ICGenonics: ПРОГРАММНЫЙ КОМПЛЕКС АНАЛИЗА СИМВОЛЬНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНОМИКИ

Полный текст:


Аннотация

Экспериментальный образец программного комплекса анализа символьных последовательностей геномики (ЭОПК АСПГ) ICGenomics предназначен для хранения, передачи, обработки и анализа данных о символьных последовательностях, полученных в рамках теоретической и прикладной геномики с целью повышения качества вычислительной обработки биологических данных, используемых в биомедицине и биотехнологии. В комплексе реализованы новые оригинальные методы обработки первичных данных высокопроизводительного секвенирования, в том числе данных ChIP-seq, предсказания регуляторных участков генов в нуклеотидных последовательностях, модели расположения нуклеосом, структурно-функциональной аннотации белков, включая их аллергенные свойства и особенности эволюции. Рассмотрено применение комплекса к анализу последовательностей паразитического червя O. felineus, данным ChIP-seq по профилям связывания транскрипционных факторов в геномах мыши и человека.

Комплекс доступен по адресу: http://www-bionet.sscc.ru/icgenomics.


Об авторах

Ю. Л. Орлов
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


А. О. Брагин
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


И. В. Медведева
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


К. В. Гунбин
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


П. С. Деменков
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


О. В. Вишневский
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


В. Г. Левицкий
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Д. Ю. Ощепков
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Н. Л. Подколодный
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Д. А. Афонников
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


И. Гроссе
Институт информатики, Университет Мартина Лютера, Халле, Германия
Россия


Н. А. Колчанов
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия НИЦ «Курчатовский институт», Москва, Россия
Россия


Список литературы

1. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных // Тр. Междунар. конф. «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященной 100-летию со дня рождения чл.-корр. А.А.Ляпунова. 11–14 октября 2011 г. Новосибирск, Россия. 2011. ПП. 4.7. С. 52–53.

2. Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И. и др. Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина // Докл. АН. 2011. Т. 436. № 3. С. 417–421.

3. Bragin A.O., Demenkov P.S., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides // J. Biomol. Struct. Dyn. 2012. Jul. 18. [Epub ahead of print]

4. Gunbin K.V., Genaev M. A., Afonnikov D. A., Kolchanov N.A. A computer system for the analysis of molecular evolution modes of protein-encoding genes (SAMEM): The relationship between molecular evolution and phenotypic traits // Mosc. Univ. Biol. Sci. Bull. 2010. V. 65. No. 4. P. 142–144.

5. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. Р. 224.

6. Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Pintus S.S. et al. Computer analysis of metagenomic data-prediction of quantitative value of specifi c activity of proteins // Dokl. Biochem. Biophys. 2012. V. 443. P. 76–80.

7. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. Database, P. 183–187.

8. Lee K.L., Lim S.K., Orlov Y.L. et al. Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions // PLoS Genet. 2011. V. 7. Nо. 6. e1002130.

9. Malone B.M., Tan F., Bridges S.M., Peng Z. Comparison of four ChIP-Seq analytical algorithms using rice endosperm H3K27 trimethylation profi ling data // PLoS One. 2011. V. 6. No. 9. e25260.

10. Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L. et al. Translation effi ciency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters // J. Biomol. Struct. Dyn. 2012. Jul. 18. [Epub ahead of print].

11. Medvedeva I., Demenkov P., Kolchanov N., Ivanisenko V. SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40 (Database issue). P. 278–83.

12. Muh H.C., Tong J.C., Tammi M.T. AllerHunter: a SVM-pairwise system for assessment of allergenicity and allergic cross-reactivity in proteins // PLoS One. 2009. V. 4. No. 6. e5861.

13. Putta P., Orlov Yu.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2011. Т. 15. № 4. С. 750–756.

14. Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Analysis of degenerate motifs in the promoters of miRNA genes expressed in different mammalian tissues // Mosc. Univ. Biol. Sci. Bull. 2010. V. 65. No. 4. P. 193–195.

15. Zhang Y., Liu T., Meyer C.A. et al. Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) // Genome Biol. 2008. V. 9. No. 9. R137.


Дополнительные файлы

Просмотров: 151

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)