Генетический анализ на основе гаплотипов: проблемы и перспективы

Аннотация

Возросшая доступность однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), разработанных с помощью технологий секвенирования нового поколения (NGS), позволяет проводить генетические исследования культурных растений, которые ранее были невозможны. Одновременно с этим ученые сталкиваются с необходимостью обработки больших массивов данных, полученных на основе полногеномного скрининга. Сложность обработки и интерпретации экспериментальных данных может быть уменьшена за счет сокращения числа статистических тестов и снижения вероятности ложных ассоциаций путем группировки тысяч SNP в несколько сотен блоков гаплотипов. Благодаря устойчивой структуре генома в селекционных линиях большинства культур, построение гаплотипов может стать мощным дополнением для повышения эффективности маркер- ориентированной и геномной селекции. В настоящем обзоре кратко перечислены подходы, традиционно применяемые для конструирования гаплотипных блоков, а также приведены успешные примеры исследований, проведенных на культурных растениях и животных, по диссекции хозяйственно важных признаков на основе гаплотипного анализа. Представлены выводы и важные заключения, сделанные по результатам изучения генома культурных растений с использованием подхода, основанного на анализе гаплотипов.