NETINFERENCE: ПРОГРАММЫ ДЛЯ АНАЛИЗА СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ СЕТЕЙ

Полный текст:


Аннотация

В работе представлен пакет компьютерных программ для анализа структурно-функциональной организации и эволюции во времени биологических, социальных и других сетей. Пакет позволяет исследовать как глобальную архитектуру сетей, так и их локальные свойства, при этом выявлять ключевые регуляторы и структурно-функциональные модули, а также проследить развитие сетей во времени. Работа пакета иллюстрирована на примере нескольких генных сетей, сети соавторства научных публикаций в области биологии и медицины, а также сети терминов и ключевых слов из этой же области знаний.


Об авторах

И. И. Титов
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Россия


А. А. Блинов
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)
Россия


К. А. Рудниченко
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


П. В. Крутов
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)
Россия


А. Л. Казанцев
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" (НГУ)
Россия


А. И. Куликов
Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Alvarez-Buylla E.R., Chaos A., Aldana M. et al. Padillalongoria floral morphogenesis: stochastic explorations of a gene network epigenetic landscape // PLoS ONE. 2008. V. 3. Nо. 11.

2. Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969. V. 22. P. 437–467.

3. McKay B.D., Piperno A. Practical graph isomorphism. II. 2013. 22 p. http://arxiv.org/abs/1301.1493.

4. Newman M.E.J. The structure and functions of complex networks // SIAM Rev. 2003. V. 45. Nо. 2. Р. 167–256.

5. Stepanenko I.L., Titov I.I. Computer analysis of stress response network E. ��с��oli // Proc. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology BGRSSB.10. Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010. Novosibirsk. Р. 278.

6. Wernicke S., Rasche F. FANMOD: a tool for fast network motif detection // Bioinformatics. 2006. V. 22. Nо. 9. P. 1152–1153.

7. Xu X., Yuruk N., Feng Zh., Schweiger T.A.J. SCAN: a structural clustering algorithm for networks // Proc. KDD ‘07 Proc. of the 13th ACM SIGKDD Intern. Conf. on Knowledge discovery and data mining. N.Y., 2007. P. 824–833.


Дополнительные файлы

Просмотров: 167

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)