NETINFERENCE: ПРОГРАММЫ ДЛЯ АНАЛИЗА СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ СЕТЕЙ

В работе представлен пакет компьютерных программ для анализа структурно-функциональной организации и эволюции во времени биологических, социальных и других сетей. Пакет позволяет исследовать как глобальную архитектуру сетей, так и их локальные свойства, при этом выявлять ключевые регуляторы и структурно-функциональные модули, а также проследить развитие сетей во времени. Работа пакета иллюстрирована на примере нескольких генных сетей, сети соавторства научных публикаций в области биологии и медицины, а также сети терминов и ключевых слов из этой же области знаний.

1. Alvarez-Buylla E.R., Chaos A., Aldana M. et al. Padillalongoria floral morphogenesis: stochastic explorations of a gene network epigenetic landscape // PLoS ONE. 2008. V. 3. Nо. 11.

2. Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969. V. 22. P. 437–467.

3. McKay B.D., Piperno A. Practical graph isomorphism. II. 2013. 22 p. http://arxiv.org/abs/1301.1493.

4. Newman M.E.J. The structure and functions of complex networks // SIAM Rev. 2003. V. 45. Nо. 2. Р. 167–256.

5. Stepanenko I.L., Titov I.I. Computer analysis of stress response network E. ��с��oli // Proc. 7th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and StructureSystems Biology BGRSSB.10. Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010. Novosibirsk. Р. 278.

6. Wernicke S., Rasche F. FANMOD: a tool for fast network motif detection // Bioinformatics. 2006. V. 22. Nо. 9. P. 1152–1153.

7. Xu X., Yuruk N., Feng Zh., Schweiger T.A.J. SCAN: a structural clustering algorithm for networks // Proc. KDD ‘07 Proc. of the 13th ACM SIGKDD Intern. Conf. on Knowledge discovery and data mining. N.Y., 2007. P. 824–833.