ИЦиГ СО РАН; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия
Россия
Новосибирск
Список литературы
1. Benderska N., Schneider-Stock R. Transcription control of DAPK. Apoptosis. 2014;19(2):298-305. https://doi.org/10.1007/s10495-013-0931-6.
2. Bragina E.Y., Tiys E.S., Rudko A.A., Ivanisenko V.A., Freidin M.B. Novel tuberculosis susceptibility candidate genes revealed by the reconstruction and analysis of associative networks. Infect. Genet. Evol. 2016;46:118-123. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2016.10.030.
3. Chen J., Li Z., Chen J., Du Y., Song W., Xuan Z., Zhao L., Song G., Song P., Zheng S. Downregulation of MGMT promotes proliferation of intrahepatic cholangiocarcinoma by regulating p21. Clin. Transl. Oncol. 2020;22(3):392-400. https://doi.org/10.1007/s12094-019-02140-9.
4. Chen M., Gan X., Yoshino K., Kitakawa M., Shoji I., Deng L., Hotta H. Hepatitis C virus NS5A protein interacts with lysine methyltransferase SET and MYND domain-containing 3 and induces activator protein 1 activation. Microbiol. Immunol. 2016;60:407-417. https://doi.org/10.1111/1348-0421.12383.
5. Chen P., Meng C., Wang Q., Yang X., Huang Z., Xing X., Lin Y., Liu X., Peng J., Lin Y. Death-associated protein kinase 1 suppresses hepatocellular carcinoma cell migration and invasion by upregulation of DEAD-box helicase 20. Cancer Sci. 2020;111(8):2803-2813. https://doi.org/10.1111/cas.14499.
6. Cheng J., Wei D., Ji Y., Chen L., Yang L., Li G., Wu L., Hou T., Xie L., Ding G., Li H., Li Y. Integrative analysis of DNA methylation and gene expression reveals hepatocellular carcinoma-specific diagnostic biomarkers. Genome Med. 2018;10(1):42. https://doi.org/10.1186/s13073018-0548-z.
7. Choi J., Southworth L.K., Sarin K.Y., Venteicher A.S., Ma W., Chang W., Cheung P., Jun S., Artandi M.K., Shah N., Kim S.K., Artandi S.E. TERT promotes epithelial proliferation through transcriptional control of a Myc- and Wnt-related developmental program. PLoS Genet. 2008;4(1):e10. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0040010.
8. de Chassey B., Navratil V., Tafforeau L., Hiet M.S., Aublin-Gex A., Agaugué S., Meiffren G., Pradezynski F., Faria B.F., Chantier T., Le Breton M., Pellet J., Davoust N., Mangeot P.E., Chaboud A., Penin F., Jacob Y., Vidalain P.O., Vidal M., André P., RabourdinCombe C., Lotteau V. Hepatitis C virus infection protein network. Mol. Syst. Biol. 2008;4:230. https://doi.org/10.1038/msb.2008.66.
9. Deng Y., Yu B., Cheng Q., Jin J., You H., Ke R., Tang N., Shen Q., Shu H., Yao G., Zhang Z., Qin W. Epigenetic silencing of WIF-1 in hepatocellular carcinomas. J. Cancer Res. Clin. Oncol. 2010; 136(8):1161-1167. https://doi.org/10.1007/s00432-010-0763-5.
10. D’souza S., Lau K.C., Coffin C.S., Patel T.R. Molecular mechanisms of viral hepatitis induced hepatocellular carcinoma. World J. Gastroenterol. 2020;26(38):5759-5783. https://doi.org/10.3748/wjg.v26.i38.5759.
11. Feng L., Li J., Yan L.D., Tang J. RASSF1A suppresses proliferation of cervical cancer cells. Asian Pac. J. Cancer Prev. 2014;15(14):59175920. https://doi.org/10.7314/apjcp.2014.15.14.5917.
12. Fernández-Barrena M.G., Arechederra M., Colyn L., Berasain C., Avila M.A. Epigenetics in hepatocellular carcinoma development and therapy: the tip of the iceberg. JHEP Rep. 2020;2(6):100167. https://doi.org/10.1016/j.jhepr.2020.100167.
