RatDNA: БАЗА ДАННЫХ МИКРОЧИПОВЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ НА КРЫСАХ ДЛЯ ГЕНОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ СТАРЕНИЯ

Целью создания базы данных является разработка новых экспериментально-технологических подходов для фундаментальных молекулярно-биологических исследований возрастных заболеваний человека на лабораторных животных (крысах) с использованием микрочиповых технологий оценки экспрессии генов. Несмотря на очевидную связь продолжительности жизни с наследственностью и огромное количество биомедицинских исследований процесса старения, сведения о генетических факторах детерминации процессов преждевременного старения крайне ограниченны. Было установлено, что характерные для старения структурно-функциональные изменения сетчатки аналогичны тем, что происходят на ранних стадиях ВМД и лежат в основе патогенеза этого заболевания, но не всегда приводят к его развитию. В базе данных RatDNA собрана информация о генах, ассоциированных с заболеваниями старения, в частности ВМД, и экспериментальные данные об их экспрессии в различных тканях модельной линии крыс. База доступна по адресу: http://pixie.bionet.nsc.ru/ratdna/rat/index.php.

1. Веллинг Л., Томсон Л. Разработка Web-приложений с помощью PHP и MySQL. 3-е изд. М.: Издат. дом «Вильямс», 2008. 880 с.

2. Жданкина А.А., Фурсова А.Ж., Логвинов С.В., Колосова Н.Г. Клинико-морфологические особенности хориоретиальной дегенерации у преждевременно стареющих крыс линии OXYS // Бюл. эксперим. биол. и медицины. 2008. V. 146. № 10. P. 435–438.

3. Колосова Н., Лебедев П., Фурсова А. и др. Преждевременно стареющие крысы OXYS как модель сенильной катаракты человека // Усп. геронтологии. 2003. Т. 12. С. 143–148.

4. Либман Е.С., Толмачев Р.А., Шахова Е.В. Эпидемиологическая характеристика инвалидности вследствие основных форм макулопатий // Матер. II Всерос. семинара «Макула-2006» / Под ред. Ю.А. Иванишко, Ростов-на-Дону, 2006. С. 15–22.

5. Blagosklonny M.V. Why human lifespan is rapidly increasing: solving «longevity riddle» with «revealed-slow-aging » hypothesis // Aging (Albany NY). 2010. V. 2. No. 4. P. 177–182.

6. Bobko A., Sergeeva S., Bagryanskaya E. et al. 19F NMR measurements of NO production in hypertensive ISIAH and OXYS rats // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005. V. 330. No. 2. P. 367–370.

7. Booij J.C., van Soest S., Swagemakers S.M. et al. Functional annotation of the human retinal pigment epithelium transcriptome // BMC Genomics. 2009. V. 20. No. 10. 164.

8. Christensen K., Doblhammer G., Rau R., Vaupel J.W. Ageing populations: the challenges ahead // Lancet. 2009. V. 374. No. 9696. P. 1196–1208.

9. Ehrlich R., Kheradiya N.S., Winston et al. Age-related ocular vascular changes // Graefes Arch. Clin. Exp. Ophthalmol. 2009. V. 247. No. 5. P. 583–591.

10. Gibson G. Microarray analysis: genome-scale hypothesis scanning // PLoS Biol. 2003. V. 1. No. 1. E15.

11. Ishikawa K., Yoshida S., Kadota K. et al. Gene expression profi le of hyperoxic and hypoxic retinas in a mouse model of oxygen-induced retinopathy // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2010. V. 51. No. 8. P. 4307–4319.

12. Kalathur R.K., Gagniere N., Berthommier G. et al. RETINOBASE: a Web database, data mining and analysis platform for gene expression data on retina // BMC Genomics. 2008. V. 9. 208.

13. Katagiri F., Glazebrook J. Pattern discovery in expression profi ling data // Curr. Protoc. Mol. Biol. 2009. Chapter 22:Unit 22.5.

14. Korbolina E.E., Kozhevnikova O.S., Stefanova N.A., Kolosova N.G. Quantitative trait loci on chromosome 1 for cataract and AMD-like retinopathy in senescence-accelerated OXYS rats // Aging (Albany NY). 2012. V. 4. No. 1. P. 49–59.

15. Kurji K.H., Cui J.Z., Lin T. et al. Microarray analysis identifies changes in infl ammatory gene expression in response to amyloid-beta stimulation of cultured human retinal pigment epithelial cells // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2010. V. 51. No. 2. P. 1151–1163.

16. Maier A.B., Westendorp R.G. Relation between replicative senescence of human fi broblasts and life history characteristics // Ageing Res Rev. 2009. V. 8. No. 3. P. 237–243.

17. Markovets A.M., Fursova A.Z., Kolosova N.G. Therapeutic action of the mitochondria-targeted antioxidant SkQ1 on retinopathy in OXYS rats linked with improvement of VEGF and PEDF gene expression // PLoS One. 2011. V. 6. No. 7. e21682.

18. Muraleva N.A., Sadovoĭ M.A., Kolosova N.G. Effect of alendronate on bone tissue status of senescence-accelerated OXYS rats // Adv. Gerontol. 2011. V. 24. No. 1. P. 143–146.

19. Muraleva N.A., Sadovoĭ M.A., Kolosova N.G. Development of osteoporosis in prematurely aging OXYS rats // Adv. Gerontol. 2010. V. 23. Nо. 2. P. 233–242.

20. Obukhova L.A., Skulachev V.P., Kolosova N.G. Mitochondriatargeted antioxidant SkQ1 inhibits age-dependent involution of the thymus in normal and senescence-prone rats // Aging (Albany NY). 2009. V. 1. Nо. 4. P. 389–401.

21. Sander M., Avlund K., Lauritzen M. et al. Aging-from molecules to populations // Mech. Ageing Dev. 2008. V. 129. No. 10. P. 614–623.

22. Shevelev O.B., Rykova V.I., Fedoseeva L.A. et al. Expression of Ext1, Ext2, and heparanase genes in brain of senescence-accelerated OXYS rats in early ontogenesis and during development of neurodegenerative changes // Biochemistry (Mosc). 2012. V. 77. No. 1. P. 56–61.

23. Smith C.P., Steinle J.J. Changes in growth factor expression in normal aging of the rat retina // Exp. Eye Res. 2007. V. 85. No. 6. P. 817–824.

24. Takeda T. Senescence-accelerated mouse (SAM) with special references to neurodegeneration models, SAMP8 and SAMP10 mice // Neurochem. Res. 2009. V. 34. No. 4. P. 639–659.

25. Vaupel J.W. Biodemography of human ageing // Nature. 2010. V. 464. No. 7288. P. 536–542.

26. Yang L., Nie Y.H., Zhou L.H. et al. Microarray profi les on age-related genes in the earlier postnatal rat visual cortex // Chin. Med. J. (Engl). 2011. V. 124. No. 10. P. 1545–1550.

27. Yoshida S., Yashar B.M., Hiriyanna S., Swaroop A. Microarray analysis of gene expression in the aging human retina // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2002. V. 43. No. 8. P. 2554–2560.