BioInfoWF – СИСТЕМА АВТОМАТИЧЕСКОЙ ГЕНЕРАЦИИ WEB-ИНТЕРФЕЙСОВ И WEB-СЕРВИСОВ ДЛЯ БИОИНФОРМАЦИОННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

В настоящей работе представлена система BioInfoWF для автоматической генерации Web-интерфейсов и Web-сервисов для вычислительных модулей в области биоинформатики. Для каждого вычислительного модуля, используемого в этой системе, вводится метаописание на языке XML. На основе метаописаний BioInfoWF автоматически генерируют Web-интерфейсы и Web-сервисы, которые в дальнейшем могут использоваться как в различных биоинформационных системах, так и непосредственно в самой системе BioInfoWF. Вычислительные модули в нашей системе могут объединяться в конвейеры, для которых автоматически генерируется пользовательский Web-интерфейс. Разработанный нами инструмент существенно упрощает разработку и публикацию модулей анализа биоинформатических данных в сети, что обеспечивает их доступность для сообществ биологов и биоинформатиков. Система BioInfoWF распространяется под свободной лицензией GNU GPL. Дистрибутив и пользовательская документация системы BioInfoWF доступны на сайте http://bioinfowf.bionet.nsc.ru.

1. Гунбин К.В., Генаев М.А., Турнаев И.И., Афонников Д.А. Компьютерная система анализа режимов молекулярной эволюции генов и белков: анализ эволюции циклинов B // Вестн. Томского гос. ун-та. Биология. 2011. 4. С. 175–189.

2. Bhagat J., Tanoh F., Nzuobontane E. et al. BioCatalogue: a universal catalogue of Web services for the life sciences // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 689–694.

3. Deelman E., Gannon D., Shields M., Taylor I. Workfl ows and e-Science: An overview of workfl ow system features and capabilities // Future Generation Computer Systems. 2009. V. 25. Р. 528–540.

4. Dereeper A., Guignon V., Blanc G. et al. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. Р. 465–469.

5. Fernald G.H., Capriotti E., Daneshjou R. et al. Bioinformatics challenges for personalized medicine // Bioinformatics. 2011. V. 27. Р. 1741–1748.

6. Goble C.A., Bhagat J., Aleksejevs S. et al. myExperiment: a repository and social network for the sharing of bioinformatics workfl ows // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Р. 677–682.

7. Goecks J., Nekrutenko A., Taylor J., Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences // Genome Biol. 2010. 11:R86.

8. Gunbin K.V., Suslov V.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A. Computer system for analysis of molecular evolution modes (SAMEM): analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree // In Silico Biol. 2012. In press.

9. Gunbin K.V., Suslov V.V., Turnaev I.I. et al. Molecular evolution of cyclin proteins in animals and fungi // BMC Evol. Biol. 2011. V. 11. P. 224.

10. Hartmann A., Czauderna T., Hoffmann R. et al. HTPheno: an image analysis pipeline for high-throughput plant phenotyping // BMC Bioinformatics. 2011. V. 12. P. 148.

11. Moore J.H., Asselbergs F.W., Williams S.M. Bioinformatics challenges for genome-wide association studies // Bioinformatics. 2010. V. 26. Р. 445–455.

12. Oinn T., Addis M., Ferris J. et al. Taverna: a tool for the composition and enactment of bioinformatics workfl ows // Bioinformatics. 2004. V. 20. Р. 3045–3054.

13. Pop M., Salzberg S.L. Bioinformatics challenges of new sequencing technology // Trends Genet. 2008. V. 24. Р. 142–149.

14. Pupko T., Pe’er I., Hasegawa M. et al. A branch-and-bound algorithm for the inference of ancestral amino-acid sequences when the replacement rate varies among sites: Application to the evolution of fi ve gene families // Bioinformatics. 2002. V. 18. Р. 1116–1123.

15. Sánchez R., Serra F., Tárraga J. et al. Phylemon 2.0: a suite of Web-tools for molecular evolution, phylogenetics, phylogenomics and hypotheses testing // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. Р. 470–474.

16. Smith N.G. Are radical and conservative substitution rates useful statistics in molecular evolution? // J. Mol. Evol. 2003. V. 57. Р. 467–478.

17. Zhang J. Rates of conservative and radical nonsynonymous nucleotide substitutions in mammalian nuclear genes // J. Mol. Evol. 2000. V. 50. Nо. 1. P. 56–68.