13. Glotov A.S., Tiys E.S., Vashukova E.S., Pakin V.S., Demenkov P.S., Saik O.V., Ivanisenko T.V., Arzhanova O.N., Mozgovaya E.V., Zainu lina M.S., Kolchanov N.A., Baranov V.S., Ivanisenko V.A. Molecular association of pathogenetic contributors to pre-eclampsia (pre-eclampsia associome). BMC Syst. Biol. 2015:9(Suppl.2):S4.
14. https://doi.org/10.1186/1752-0509-9-S2-S4.
15. Gui Y., Yeganeh M., Ramanathan S., Leblanc C., Pomerleau V., Ferbeyre G., Saucier C., Ilangumaran S. SOCS1 controls liver regeneration by regulating HGF signaling in hepatocytes. J. Hepatol. 2011;55(6): 1300-1308. https://doi.org/10.1016/j.jhep.2011.03.027.
16. Guo N., Chen R., Li Z., Liu Y., Cheng D., Zhou Q., Zhou J., Lin Q. Hepatitis C virus core upregulates the methylation status of the RASSF1A promoter through regulation of SMYD3 in hilar cholangiocarcinoma cells. Acta Biochim. Biophys. Sin. (Shanghai). 2011; 43(5):354-361. https://doi.org/10.1093/abbs/gmr021.
17. Han Y., Niu J., Wang D., Li Y. Hepatitis C virus protein interaction network analysis based on hepatocellular carcinoma. PLoS One.
18. ;11(4):e0153882. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0153882.
19. Hassan M., Ghozlan H., Abdel-Kader O. Activation of c-Jun NH2terminal kinase (JNK) signaling pathway is essential for the stimulation of hepatitis C virus (HCV) non-structural protein 3 (NS3)mediated cell growth. Virology. 2005;333(2):324-336. https://doi.org/10.1016/j.virol.2005.01.008.
20. Hassan M., Selimovic D., Ghozlan H., Abdel-Kader O. Induction of high-molecular-weight (HMW) tumor necrosis factor (TNF) alpha by hepatitis C virus (HCV) non-structural protein 3 (NS3) in liver cells is AP-1 and NF-κB-dependent activation. Cell. Signal. 2007; 19(2):301-311. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2006.07.002.
21. He B., Reguart N., You L., Mazieres J., Xu Z., Lee A.Y., Mikami I., McCormick F., Jablons D.M. Blockade of Wnt-1 signaling induces apoptosis in human colorectal cancer cells containing downstream mutations. Oncogene. 2005;24(18):3054-3058. https://doi.org/10.1038/sj.onc.1208511.
22. Hernandez-Meza G., von Felden J., Gonzalez-Kozlova E.E., GarciaLezana T., Peix J., Portela A., Craig A.J., Sayols S., Schwartz M., Losic B., Mazzaferro V., Esteller M., Llovet J.M., Villanueva A. DNA methylation profiling of human hepatocarcinogenesis. Hepatology. 2021;74(1):183-199. https://doi.org/10.1002/hep.31659.
23. Hoshida Y., Villanueva A., Kobayashi M., Peix J., Chiang D.Y., Camargo A., Gupta S., Moore J., Wrobel M.J., Lerner J., Reich M., Chan J.A., Glickman J.N., Ikeda K., Hashimoto M., Watanabe G., Daidone M.G., Roayaie S., Schwartz M., Thung S., Salvesen H.B., Gabriel S., Mazzaferro V., Bruix J., Friedman S.L., Kumada H., Llovet J.M., Golub T.R. Gene expression in fixed tissues and outcome in hepatocellular carcinoma. N. Engl. J. Med. 2008;359(19):19952004. https://doi.org/10.1056/NEJMoa0804525.
24. Huang L., Li M.X., Wang L., Li B.K., Chen G.H., He L.R., Xu L., Yuan Y.F. Prognostic value of Wnt inhibitory factor-1 expression in hepatocellular carcinoma that is independent of gene methylation. Tumour Biol. 2011;32(1):233-240. https://doi.org/10.1007/s13277-010-0117-6.
25. In der Stroth L., Tharehalli U., Günes C., Lechel A. Telomeres and telomerase in the development of liver cancer. Cancers (Basel).
26. ;12(8):2048. https://doi.org/10.3390/cancers12082048.
27. Ivanisenko N.V., Seyrek K., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A., Lavrik I.N. The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications. Cell Death Discov. 2020;6:101. https://doi.org/10.1038/s41420-020-00331-w.
