БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНОМА ШТАММА Geobacillus stearothermophilus 22, ВЫДЕЛЕННОГО ИЗ ГОРЯЧЕГО ИСТОЧНИКА ГАРГА (ПРИБАЙКАЛЬЕ)
Аннотация
Новый штамм Geobacillus stearothermophilus 22 был выделен из термального источника Гарга, расположенного в Баргузинской долине Прибайкалья. Были проанализированы морфологические и биохимические особенности G. stearothermophilus 22, проведено полногеномное секвенирование с последующим биоинформатическим анализом. Показана высокая степень сходства нуклеотидных последовательностей (контигов) анализируемого штамма с геномом бактерии-термофила G. kaustophilus Y412MC52. Охарактеризован протеом выделенной бактерии. Обнаружены ферменты, относящиеся к гемицеллюлазам (эндоксиланаза, бета-ксилозидаза, арабинофуранозидаза), и фермент эндоксиланаза.
При поддержке: Министерство образования и науки Российской Федерации (ГК 14.512.11.0072 от 19.04.2013 г.)
Об авторах
А. С. Розанов
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
Т. В. Иванисенко
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
А. В. Брянская
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
С. В. Шеховцов
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
М. Д. Логачева
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова»
Россия
Россия
О. В. Сайк
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
Т. К. Малуп
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
П. С. Деменков
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
Т. Н. Горячковская
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
В. А. Иванисенко
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
С. Е. Пельтек
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия
Россия
Список литературы
1. Бонч-Осмоловская Е.А., Мирошниченко М.Л., Соколова Т.Г., Слободкин А.И. Термофильные микробные сообщества: новые физиологические группы, новые местообитания // Тр. Ин-та микробиологии им. С.Н. Виноградского. М.: Наука, 2004. Вып. 12.
2. Нетрусова А.И. Практикум по микробиологии. М.: Академия, 2005. 608 с.
3. Brock T.D. Thermophilic microorganisms and life at high temperatures. N.Y.: Springer-Verlag, 1978. 465 p.
4. Cripps R.E., Eley K., Leak D.J. et al. Metabolic engineering of Geobacillus thermoglucosidasius for high yield ethanol production // Metab. Eng. 2009. V. 11. P. 398–408.
5. Kanehisa M., Goto S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes // Nucl. Acids Res. 2000. V. 28. P. 27–30.
6. Kanehisa M., Goto S., Sato Y. et al. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular datasets // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. P. D109–D114.
7. Suzuki H., Yoshida K. Genetic transformation of Geobacillus kaustophilus HTA426 by conjugative transfer of host-mimicking plasmids // J. Microbiol. Biotechnol. 2012. V. 22. P. 1279–1287.
8. Tanimura A., Nakamura T., Watanabe I. et al. Isolation of a novel strain of Candida shehatae for ethanol production at elevated temperature // Springerplus. 2012. V. 4. P. 1–27.
9. Taylor M.P., Esteban C.D., Leak D.J. Development of a versatile shuttle vector for gene expression in Geobacillus ssp. // Plasmid 60. 2008. P. 45–52.
10. Zhu X., Cui J., Feng Y. et al. Metabolic adaption of ethanoltolerant Clostridium thermocellum // PLoS ONE. 2013. V. 8. P. E70631.
Рецензия
Просмотров:
614
Послать статью по эл. почте 