Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Молекулярно-генетическая изменчивость по ISSR-маркерам у Caragana jubata (Pall.) Poir. (Fabaceae) в горах Средней Азии и Южной Сибири

https://doi.org/10.18699/vjgb-26-22

Аннотация

Исследована генетическая структура по пяти ISSR-маркерам у 44 особей в выборках из восьми ценопопуляций (ЦП) Caragana jubata (Pall.) Poir. в горных условиях Центральной Азии – на Западном Памире и Внутреннем Тянь-Шане (Кыргызстан) и в Южной Сибири – на Алтае (Республика Алтай), Западном (Республика Тыва) и Восточном (Республика Бурятия) Саяне. Вид изучен в диапазоне географических расстояний, составляющих более 2.5 тыс. км и в диапазоне абсолютных высот 1570–3680 м. Caragana jubata занесена в Красные книги восьми субъектов Российской Федерации. Цель настоящей работы – выявление генетического разнообразия и гетерогенности в ЦП C. jubata в зависимости от их географической и высотной приуроченности в горах Центральной Азии и Южной Сибири. Исследования показали, что в ненарушенных местонахождениях изученные ЦП этого вида характеризовались высокими параметрами численности особей и занимали площадь более 100 м2. Практически в каждой изученной нами выборке из ЦП C. jubata (кроме представителей из ЦП7) обнаружено наличие генотипов, содержащих уникальные фрагменты ДНК. Наибольшая доля (75 %) таких генотипов установлена в выборке из ЦП3 (Внутренний Тянь-Шань, хр. Тескей-Ала-Тоо, абсолютная высота 2550 м). Нами не найдено уникальных фрагментов в генотипах у особей из исследованной выборки в ЦП7 (Западный Саян, Республика Тыва). Возможная причина – антропогенное воздействие на растения в данном местонахождении. Выявленное преобладание внутрипопуляционной генетической изменчивости над межпопуляционной в выборках из восьми изученных ЦП C. jubata может свидетельствовать об устойчивости представителей этого вида в пределах исследованных нами частей ареала.

Об авторах

Д. А. Кривенко
Сибирский институт физиологии и биохимии растений Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Иркутск



О. А. Чернышева
Сибирский институт физиологии и биохимии растений Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Иркутск



И. Н. Кубан
Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Новосибирск



Е. В. Жмудь
Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Новосибирск



И. В. Горбенко
Сибирский институт физиологии и биохимии растений Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Иркутск



А. А. Ачимова
Алтайский филиал Центрального сибирского ботанического сада Сибирского отделения Российской академии наук «Горно-Алтайский ботанический сад»
Россия

Камлак, Республика Алтай



О. Ю. Васильева
Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук
Россия

Новосибирск



О. В. Дорогина
Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук; Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия

Новосибирск



Список литературы

1. Bhardwaj P.K., Kapoor R., Mala D., Bhagwat G., Acharya V., Singh A.K., Vats S.K., Ahuja P.S., Kumar S. Braving the attitude of altitude: Caragana jubata at work in cold desert of Himalaya. Sci Rep. 2013;3:1022. doi 10.1038/srep01022

2. Chung M.Y., Mmerila J., Li J., Mao K., López-Pujo J., Tsumura Y., Chung M.G. Neutral and adaptive genetic diversity in plants: an overview. Front Ecol Evol. 2023;11:1116814. doi 10.3389/fevo.2023.1116814

3. Churiulina A.G., Bocharnikov M.V. Caragana jubata (Pall.) Poir. (Fabaceae), distribution mapping of rare relict species. Bot Pacifica. 2019;8(2):111-114. doi 10.17581/bp.2019.08207

4. Churyulina A.G. Geography of rare species (Caragana jubata (Pall.) Poir., Betula lanata (Regel) V. Vassil.) and communities with their participation in the mountain biomes of the Baikal region: Cand. Sci. (Geogr.) Dissertation. Moscow, 2021 (in Russian)

5. Churyulina A.G., Bocharnikov M.V., Ogureeva G.N. Geography of Caragana jubata (Pall.) Poir. (Fabaceae) and its phytocenotic role in the mountain vegetation cover. Vestnik Moskovskogo Universiteta. Seriya 5. Geografiya = Moscow University Bulletin. Series 5. Geography. 2020;3:108-117 (in Russian)

