BioInfoWF – СИСТЕМА АВТОМАТИЧЕСКОЙ ГЕНЕРАЦИИ WEB-ИНТЕРФЕЙСОВ И WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ БИОИНФОРМАЦИОННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Полный текст:


Аннотация

В настоящей работе представлена система BioInfoWF для автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для вычислительных модулей в области биоинформатики. Для каждого вычислительного модуля, используемого в этой системе, вводится метаописание на языке XML. На основе метаописаний BioInfoWF автоматически генерируют Web-интерфейсы и Web-сервисы, которые в дальнейшем могут использоваться как в различных биоинформационных системах, так и непосредственно в самой системе BioInfoWF. Вычислительные модули в нашей системе могут объединяться в конвейеры, для которых автоматически генерируется пользовательский Web-интерфейс. Разработанный нами инструмент существенно упрощает разработку и публикацию модулей анализа биоинформатических данных в сети, что обеспечивает их доступность для сообществ биологов и биоинформатиков. Система BioInfoWF распространяется под свободной лицензией GNU GPL. Дистрибутив и пользовательская документация системы BioInfoWF доступны на сайте http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.


Об авторах

М. А. Генаев
Учреждение Российской академии наук Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


Е. Г. Комышев
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)
Россия


К. В. Гунбин
Учреждение Российской академии наук Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


Д. А. Афонников
Учреждение Российской академии наук Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B // Вестн. Томского гос. ун-та. Биология. 2011. 4. С. 175–189.

2. Bhagat J., Tanoh F., Nzuobontane E. et al. BioCatalogue: a universal catalogue of Web services for the life sciences // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 689–694.

3. Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workfl ows and e-Science: An overview of workfl ow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Р. 528–540.

4. Dereeper A., Guignon V., Blanc G. et al. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. Р. 465–469.

5. Fernald G.H., Capriotti E., Daneshjou R. et al. Bioinformatics challenges for personalized medicine // Bioinformatics. 2011. V. 27. Р. 1741–1748.

6. Goble C.A., Bhagat J., Aleksejevs S. et al. myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workfl ows // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 677–682.

7. Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J., Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. 11:R86.

8. Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. In press.

9. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. P. 224.

10. Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.

11. Moore J.H., Asselbergs F.W., Williams S.M. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies // Bioinformatics. 2010. V. 26. Р. 445–455.

12. Oinn T., Addis M., Ferris J. et al. Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workfl ows // Bioinformatics. 2004. V. 20. Р. 3045–3054.

13. Pop M., Salzberg S.L. Bioinformatics challenges of new sequencing technology // Trends Genet. 2008. V. 24. Р. 142–149.

14. Pupko T., Pe’er I., Hasegawa M. et al. A branch-and-bound algorithm for the inference of ancestral amino-acid sequences when the replacement rate varies among sites: Application to the evolution of fi ve gene families // Bioinformatics. 2002. V. 18. Р. 1116–1123.

15. Sánchez R., Serra F., Tárraga J. et al. Phylemon 2.0: a suite of Web-tools for molecular evolution, phylogenetics, phylogenomics and hypotheses testing // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. Р. 470–474.

16. Smith N.G. Are radical and conservative substitution rates useful statistics in molecular evolution? // J. Mol. Evol. 2003. V. 57. Р. 467–478.

17. Zhang J. Rates of conservative and radical nonsynonymous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes // J. Mol. Evol. 2000. V. 50. Nо. 1. P. 56–68.


Дополнительные файлы

Просмотров: 98

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)