МОДЕЛИРОВАНИЕ МОРФОДИНАМИКИ НА РАННИХ СТАДИЯХ ЭМБРИОГЕНЕЗА РАСТЕНИЯ

Полный текст:


Аннотация

Целью работы было изучение динамики формы (морфодинамики) на ранних стадиях развития зародыша Arabidopsis thaliana. В ходе работы была отработана последовательность использования информационных технологий – конвейер процедур – от получения стеков конфокальных снимков и реконструкции по ним трехмерных моделей зародыша до клонального анализа и расчетов механического поведения клеток растущего зародыша. В статье приведены описание конвейера и предварительные результаты.


Об авторах

С. В. Николаев
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Н. А. Колчанов
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия НИЦ «Курчатовский институт», Москва, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


С. К. Голушко
Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН, Новосибирск, Россия
Россия


Ж.-К. Палаки
Национальный институт сельскохозяйственных исследований – Версальский исследовательский центр, Париж, Франция
Франция


О. Урбан
Национальный институт сельскохозяйственных исследований – Центр в Жуи-эн-Жозэс, Париж, Франция
Франция


Е. В. Амелина
Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН, Новосибирск, Россия
Россия


А. В. Юрченко
Федеральное государственное бюджетное учреждение наукиИнститут вычислительных технологий Сибирского отделения Российской академии наук(ИВТ СО РАН)
Россия


К. С. Голушко
Федеральное государственное бюджетное учреждение наукиИнститут вычислительных технологий Сибирского отделения Российской академии наук(ИВТ СО РАН)
Россия


У. С. Зубаирова
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


А. В. Пененко
Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН, Новосибирск, Россия
Россия


А. Трубюй
Национальный институт сельскохозяйственных исследований – Центр в Жуи-эн-Жозэс, Париж, Франция
Франция


Список литературы

1. Болотин В.В., Новичков Ю.Н. Механика многослойных конструкций. М.: Машиностроение, 1980.

2. Голушко С.К., Немировский Ю.В. Прямые и обратные задачи механики упругих композитных пластин и оболочек вращения. М.: Физматлит, 2008.

3. Гонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений. М.: Техносфера, 2006.

4. Препарата Ф., Шеймос М. Вычислительная геометрия: Введение. М.: Мир, 1989.

5. Bao Z., Murray J.I., Boyle T. et al. Automated cell lineage tracing in Caenorhabditis elegans // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2006. V. 103. P. 2707–2712.

6. Buckingham M.E., Meilhac S.M. Tracing cells for tracking cell lineage and clonal behavior // Developm. Cell. 2011. V. 21. P. 394–409.

7. Chanliaud E., Burrows K.M., Jeronimidis G., Gidley M.J. Mechanical properties of primary plant cell wall analogues // Planta. 2002 V. 215. P. 989–996.

8. Fayant P., Girlanda O., Chebli Y. et al. Finite element model of polar growth in pollen tubes // Plant Cell. 2010. V. 22. P. 2579–2593.

9. Fernandez R., Das P., Mirabet V. et al. Imaging plant growth in 4D: robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution // Nat. Meth. 2010. 7. P. 547–553.

10. Handbook of Biological Confocal Microscopy / Ed. J.B. Pawley. Springer, N.Y. 2nd ed. 2006. 988 p.

11. Kretzschmar K., Watt F.M. Lineage Tracing // Cell. 2012. 148. P. 33–45.

12. Laux T., Würschum T., Breuninger H. Genetic regulation of embryonic pattern formation // Plant Cell. 2004. V. 16. Suppl. 1. P. S190–S202.

13. Olivier N., Luengo-Oroz M.A., Duloquin L. et al. Cell lineage reconstruction of early zebrafi sh embryos using label-free nonlinear microscopy // Science. 2010. V. 329. P. 967–971.

14. Truernit E., Bauby H., Dubreucq B. et al. High-resolution whole-mount imaging of three-dimensional tissue organization and gene expression enables the study of phloem development and structure in Arabidopsis // Plant Cell. 2008. V. 20. P. 1494–1503.


Дополнительные файлы

Просмотров: 53

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)