ICGenonics: ПРОГРАММНЫЙ КОМПЛЕКС АНАЛИЗА СИМВОЛЬНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНОМИКИ

Экспериментальный образец программного комплекса анализа символьных последовательностей геномики (ЭОПК АСПГ) ICGenomics предназначен для хранения, передачи, обработки и анализа данных о символьных последовательностях, полученных в рамках теоретической и прикладной геномики с целью повышения качества вычислительной обработки биологических данных, используемых в биомедицине и биотехнологии. В комплексе реализованы новые оригинальные методы обработки первичных данных высокопроизводительного секвенирования, в том числе данных ChIP-seq, предсказания регуляторных участков генов в нуклеотидных последовательностях, модели расположения нуклеосом, структурно-функциональной аннотации белков, включая их аллергенные свойства и особенности эволюции. Рассмотрено применение комплекса к анализу последовательностей паразитического червя O. felineus, данным ChIP-seq по профилям связывания транскрипционных факторов в геномах мыши и человека.

Комплекс доступен по адресу: http://www-bionet.sscc.ru/icgenomics.

1. Гунбин К.В., Суслов В.В., Афонников Д.А. Генетическая основа макроэволюционных преобразований: исследование режимов молекулярной эволюции ортологичных белков позвоночных и беспозвоночных // Тр. Междунар. конф. «Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики», посвященной 100-летию со дня рождения чл.-корр. А.А.Ляпунова. 11–14 октября 2011 г. Новосибирск, Россия. 2011. ПП. 4.7. С. 52–53.

2. Левицкий В.Г., Ощепков Д.Ю., Ершов Н.И. и др. Разработка методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA, их экспериментальная верификация и использование для анализа данных массовой иммунопреципитации хроматина // Докл. АН. 2011. Т. 436. № 3. С. 417–421.

3. Bragin A.O., Demenkov P.S., Kolchanov N.A., Ivanisenko V.A. Accuracy of protein allergenicity prediction can be improved by taking into account data on allergenic protein discontinuous peptides // J. Biomol. Struct. Dyn. 2012. Jul. 18. [Epub ahead of print]

4. Gunbin K.V., Genaev M. A., Afonnikov D. A., Kolchanov N.A. A computer system for the analysis of molecular evolution modes of protein-encoding genes (SAMEM): The relationship between molecular evolution and phenotypic traits // Mosc. Univ. Biol. Sci. Bull. 2010. V. 65. No. 4. P. 142–144.

5. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. Р. 224.

6. Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Pintus S.S. et al. Computer analysis of metagenomic data-prediction of quantitative value of specifi c activity of proteins // Dokl. Biochem. Biophys. 2012. V. 443. P. 76–80.

7. Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. Database, P. 183–187.

8. Lee K.L., Lim S.K., Orlov Y.L. et al. Graded Nodal/Activin signaling titrates conversion of quantitative phospho-Smad2 levels into qualitative embryonic stem cell fate decisions // PLoS Genet. 2011. V. 7. Nо. 6. e1002130.

9. Malone B.M., Tan F., Bridges S.M., Peng Z. Comparison of four ChIP-Seq analytical algorithms using rice endosperm H3K27 trimethylation profi ling data // PLoS One. 2011. V. 6. No. 9. e25260.

10. Matushkin Y.G., Levitsky V.G., Orlov Y.L. et al. Translation effi ciency in yeasts correlates with nucleosome formation in promoters // J. Biomol. Struct. Dyn. 2012. Jul. 18. [Epub ahead of print].

11. Medvedeva I., Demenkov P., Kolchanov N., Ivanisenko V. SitEx: a computer system for analysis of projections of protein functional sites on eukaryotic genes // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40 (Database issue). P. 278–83.

12. Muh H.C., Tong J.C., Tammi M.T. AllerHunter: a SVM-pairwise system for assessment of allergenicity and allergic cross-reactivity in proteins // PLoS One. 2009. V. 4. No. 6. e5861.

13. Putta P., Orlov Yu.L., Podkolodnyy N.L., Mitra C.K. Relatively conserved common short sequences in transcription factor binding sites and miRNA // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2011. Т. 15. № 4. С. 750–756.

14. Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Analysis of degenerate motifs in the promoters of miRNA genes expressed in different mammalian tissues // Mosc. Univ. Biol. Sci. Bull. 2010. V. 65. No. 4. P. 193–195.

15. Zhang Y., Liu T., Meyer C.A. et al. Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS) // Genome Biol. 2008. V. 9. No. 9. R137.