ИНФОРМАЦИОННЫЙ ПОРТАЛ «БИОТЕХНОЛОГИЯ РАСТЕНИЙ» – ИНТЕРНЕТ-РЕСУРС ДЛЯ ПОДДЕРЖКИ ЭКСПЕРИМЕНТОВ В ОБЛАСТИ ГЕННОЙ ИНЖЕНЕРИИ РАСТЕНИЙ, ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ ПШЕНИЦЫ

Разработан Интернет-портал для информационной поддержки проведения НИР в области биотехнологии растений, содержащий специализированные модули (базы данных –БД) и программные компоненты), включая БД внешних информационных ресурсов, БД промоторов для трансгенеза растений, БД трансляционных энхансеров для трансгенеза растений, БД WheatPGE для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений и селекционно-генетических экспериментов на пшенице. Модульная структура позволяет использовать этот ресурс в качестве платформы, к которой могут добавляться новые информационные и программные компоненты. Интернет-ресурс доступен на сайте ИЦиГ СО РАН (http://bioagrotech.bionet.nsc.ru/).

1. Генаев, М.А., Дорошков A.В., Морозова Е.В. и др. Компьютерная система WheatPGE для анализа взаимосвязи фенотип–генотип–окружающая среда у пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2011. Т. 15. С. 784–793.

2. Генаев М.А., Дорошков А.В., Пшеничникова Т.А. и др. Информационная поддержка селекционно-генетического эксперимента у пшеницы в системе WheatPGE // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 410–424.

3. Крупнов В.А., Цапайкин А.П. Опушение листьев пшеницы: генетические и экологические аспекты // С.-х. биология. Сер. «биология растений». 1990. № 1. C. 51–57.

4. Лихенко И.Е. О взаимосвязи опушения органов растений яровой мягкой пшеницы с хозяйственно и биологически ценными признаками в условиях Западной Сибири // Растениеводство и селекция. 2007. № 6. C. 25–31.

5. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012а. Т. 7. № 2. С. 444–460.

6. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Кочетов А.В. Информационная поддержка экспериментов по трансгенезу растений: база данных трансляционных энхансеров // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012б. Т. 16. № 4/1. С. 766–773.

7. Abdeev R.M., Abdeeva I.A., Bruskin S.S. et al. Bacterial thermostable beta-glucanases as a tool for plant functional genomics // Gene. 2009. V. 436. P. 81–89.

8. Ageitos J.M., Vallejo J.A., Veiga-Crespo P., Villa T.G. Oily yeasts as oleaginous cell factories // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2011. V. 90. P. 1219–1227.

9. Ajjawi I., Lu Y., Savage L.J. et al. Large-scale reverse genetics in Arabidopsis: case studies from the Chloroplast 2010 Project // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 529–540.

10. Brachi B., Faure N., Horton M. et al. Linkage and association mapping of Arabidopsis thaliana fl owering time in nature // PLoS Genet. 2010. V. 6. P. e1000940.

11. Bulgakov V.P., Inyushkina Y.V., Fedoreyev S.A. Rosmarinic acid and its derivatives: biotechnology and applications // Crit. Rev. Biotechnol. 2011.

12. Eberius M., Lima-Guerra J. High-Throughput Plant Phenotyping – Data Acquisition, Transformation, and Analysis // Bioinformatics: Tools and Applications / Ed. D. Edwards et al. Springer Science+Business Media, LLC, 2009. P. 259–278.

13. Genaev M.A., Doroshkov A.V., Pshenichnikova T.A. et al. Extraction of quantitative characteristics describing wheat leaf pubescence with a novel image processing technique // Planta. 2012. In press.

14. Golzarian M.R., Frick R.A., Rajendran K. et al. Accurate inference of shoot biomass from high-throughput images of cereal plants // Plant Methods. 2011. V. 7. 2.

15. Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.

16. Hassan S.W., Waheed M.T., Lössl A.G. New areas of plantmade pharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2011. V. 10. P. 151–153.

17. Iyer-Pascuzzi A.S., Symonova O., Mileyko Y. et al. Imaging and analysis platform for automatic phenotyping and trait ranking of plant root systems // Plant Physiol. 2010. V. 152. P. 1148–1157.

18. Kaminuma E., Yoshizumi T., Wada T. et al. Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography // Plant J. 2008. V. 56. P. 470–482.

19. Komarova T.V., Baschieri S., Donini M. et al. Transient expression systems for plant-derived biopharmaceuticals // Expert Rev. Vaccines. 2010. V. 9. P. 859–876.

20. Kumar G.R., Sakthivel K., Sundaram R.M. et al. Allele mining in crops: prospects and potentials // Biotechnol. Adv. 2010. V. 28. P. 451–461.

21. Lee J.M., Davenport G.F., Marshall D. et al. GERMINATE: a generic database for integrating genotypic and phenotypic information for plant genetic resource collections // Plant Physiol. 2005. V. 139. P. 619–631.

22. Lu Y., Savage L.J., Ajjawi I. et al. New connections across pathways and cellular processes: industrialized mutant screening reveals novel associations between diverse phenotypes in Arabidopsis // Plant Physiol. 2008 V. 146. P. 1482–1500.

23. Pritchard L., Birch P. A systems biology perspective on plant-microbe interactions: biochemical and structural targets of pathogen effectors // Plant Sci. 2011. V. 180. P. 584–603.

24. Skryabin K. Do Russia and Eastern Europe need GM plants? // N. Biotechnol. 2010. V. 27. P. 593–595.

25. Smirnova O.G., Ibragimova S.М., Kochetov A.V. Simple database to select promoters for plant transgenesis // Transgenic Res. 2012. 21. Р. 429–437.

26. Vankadavath R.N., Hussain A.J., Bodanapu R. et al. Computer aided data acquisition tool for high-throughput phenotyping of plant populations // Plant Methods. 2009. V. 5. 18.

27. Varshney R.K., Bansal K.C., Aggarwal P.K. et al. Agricultural biotechnology for crop improvement in a variable climate: hope or hype? // Trends Plant Sci. 2011. V. 16. P. 363–371.

28. Wiley P.E., Campbell J.E., McKuin B. Production of biodiesel and biogas from algae: a review of process train options // Water Environ. Res. 2011. V. 83. P. 326–338.