28. Ivanisenko T.V., Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko N.V., Savostianov A.N., Ivanisenko V.A. ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature. BMC Bioinformatics. 2020;21(Suppl.11):228. https://doi.org/10.1186/s12859020-03557-8.
29. Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Mishchenko E.L., Saik O.V. A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression. BMC Bioinformatics. 2019;20(Suppl.1):34. https://doi.org/10.1186/s12859-018-2567-6.
30. Ivanisenko V.A., Gaisler E.V., Basov N.V., Rogachev A.D., Cheresiz S.V., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Mishchenko E.L., Khripko O.P., Khripko Yu.I., Voevoda S.M., Karpenko T.N., Velichko A.J., Voevoda M.I., Kolchanov N.A., Pokrovsky A.G. Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients. Sci. Rep. 2022;12:19977. https://doi.org/10.1038/s41598022-24170-0.
31. Ivanisenko V.A., Saik O.V., Ivanisenko N.V., Tiys E.S., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Kolchanov N.A. ANDSystem: an Associative Network Discovery System for automated literature mining in the field of biology. BMC Syst. Biol. 2015;9(Suppl.2):S2. https://doi.org/10.1186/17520509-9-S2-S2.
32. Iwai A., Takegami T., Shiozaki T., Miyazaki T. Hepatitis C virus NS3 protein can activate the Notch-signaling pathway through binding to a transcription factor, SRCAP. PLoS One. 2011;6(6):e20718. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020718.
33. Jardin F., Ruminy P., Bastard C., Tilly H. The BCL6 proto-oncogene: a leading role during germinal center development and lymphomagenesis. Pathol. Biol. (Paris). 2007;55(1):73-83. https://doi.org/10.1016/j.patbio.2006.04.001.
34. Jaroszewicz J., Flisiak-Jackiewicz M., Lebensztejn D., Flisiak R. Current drugs in early development for treating hepatitis C virus-related hepatic fibrosis. Expert Opin. Investig. Drugs. 2015;24(9):12291239. https://doi.org/10.1517/13543784.2015.1057568.
35. Jiang L.H., Hao Y.L., Zhu J.W. Expression and prognostic value of HER-2/neu, STAT3 and SOCS3 in hepatocellular carcinoma. Clin. Res. Hepatol. Gastroenterol. 2019;43(3):282-291. https://doi.org/10.1016/j.clinre.2018.09.011.
36. Jing W., Peng R., Li X., Lv S., Duan Y., Jiang S. Study on the prognostic values of TTC36 correlated with immune infiltrates and its methylation in hepatocellular carcinoma. J. Immunol. Res. 2022;2022: 7267131. https://doi.org/10.1155/2022/7267131.
37. Kim B.R., Park S.H., Jeong Y.A., Na Y.J., Kim J.L., Jo M.J., Jeong S., Yun H.K., Oh S.C., Lee D.H. RUNX3 enhances TRAIL-induced apoptosis by upregulating DR5 in colorectal cancer. Oncogene. 2019;38:3903-3918. https://doi.org/10.1038/s41388-019-0693-x.
38. Kohsaka S., Wang L., Yachi K., Mahabir R., Narita T., Itoh T., Tanino M., Kimura T., Nishihara H., Tanaka S. STAT3 inhibition overcomes temozolomide resistance in glioblastoma by downregulating MGMT expression. Mol. Cancer Ther. 2012;11(6):1289-1299. https://doi.org/10.1158/1535-7163.MCT-11-0801.
39. Konnikova L., Simeone M.C., Kruger M.M., Kotecki M., Cochran B.H. Signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) regulates human telomerase reverse transcriptase (hTERT) expression in human cancer and primary cells. Cancer Res. 2005;65(15):6516-6520. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-05-0924.
40. Li B., Li X., Li Y., Guo H., Sun S.Y., He Q.Q., Wang Y., Luo J., Wen J.F., Zheng H., Feng D.Y. The effects of hepatitis C virus nonstructural protein 3 on cell growth mediated by extracellular signalrelated kinase cascades in human hepatocytes in vitro. Int. J. Mol. Med. 2010;26(2):273-279. https://doi.org/10.3892/ijmm_00000462.
