Preview

Вавиловский журнал генетики и селекции

Расширенный поиск

Идентификация видов рода Nitraria L. (Nitrariaceae) на основе нуклеотидной изменчивости ядерной рибосомной ДНК

https://doi.org/10.18699/VJ20.640

Аннотация

Проведен сравнительный анализ внутригеномного полиморфизма последовательностей внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1 и ITS2 ядерной рибосомной ДНК у 33 образцов, принадлежащих трем видам Nitraria – N. schoberi, N. sibirica, N. komarovii. Выявлена нуклеотидная изменчивость региона ITS у изученных видов Nitraria в виде однонуклеотидных замен (преимущественно транзиции) и однонуклеотидной делеции. Сведения о нуклеотидной изменчивости фрагментов приводятся впервые нами. Регион ITS1-5.8S-ITS2 у изученных видов Nitraria содержит 17 филогенетически информативных однонуклеотидных замен. В межгенном спейсере ITS1 выявлено 11 однонуклеотидных замен – транзиций (C/T). Спейсер ITS2 содержит 273–274 п.н. и отличается большей консервативностью. Всего в ITS2 у изученных образцов выявлено пять филогенетически информативных однонуклеотидных замен (четыре транзиции: C/T, G/A, одна трансверсия: G/C), одна однонуклеотидная делеция (T/–). Среднее значение содержания G+C составляет 61.5 %. Величина содержания GC-состава ниже у N. sibirica (59.2 %), чем у N. schoberi и N. komarovii (62.7 %). В сравнении с полноразмерным фрагментом ITS, более короткий ITS2 является подходящим молекулярным маркером, дискриминирующим виды, из-за низкой межвидовой изменчивости и одновременно выраженной внутривидовой вариабельности. Филогенетические ML и BI деревья, построенные как отдельно по спейсерам ITS1 и ITS2, так и отдельно по полноразмерному ITS-региону и спейсеру ITS2, оказались конгруэнтны. Полученные результаты по внутривидовой дифференциации N. sibirica позволяют выделить среди образцов этого вида два основных риботипа: основной сибирский sibirica-риботип и основной казахстанский sibirica-риботип. Географические особенности распространения риботипов N. sibirica, а также наличие существенных различий между основными сибирским и казахстанским sibirica-риботипами (три однонуклеотидные замены) свидетельствуют о существенных межпопуляционных различиях и таксономической неоднородности N. sibirica. Вероятнее всего, в настоящее время продолжаются процессы гомогенизации рибосомной ДНК образцов N. sibirica, происхождение которых связано с гибридизацией и видообразованием.

Просмотров: 738


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2500-3259 (Online)