6. de Lafontaine G., Napier J.D., Petit R.J., Hu F.S. Invoking adaptation to decipher the genetic legacy of past climate change. Ecology. 2018;99(7):1530-1546. doi 10.1002/ecy.2382

7. Dorogina O.V., Zhmud E.V. Molecular-genetic methods in plant ecology. Contemp Probl Ecol. 2020;13(4):333-345. doi 10.1134/S1995425520040058

8. Dorogina O.V., Kuban I.N., Achimova A.A., Williams N., Lashchinskiy N.N., Zhmud E.V. Morphometric characteristics and genetic ISSR marker variability in Rhodiola rosea L. (Crassulaceae) in different ecological and geographic conditions in the Altai Republic. Int J Molec Sci. 2023;24(10):15224. doi 10.3390/ijms242015224

9. Hamabata T., Kinoshita G., Kurita K., Cao P.-L., Ito M., Murata J., Komaki Y., Isagi Y., Makino T. Endangered island endemic plants have vulnerable genomes. Commun Biol. 2019;2:244. doi 10.1038/s42003-019-0490-7

10. Hantemirova E.V., Khoreva M.G., Bessonova V.A. Genetic and ecological differentiation of Caragana jubata (Pall.) Poir. Bot Pacifica. 2024;13(2):15-22. doi 10.17581/bp.2024.13204

11. Jombart T. adegenet: a R package for the multivariate analysis of genetic markers. Bioinformatics. 2008;24(11):1403-1405. doi 10.1093/bioinformatics/btn129

12. Kakorin P.A., Babenkova I.V., Teselkin Yu.O., Ramenskaya G.V., Demura T.A., Kukes V.G. Hepatoprotective activity of aqueous extract from Caragana jubata (Pall.) Poir. shoots in the model of acute hepatitis induced by acetaminophen in rats. Biomeditsinskaya Khimiya. 2018a;64(3):241-246. doi 10.18097/PBMC20186403241 (in Russian)

13. Kakorin P.A., Tereshkina O.I., Ramenskaya G.V. Potential biological activity and chemical composition of Caragana jubata (Pall.) Poir. (review). Pharm Chem J. 2018b;52(6):531-535. doi 10.1007/s11094-018-1854-x

14. Kakorin P.A., Fateeva T.V., Tereshkina O.I., Perova I.B., Ramenskaya G.V., Sologova S.S., Eller K.I. Antimicrobial activity of lyophilized aqueous extract from Caragana jubata (Pall.) Poir. Pharm Chem J. 2020;54(3):290-292. doi 10.1007/s11094-020-02193-z

15. Kassambara A. ggpubr: ‘ggplot2’ based publication ready plots. R package version 0.6.0. 2023. https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/

16. Koropachinsky I.Yu., Vstovskaya T.N. Woody Plants of Asian Russia. Novosibirsk: Geo Publ., 2012 (in Russian)

17. Liu C., Wang J., Ko Y.-Z., Shiao M.-S., Wang Y., Sun J., Yuan Q., Wang L., Chiang Y.-C., Guo L. Genetic diversities in wild and cultivated populations of the two closely-related medical plants species, Tripterygium wilfordii and T. hypoglaucum (Celastraceae). BMC Plant Biol. 2024;24(1):195. doi 10.1186/s12870-024-04826-x

18. Lysova N.V. Ecology of Caragana jubata (Pall.) Poir. in the Central Tien Shan. Byulleten Glavnogo Botanicheskogo Sada = Bulletin of the Moscow Botanical Garden of the Academy of Sciences. 1967; 64:64-67 (in Russian)

19. Magri D., Vendramin G.G., Comps B., Dupanloup I., Geburek T., Gömöry D., Latałowa M., Litt T., Paule L., Roure J.M., Tantau I., Van Der Knaap W.O., Petit R.J., De Beaulieu J.-L. A new scenario for the Quaternary history of European beech populations: palaeobotanical evidence and genetic consequences. New Phytol. 2006;171(1):199-221. doi 10.1111/j.1469-8137.2006.01740.x

20. Nabieva A.Yu., Zhmud E.V., Kuban I.N., Dorogina O.V. Morphometric and molecular analysis of Cypripedium × ventricosum (Orchidaceae) population in the Novosibirsk Region. Botanicheskii Zhurnal. 2020;105(6):597-603. doi 10.31857/S0006813620060058 (in Russian)