41. Lin B., Hong H., Jiang X., Li C., Zhu S., Tang N., Wang X., She F., Chen Y. c-Jun suppresses the expression of WNT inhibitory factor 1 through transcriptional regulation and interaction with DNA methyltransferase 1 in gallbladder cancer. Mol. Med. Rep. 2018;17(6): 8180-8188. https://doi.org/10.3892/mmr.2018.8890.
42. Liu J., Ma Q., Zhang M., Wang X., Zhang D., Li W., Wang F., Wu E. Alterations of TP53 are associated with a poor out-come for patients with hepatocellular carcinoma: evidence from a systematic review and meta-analysis. Eur. J. Cancer. 2012;48(15):2328-2338. https://doi.org/10.1016/j.ejca.2012.03.001.
43. Llovet J.M., Zucman-Rossi J., Pikarsky E., Sangro B., Schwartz M., Sherman M., Gores G. Hepatocellular carcinoma. Nat. Rev. Dis. Primers. 2016;2:16018. https://doi.org/10.1038/nrdp.2016.18.
44. Loeb D.M. WT1 influences apoptosis through transcriptional regulation of Bcl-2 family members. Cell Cycle. 2006;5(12):1249-1253. https://doi.org/10.4161/cc.5.12.2807.
45. Machida K., Cheng K.T., Lai C.K., Jeng K.S., Sung V.M., Lai M.M. Hepatitis C virus triggers mitochondrial permeability transition with production of reactive oxygen species, leading to DNA damage and STAT3 activation. J. Virol. 2006;80(14):7199-7207. https://doi.org/10.1128/JVI.00321-06.
46. Machida K., Cheng K.T., Sung V.M., Shimodaira S., Lindsay K.L., Levine A.M., Lai M.Y., Lai M.M. Hepatitis C virus induces a mutator phenotype: enhanced mutations of immunoglobulin and protooncogenes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004;101(12):4262-4267. https://doi.org/10.1073/pnas.0303971101.
47. Mayo M.W., Wang C.Y., Drouin S.S., Madrid L.V., Marshall A.F., Reed J.C., Weissman B.E., Baldwin A.S. WT1 modulates apoptosis by transcriptionally upregulating the bcl-2 proto-oncogene. EMBO J. 1999;18(14):3990-4003. https://doi.org/10.1093/emboj/18.14.3990.
48. McGlynn K.A., Petrick J.L., El-Serag H.B. Epidemiology of hepatocellular carcinoma. Hepatology. 2021;73(Suppl.1):4-13. https://doi.org/10.1002/hep.31288.
49. Mžik M., Chmelařová M., John S., Laco J., Slabý O., Kiss I., Bohovicová L., Palička V., Nekvindová J. Aberrant methylation of tumour suppressor genes WT1, GATA5 and PAX5 in hepatocellular carcinoma. Clin. Chem. Lab. Med. 2016;54(12):1971-1980. https://doi.org/10.1515/cclm-2015-1198.
50. Nault J.C., Ningarhari M., Rebouissou S., Zucman-Rossi J. The role of telomeres and telomerase in cirrhosis and liver cancer. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2019;16(9):544-558. https://doi.org/10.1038/s41575019-0165-3.
51. Neumann O., Kesselmeier M., Geffers R., Pellegrino R., Radlwimmer B., Hoffmann K., Ehemann V., Schemmer P., Schirmacher P., Lorenzo Bermejo J., Longerich T. Methylome analysis and integrative profiling of human HCCs identify novel protumorigenic factors. Hepatology. 2012;56(5):1817-1827. https://doi.org/10.1002/hep.25870.
52. Ni Y., Gu J., Wu J., Xu L., Rui Y. MGMT-mediated neuron apoptosis in injured rat spinal cord. Tissue Cell. 2020;62:101311. https://doi.org/10.1016/j.tice.2019.101311.
53. Nowyhed H.N., Huynh T.R., Blatchley A., Wu R., Thomas G.D., Hedrick C.C. The nuclear receptor Nr4a1 controls CD8 T cell development through transcriptional suppression of Runx3. Sci. Rep. 2015;5:9059. https://doi.org/10.1038/srep09059.
