ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА ЧЕЛОВЕКА С ТАТА-ЭЛЕМЕНТОМ ПРОМОТОРА ГЕНА NOS2A С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА ПОВЕРХНОСТНОГО ПЛАЗМОННОГО РЕЗОНАНСА

Взаимодействие ТАТА-связывающего белка (ТВР) с ТАТА-боксом и образование комплекса ТВР/ТАТА являются первым шагом в сборке транскрипционного комплекса и центральным событием в регуляции транскрипции. Известно, что некоторые однонуклеотидные замены (SNP – single nucleotide polymorphism) в ТАТА-боксе и его фланках ассоциируются с повышенным риском возникновения различных патологий человека (Савинкова и др., 2009). Данные об изменении взаимодействия ТВР/ТАТА, приводящем к повышенному риску возникновения какой-либо патологии, в литературе практически отсутствуют. В этой работе изучали влияние SNP (–21t > c), прилегающего к ТАТА-боксу промотора гена NOS2A, на взаимодействие с ТВР человека с использованием метода поверхностного плазмонного резонанса (SPR) на биосенсоре ProteOn XPR36. Из полученных сенсограмм видно, что замена 21t>c в последовательности, прилегающей к ТАТА-боксу, практически не влияла на константу скорости ассоциации ТВР с ТАТА-содержащим олигонуклеотидом, а константы реакции диссоциации отличались примерно в два раза. Таким образом, эксперименты, проведенные с использованием метода SPR и классического метода EMSA, показали, что при иммобилизации ТВР на декстрановой поверхности микрочипа не происходит изменения аффинности его взаимодействия с ТАТА-содержащими олигонуклеотидами.

1. Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Пономаренко П.М. и др. Влияние полиморфизмов ТАТА-бокса промотора гена β-глобина человека, ассоциированных с β-талассемией, на взаимодействие ТАТА-связывающего белка // Информ. вестник ВОГиС. 2010. Т. 14. № 4. С. 698–705.

2. Савинкова Л.К., Пономаренко М.П., Пономаренко П.М. и др. Полиморфизмы ТАТА-боксов промоторов генов человека и ассоциированные с ними наследственные патологии // Биохимия. 2009. Т. 74. № 4. С. 149–163.

3. Соколенко А.А., Сандомирский И.И., Савинкова Л.К. Взаимодействие дрожжевого ТАТА-связывающего белка с корткими участками промоторов // Молекуляр. биология. 1996. Т. 30. № 2. С. 279–285.

4. Abbas A., Linman M.J., Cheng C. New trends in instrumental design for surface plasmon resonance-based biosensors // Biosens. Bioelectron. 2011. V. 26. No. 5. P. 1815–1824.

5. Abdiche Y.N., Lindquist K.C., Pinkerton A. et al. Expanding the proteOn XPR36 biosensor into a 36-ligand array expedites protein interaction analysis // Analyt. Biochem. 2011. V. 411. P. 139–151.

6. Barcellos L.F., Ramsay P.P, Caillier S.J. et alal. Genetic variation in nitric oxide synthase 2A (NOS2A) and risk for multiple sclerosis // Genes Immun. 2008. V. 9. P. 493–500.

7. Bronner V., Denkberg G., Peled M. et al. Therapeutic antibodies: Discovery and development using the ProteOn XPR36 biosensor interaction array system // Analyt. Biochem. 2010. V. 406. P. 147–156.

8. Burgner D., Rockett K., Ackerman H. et alal. Haplotypic relationship between SNP and microsatellite markers at the NOS2A locus in two // Genes Immun. 2003. V. 4. P. 506–514.

9. Juven-Gershon T., Kadonaga J.T. Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machiner // Dev. Biol. 2010. V. 339. No. 2. P. 225–229.

10. Kim Y., Geiger J.H., Hahn S., Sigler P.B. Crystal structure of a yeast TBP/TATA-box complex // Nature. 1993. V. 365. P. 512–520.

11. Nahshol O., Bronner V., Notcovich A. et al. Parallel kinetic analysis and affinity determination of hundreds of monoclonal antibodies using the ProteOn XPR36 // Anal. Biochem. 2008. V. 383. No. 1. P. 52–60.

12. Navratilova I., Dioszegi M., Myszka D.G. Analyzing ligand and small molecule binding activity of solubilized GPCRs using biosensor technology // Analyt. Biochem. 2006. V. 355. P. 132–139.

13. Rich R.L., Myszka D.G. Grading the commercial optical biosensor literature-Class of 2008: ‘The Mighty Binders // Mol. Recognit. 2010. V. 23. P. 1–64.

14. Strahs D., Barash D., Qian., Schlick T. Sequence-dependent solution structure and motions of 13 TATA/TBP (TATA-box binding protein) complexes // Biopolymers. 2003. V. 69. P. 216–243.