НУКЛЕОСОМНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ В САТЕЛЛИТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ДНК РАСТЕНИЙ

Полный текст:


Аннотация

Сателлитная ДНК (сателлит), представленная повторяющимися тандемными последовательностями, является гетерохроматином с плотной нуклеосомной упаковкой. Мы искали среди контекстных и конформационных характеристик ДНК детерминирующие факторы, которые способствуют этой упаковке. Мы разработали статистику, основанную на величине изгиба ДНК, для определения характера предпочтения позиционирования нуклеосом в тандемных повторах. Было выявлено статистически значимое отличие профиля изгиба в тандемных повторах от случайной модели. Используя преобразование Фурье, мы выяснили, что не менее 50 % мономеров имеют периодичность профиля изгиба ДНК в районе 170 п.н., что соответствует длине ДНК, обернутой вокруг нуклеосомы, при рассмотрении двух первых гармоник в профиле изгиба ДНК. Мы определили, что в растениях схема позиционирования нуклеосом в субтеломерных сателлитах значимо отличается от аналогичной схемы в центромерных сателлитах.


Об авторах

В. Н. Бабенко
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


К. О. Куташев
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


В. Ф. Матвиенко
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)
Россия


Список литературы

1. Deal R.B., Henikoff J.G. Henikoff S. Genome-wide kinetics of nucleosome turnover determined by metabolic labeling of histones // Science. 2010. V. 328. P. 1161–1164.

2. Cohanim A.B., Haran T.E. The coexistence of the nucleosome positioning code with the genetic code on eukaryotic genomes // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. Nо 19. P. 6466–6476.

3. Feller W. An Introduction to Probability Theory and its Applications. V. 2. N.Y.: Wiley, 1971.

4. Gupta S., Dennis J., Thurman R.E. et al. Predicting human nucleosome occupancy from primary sequence // PLoS Comput. Biol. 2008. I4:eI000134.

5. Kaplan N., Moore I.K., Fondufe-Mittendorf Y. et al. The DNA-Encoded nucleosome organization of an eukaryotic genome // Nature. 2009. V. 458. P. 362–366.

6. Kaplan N., Moore I., Fondufe-Mittendorf Y. et al. Nucleosome sequence preferences infl uence in vivo nucleosome organization // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. V. 17. Nо 8. P. 918–920.

7. Karlin S., Altschul S.F. Methods for assessing the statistical signifi cance of molecular sequence features by using general scoring schemes // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. Nо 6. P. 2264–2268.

8. Kiyama R., Trifonov E.N. What positions nucleosomes? – A model // FEBS Lett. 2002. V. 523. Nо 1/3. P. 7–11.

9. Locke G., Tolkunov D., Moqtaderi Z. et al. High-throughput sequencing reveals a simple model of nucleosome energetic // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2010. V. 107. Nо 49. P. 20998–21003.

10. Macas J., Meszaros T., Nouzova M. PlantSat: a specialized database for plant satellite repeats // Bioinformatics. 2002. V. 18. P. 28–35.

11. Ringrose L. How do RNA sequence, DNA sequence, and chromatin properties regulate splicing? // F1000 Biol. Rep. 2010. 2. Р. 74.

12. Segal E., Widom J. What controls nucleosome positions? // Trends Genet. 2009. V. 25. P. 335–343.

13. Schones D.E., Cui K., Cuddapah S. et al. Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome // Cell. 2008. V. 132. Nо 5. P. 887–898.

14. Spies N., Nielsen C.B., Padgett R.A., Burge C.B. Biased chromatin signatures around polyadenylation sites and exons // Mol. Cell. 2009. V. 36. Nо 2. P. 245–254.

15. Sussman J.L., Trifonov E.N. Possibility of nonkinked packing of DNA in chromatin // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1978. V. 75. Nо 1. P. 103–107.

16. Tanaka Y., Nakai K. An assessment of prediction algorithms for nucleosome positioning // Genome Inform. 2009. V. 23. Nо 1. P. 169–178.

17. Trifonov E.N. Sequence-dependent deformational anisotropy of chromatin DNA // Nucl. Acids Res. 1980. V. 8. Nо 17. P. 165–171.

18. Trifonov E.N. Cracking the chromatin code: Precise rule of nucleosome positioning // Phys. Life Rev. 2011. V. 8. Nо 1. P. 39–50.

19. Valouev A., Ichikawa J., Tonthat T. et al. A high-resolution, nucleosome position map of C. elegans reveals a lack of universal sequence-dictated positioning // Genome Res. 2008. V. 18. Nо 7. P. 1051–1063.

20. Valouev A., Johnson S.M., Boyd S.D. et al. Determinants of nucleosome organization in primary human cells // Nature. 2011. V. 474. Nо 7352. P. 516–522.

21. Xi L., Fondufe-Mittendor Y., Xia L. et al. Predicting nucleosome positioning using a duration Hidden Markov Model // BMC Bioinformatics. 2010. doi:10.1186/1471-2105-11-346.


Дополнительные файлы

Просмотров: 48

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)