54. Oversoe S.K., Clement M.S., Pedersen M.H., Weber B., Aagaard N.K., Villadsen G.E., Grønbæk H., Hamilton-Dutoit S.J., Sorensen B.S., Kelsen J. TERT promoter mutated circulating tumor DNA as a biomarker for prognosis in hepatocellular carcinoma. Scand. J. Gastroenterol. 2020;55(12):1433-1440. https://doi.org/10.1080/00365521.2020.1837928.
55. Papic N., Maxwell C.I., Delker D.A., Liu S., Heale B.S., Hagedorn C.H. RNA-sequencing analysis of 5′ capped RNAs identifies many new differentially expressed genes in acute hepatitis C virus infection. Viruses. 2012;4:581-612. https://doi.org/10.3390/v4040581.
56. Phan R.T., Dalla-Favera R. The BCL6 proto-oncogene suppresses p53 expression in germinal-centre B cells. Nature. 2004;432(7017):635639. https://doi.org/10.1038/nature03147.
57. Rabaan A.A., Al-Ahmed S.H., Bazzi A.M., Alfouzan W.A., Alsuliman S.A., Aldrazi F.A., Haque S. Overview of hepatitis C infection, molecular biology, and new treatment. J. Infect. Public Health. 2020;13(5):773-783. https://doi.org/10.1016/j.jiph.2019.11.015.
58. Revill K., Wang T., Lachenmayer A., Kojima K., Harrington A., Li J., Hoshida Y., Llovet J.M., Powers S. Genome-wide methylation analysis and epigenetic unmasking identify tumor suppressor genes
59. in hepatocellular carcinoma. Gastroenterology. 2013;145(6):14241435.e1-25. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2013.08.055.
60. Saik O.V., Demenkov P.S., Ivanisenko T.V., Bragina E.Y., Freidin M.B., Goncharova I.A., Dosenko V.E., Zolotareva O.I., Hofestaedt R., Lavrik I.N., Rogaev E.I., Ivanisenko V.A. Novel candidate genes important for asthma and hypertension comorbidity revealed from associative gene networks. BMC Med. Genomics. 2018;11(Suppl.1): 15. https://doi.org/10.1186/s12920-018-0331-4.
61. Saik O.V., Ivanisenko T.V., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A. Interactome of the hepatitis C virus: literature mining with ANDSystem. Virus Res. 2016;218:40-48. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2015.12.003.
62. Sarin K.Y., Cheung P., Gilison D., Lee E., Tennen R.I., Wang E., Artandi M.K., Oro A.E., Artandi S.E. Conditional telomerase induction causes proliferation of hair follicle stem cells. Nature. 2005; 436(7053):1048-1052. https://doi.org/10.1038/nature03836.
63. Sawangarun W., Mandasari M., Aida J., Morita K.I., Kayamori K., Ikeda T., Sakamoto K. Loss of Notch1 predisposes oro-esophageal epithelium to tumorigenesis. Exp. Cell Res. 2018;372(2):129-140. https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2018.09.019.
64. Schulze K., Imbeaud S., Letouzé E., Alexandrov L.B., Calderaro J., Rebouissou S., Couchy G., Meiller C., Shinde J., Soysouvanh F., Cala tayud A.L., Pinyol R., Pelletier L., Balabaud C., Laurent A., Blanc J.F., Mazzaferro V., Calvo F., Villanueva A., Nault J.C., Bioulac-Sage P., Stratton M.R., Llovet J.M., Zucman-Rossi J. Exome sequencing of hepatocellular carcinomas identifies new mutational signatures and potential therapeutic targets. Nat. Genet. 2015;47(5): 505-511. https://doi.org/10.1038/ng.3252.
65. Sera T., Hiasa Y., Mashiba T., Tokumoto Y., Hirooka M., Konishi I., Matsuura B., Michitaka K., Udaka K., Onji M. Wilms’ tumour 1 gene expression is increased in hepatocellular carcinoma and associated with poor prognosis. Eur. J. Cancer. 2008;44(4):600-608. https://doi.org/10.1016/j.ejca.2008.01.008.
66. Song Z., Li Z., Han W., Zhu C., Lou N., Li X., Luo G., Peng S., Li G., Zhao Y., Guo Y. Low DAPK1 expression correlates with poor prognosis and sunitinib resistance in clear cell renal cell carcinoma. Aging (Albany NY). 2020;13(2):1842-1858. https://doi.org/10.18632/aging.103638.
