Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

ИССЛЕДОВАНИЕ ВОСПРОИЗВОДИМОСТИ РЕЗУЛЬТАТОВ ИДЕНТИФИКАЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ метода МАЛДИ ВРЕМЯПРОЛЕТНОЙ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ В ЗАВИСИМОСТИ ОТ УСЛОВИЙ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ НА ПРИМЕРЕ Geobacillus stearothermоphilus

Полный текст:

Аннотация

Потребность в быстрых и точных методах идентификации микроорганизмов является насущной проблемой для самых различных сфер человеческой деятельности. Прежде всего это, конечно, касается клинической диагностики, но данные методы востребованы также в экологическом мониторинге, фармацевтической и пищевой промышленности, научных исследованиях и т. д. На сегодняшний день существует множество методов идентификации микроорганизмов (фенотипические, генотипические, хемотаксономические методы, прямое белковое профилирование и др.). В данной работе авторы оценивают влияние различных условий культивирования, таких как температура, время роста и тип питательной среды, на воспроизводимость результатов идентификации микроорганизмов методом МАЛДИ времяпролетной масс-спектрометрии на примере трех штаммов Geobacillus stearothermоphilus.

Об авторах

К. В. Старостин
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Е. А. Демидов
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


А. С. Розанов
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


А. В. Брянская
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


С. Е. Пельтек
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук», Новосибирск, Россия
Россия


Список литературы

1. Böhme K., Fernández-No I.C., Pazos M. et al. Identification and classification of seafood-borne pathogenic and spoilage bacteria: 16S rRNA sequencing versus MALDI-TOF MS fingerprinting // Electrophoresis. 2013. V. 34. No. 6. P. 877–887.

2. Cripps R.E., Elay K., Leak D.J. et al. Metabolic engineering of Geobacillus thermoglucosidasius for high yield ethanol production // Metab. Eng. 2009. V. 11. No. 6. P. 398–408.

3. Dickinson D.N., La Duc M.T., Satomi M. et al. MALDI-TOFMS compared with other polyphasic taxonomy approaches for the identification and classification of Bacillus pumilus spores // J. Microbiol. Meth. 2004. V. 58. No. 1. P. 1–12.

4. Freiwald A., Sauer S. Phylogenetic classification and identification of bacteria by mass spectrometry // Nat. Protoc. 2009. V. 4. No. 5. P. 732–742.

5. Mellmann A., Cloud J., Maier T. et al. Evaluation of matrixassisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry in comparison to 16S rRNA gene sequencing for species identification of nonfermenting bacteria // J. Clin. Microbiol. 2008. V. 46. No. 6. P. 1946–54.

6. Nazina T.N., Tourova T.P., Poltaraus A.B. et al. Taxonomic study of aerobic thermophilic bacilli: descriptions of Geobacillus subterraneus gen. nov., sp. nov. and Geobacillus uzenensis sp. nov. from petroleum reservoirs and transfer of Bacillus stearothermophilus, Bacillus thermocatenulatus, Bacillus thermoleovorans, Bacillus kaustophilus, Bacillus thermoglucosidasius and Bacillus thermodenitrificans to Geobacillus as the new combinations G. stearothermophilus, G. thermocatenulatus, G. thermoleovorans, G. kaustophilus, G. thermoglucosidasius and G. thermodenitrificans // Intern. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. No. 2. P. 433–446.

7. Ruelle V., El Moualij B., Zorzi W. et al. Rapid identification of environmental bacterial strains by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry // Rapid Commun. in Mass Spectrometry: RCM. 2004. V. 18. No. 18. P. 2013–9.

8. Ryzhov V., Fenselau C. Characterization of the protein subset desorbed by MALDI from whole bacterial cells // Analyt. Chem. 2001. V. 73. No. 4. P. 746–50.

9. Valentine N., Wunschel D., Petersen C., Wahl K. Effect of culture conditions on microorganism identification by matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry // Appl. Environmental Microbiol. 2005. V. 71. No. 1. P. 58–64.


Просмотров: 103


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-0462 (Print)
ISSN 2500-3259 (Online)