21. Nørgaard L.S., Mikkelsen D.M.G., Elmeros M., Chriél M., Madsen A.B., Nielsen J.L., Pertoldi C., Randi E., Fickel J., Brygida S., Ruiz-González A. Population genomics of the raccoon dog (Nyctereutes procyonoides) in Denmark: insights into invasion history and population development. Biol Invasions. 2017;19(5):1637-1652. doi 10.1007/s10530-017-1385-5

22. Ohsawa T., Yuji I. Global patterns of genetic variation in plant species along vertical and horizontal gradients on mountains. Glob Ecol Biogeogr. 2008;17(2):152-163. doi 10.1111/j.1466-8238.2007.00357.x

23. Oorzhak U.S., Lopsan-Endan A.B., Dorzhu-ool Yu.N. Bioecological and chemical features of Caragana jubata (Pall.) Poir. Vestnik Tuvinskogo Gosudarstvennogo Universiteta. Estestvennye i Selskokhozyajstvennye Nauki – Vestnik of of Tuvan State University. Natural and Agricultural Sciences. 2024;1(5):16-24. doi 10.24411/2221-0458-2024-01-16-24 (in Russian)

24. Oyama K., Ito M., Yahara T., Ono M. Low genetic differentiation among populations of Arabis serrata (Brassicaceae) along an altitudinal gradient. J Plant Res. 1993;106(2):143-148. doi 10.1007/BF02344418

25. Parygin I.A., Khudonogova E.G. Plant communities of Caragana jubata (Pallas) Poiret of the southwestern regions of Buryatia. Vestnik Orenburgskogo Gosudarstvennogo Pedagogicheskogo Universiteta = Vestnik of Orenburg State Pedagogical University. 2017; 4(24):26-33 (in Russian)

26. R Core Team. R: a Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing. Vienna, Austria, 2024. https://www.R-project.org/

27. Reisch C., Anke A., Röhl M. Molecular variation within and between ten populations of Primula farinose (Primulaceae) along an altitudinal gradient in the northern Alps. Basic Appl Ecol. 2005;6(1):35-45. doi 10.1016/j.baae.2004.09.004

28. Safaralikhonov A.B., Aknazarov O.A. The Effect of Environmental Factors of the Pamir Highlands on Plant Life. Dushanbe: Donish Publ., 2021 (in Russian)

29. Semenova G.P. Rare and Endangered Species of Siberian Flora: Biology, Conservation. Novosibirsk: Geo Publ., 2007 (in Russian)

30. Shi M.-M., Michalski S.G., Chen X.-Y., Durka W. Isolation by elevation: genetic structure at neutral and putatively non-neutral loci in a dominant tree of subtropical forests, Castanopsis eyrie. PLoS One. 2011;6(6):e21302. doi 10.1371/journal.pone.0021302

31. Smouse P.E., Banks S.C., Peakall R. Converting quadratic entropy to diversity: both animals and alleles are diverse, but some are more diverse than others. PLoS One. 2017;12(10):e0185499. doi 10.1371/journal.pone.0185499

32. Taberlet P., Fumagalli L., Wust-Saucy A.-G., Cosson J-F. Comparative phylogeography and postglacial colonization route in Europe. Mol Ecol. 1998;7(4):453-464. doi 10.1046/j.1365-294x.1998.00289.x

33. Talovina G.V. Crop Wild Relatives in the Magadan Province of Russia: Perspectives of Gene Pool Conservation. Vavilovia. 2019; 2(3):42-55. doi 10.30901/2658-3860-2019-3-42-55 (in Russian)

34. The Red Book of Altay Republic. Plants. Gorno-Altaysk: Gorno-Altayskaya Tipografia Publ., 2017 (in Russian)

35. The Red Book of Sakha Republic (Yakutia). Vol. 1. Rare and Endangered Species of Plants and Fungi. Moscow: Reart Publ., 2017 (in Russian)

36. The Red Book of Zabaykalskiy Kray. Novosibirsk: Dom Mira Publ., 2017 (in Russian)

37. The Red Book of Khabarovsk Kray. Rare and Endangered Species of Plants, Fungi, and Animals. Voronezh: Mir Publ., 2019 (in Russian)

38. The Red Book of Magadan Oblast. Rare and Endangered Species of Animals, Plants and Fungi. Magadan: Okhotnik Publ., 2019 (in Russian)