67. Takakura M., Kyo S., Inoue M., Wright W.E., Shay J.W. Function of AP-1 in transcription of the telomerase reverse transcriptase gene (TERT ) in human and mouse cells. Mol. Cell Biol. 2005;25(18): 8037-8043. https://doi.org/10.1128/MCB.25.18.8037-8043.2005.
68. Tan Y., Li Y. HCV core protein promotes hepatocyte proliferation and chemoresistance by inhibiting NR4A1. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2015;466(3):592-598. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.09.091.
69. Tucci F.A., Broering R., Johansson P., Schlaak J.F., Küppers R. B cells in chronically hepatitis C virus-infected individuals lack a virusinduced mutation signature in the TP53, CTNNB1, and BCL6 genes. J. Virol. 2013;87(5):2956-2962. https://doi.org/10.1128/JVI.03081-12.
70. Xu R.H., Wei W., Krawczyk M., Wang W., Luo H., Flagg K., Yi S., Shi W., Quan Q., Li K., Zheng L., Zhang H., Caughey B.A., Zhao Q., Hou J., Zhang R., Xu Y., Cai H., Li G., Hou R., Zhong Z.,
71. Lin D., Fu X., Zhu J., Duan Y., Yu M., Ying B., Zhang W., Wang J., Zhang E., Zhang C., Li O., Guo R., Carter H., Zhu J.K., Hao X., Zhang K. Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat. Mater. 2017; 16(11):1155-1161. https://doi.org/10.1038/nmat4997.
72. Yang C., Zhang Y., Wang J., Li L., Wang L., Hu M., Xu M., Long Y., Rong R., Zhu T. A novel cyclic helix B peptide inhibits dendritic cell maturation during amelioration of acute kidney graft rejection through Jak-2/STAT3/SOCS1. Cell Death Dis. 2015;6(11):e1993. https://doi.org/10.1038/cddis.2015.338.
73. Ye S., Zhao X.Y., Hu X.G., Li T., Xu Q.R., Yang H.M., Huang D.S., Yang L. TP53 and RET may serve as biomarkers of prognostic evaluat ion and targeted therapy in hepatocellular carcinoma. Oncol. Rep. 2017;37(4):2215-2226. https://doi.org/10.3892/or.2017.5494.
74. Zhang C., Li J., Huang T., Duan S., Dai D., Jiang D., Sui X., Li D., Chen Y., Ding F., Huang C., Chen G., Wang K. Meta-analysis of DNA methylation biomarkers in hepatocellular carcinoma. Oncotarget. 2016;7(49):81255-81267. https://doi.org/10.18632/oncotarget.13221.
75. Zhang H., Weng X., Ye J., He L., Zhou D., Liu Y. Promoter hypermethylation of TERT is associated with hepatocellular carcinoma in the Han Chinese population. Clin. Res. Hepatol. Gastroenterol. 2015;39(5):600-609. https://doi.org/10.1016/j.clinre.2015.01.002.
76. Zhu Z., Tran H., Mathahs M.M., Moninger T.O., Schmidt W.N. HCV induces telomerase reverse transcriptase, increases its catalytic activity, and promotes caspase degradation in infected human hepatocytes. PLoS One. 2017;12(1):e0166853. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0166853.
77. Zhu Z., Wilson A.T., Gopalakrishna K., Brown K.E., Luxon B.A., Schmidt W.N. Hepatitis C virus core protein enhances Telomer ase activity in Huh7 cells. J. Med. Virol. 2010;82(2):239-248. https://doi.org/10.1002/jmv.21644.
78. Zong C., Qin D., Yu C., Gao P., Chen J., Lu S., Zhang Y., Liu Y., Yang Y., Pu Z., Li X., Fu Y., Guan Q., Wang X. The stress-response molecule NR4A1 resists ROS-induced pancreatic β-cells apoptosis via WT1. Cell Signal. 2017;35:129-139. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2017.03.012.
79. Zucman-Rossi J., Villanueva A., Nault J.C., Llovet J.M. Genetic landscape and biomarkers of hepatocellular carcinoma. Gastroenterology. 2015;149(5):1226-1239.e4. https://doi.org/10.1053/j.gastro.2015.05.061.
Рецензия
Просмотров:
963
ISSN 2500-3259 (Online)
Послать статью по эл. почте 