39. The Red Book of Irkutsk Oblast. Ulan-Ude, 2020 (in Russian)

40. The Red Book of Krasnoyarsk Kray. Vol. 2. Rare and Endangered Species of Plants and Fungi. Krasnoyarsk: Siberian Federal University, 2022 (in Russian)

41. The Red Book of Republic of Buryatia. Rare and Endangered Species of Plants and Fungi. Belgorod: Konstanta Publ., 2023 (in Russian)

42. Wang Q., Wu X., Yang X., Zhang Y., Wang L., Li X., Qiu Y. Comprehensive quality evaluation of Lignum Caraganae and rapid discrimination of Caragana jubata and Caragana changduensis based on characteristic compound fingerprints by HPLC-UV and HPLC-MS/MS coupled with chemometrics analysis. Phytochem Anal. 2020; 31(6):846-860. doi 10.1002/pca.2950

43. Wickham H., Averick M., Bryan J., Chang W., McGowan L.D., François R., Grolemund G., … Takahashi K., Vaughan D., Wilke C., Woo K., Yutani H. Welcome to the Tidyverse. J Open Source Software. 2019;4(43):1686. doi 10.21105/joss.01686

44. Wright S. Breeding structure of populations in relation to speciation. Am Nat. 1940;74(752):232-248. doi 10.1086/280891

45. Xu S., Li L., Luo X., Chen M., Tang W., Zhan L., Dai Z., Lam T.T., Guan Y., Yu G. Ggtree: a serialized data object for visualization of a phylogenetic tree and annotation data. iMeta. 2022;1(4):e56. doi 10.1002/imt2.56

46. Yang X.-Z., Lyu J.-N., Xu C., Lin Q.-X., Yang J., Wang C., Song P. Cytotoxic chemical constituents from Caragana jubata (Pall.) Poir. J Yunnan Univ Nat Sci Ed. 2015;37(1):134-139. doi 10.7540/j.ynu.20140364

47. Yao N., Gao J., Wang L., Ma Z., Zhang J., Ma F., Xu T. Development of SSR molecular markers and analysis of genetic diversity in Caragana jubata (Pall.) Poir. Genet Resour Crop Evol. 2025;72(7): 8957-8972. doi 10.1007/s10722-025-02477-x

48. Yifru T., Hammer K., Huang X.Q., Röder M.S. Regional patterns of microsatellite diversity in Ethiopian tetraploid wheat accessions. Plant Breed. 2006;125(2):125-130. doi 10.1111/j.1439-0523.2006.01147.x

49. Zhang M.-L., Xiang X.-G., Xue J.-J., Sanderson S.C., Fritsch P.W. Himalayan uplift shaped biomes in Miocene temperate Asia: evidence from leguminous Caragana. Sci Rep. 2016;6:36528. doi 10.1038/srep36528

50. Zhang X., Korpelainen H., Li C. Microsatellite variation of Quercus aquifolioides populations at varying altitudes in the Wolong natural reserve of China. Silva Fenn. 2006;40(3):407-415. doi 10.14214/sf.326

51. Zhao D., Chen X., Wang R., Pang H., Wang J., Liu L. Determining the chemical profile of Caragana jubata (Pall.) Poir. by UPLC-QTOFMS analysis and evaluating its anti-ischemic stroke effects. J Ethnopharmacol. 2023;309:116275. doi 10.1016/j.jep.2023.116275

52. Zhmud E.V., Kuban I.N., Achimova A.A., Yamtyrov M.B., Dorogina O.V. Comparative analysis of genetic polymorphism in Rhaponticum carthamoides (Asteraceae) populations by ISSR markers in the Altai Republic. Trudy po Prikladnoy Botanike, Genetike i Selektsii = Proceedings on Applied Botany, Genetics, and Breeding. 2023;184(2):149-159. doi 10.30901/2227-8834-2023-2-149-159 (in Russian)

53. Zhmud E.V., Kuban I.N., Achimova A.A., Papina O.N., Dorogina O.V. Variability of morphometric parameters in Adonis villosa Ledeb. (Ranunculaceae) and its genetic differentiation based on ISSR markers in the Altai Republic. Contemp Probl Ecol. 2024;17(4):557-565. doi 10.1134/S1995425524700355


Рецензия

Просмотров: 64

JATS XML


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)