ВАРИАБЕЛЬНОСТЬ ИНТРОНА ПЛАСТИДНОГО ГЕНА TRNL У ВИДОВ FABOIDEAE (СЕМ. FABACEAE)

Интрон, расположенный между первым и вторым нуклеотидами антикодона лейциновой транспортой РНК, является единственным представителем интронов группы I у высших растений. В данной работе впервые охарактеризована последовательность интрона пластидного гена trnL у 16 видов бобовых и построена вероятная вторичная структура всего интрона и отдельных функциональных участков. Выявлен высокий уровень полиморфизма как между родами семейства Fabaceae, так и между видами одного рода. В последовательностях каталитического центра, которые считаются крайне консервативными, были детектированы единичные нуклеотидные замены.

1. Слугина М.А., Снигирь Е.А., Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З. Структура и полиморфизм фрагмента локуса Pain-1, кодирующего вакуолярную инвертазу Solanum // Молекуляр. биология. 2013. T. 47. C. 243–250.

2. Borsch T., Hilu KW., Quandt D., Wilde V., Neinhuis C., Barthlott W. Noncoding plastid trnT-trnF sequences reveal a well resolved phylogeny of basal angiosperms // J. Evol. Biol. 2003. V. 16. P. 558–576.

3. Gielly L., Yuan Y.-M., Kupfer P., Taberlet P. Phylogenetic use of noncoding regions in the genus Gentiana L.: chloroplast trnL (UAA) intron versus nuclear ribosomal internal transcribed spacer sequences // Mol. Phylogenet. Evol. 1996. V. 5. No. 3. P. 460–466.

4. Kupicha F.K. The infrageneric structure of Vicia // Notes from the Royal Botanic Garden. Edinburg. 1976. V. 34. No. 3. P. 287–326.

5. Nielsen H., Johansen S.D. Group I introns // RNA Biology. 2009. V. 6. No. 4. P. 375–383

6. Oskoueiyan R., Osaloo S.K., Maassoumi A.A., Nejadsattari T., Mozaffarian V. Phylogenetic status of Vavilovia formosa (Fabaceae-Fabeae) based on nrDNA ITS and cpDNA sequences // Biochem. Syst. Ecol. 2010. V. 38. P. 313–319.

7. Paquin B., Kathe S.D., Nierzwicki-Bauer S.A., Shub D.A. Origin and evolution of group – I introns in cyanobacterial tRNA genes // J. Bacteriol. 1997. V. 179. P. 6798–6806.

8. Schaefer H., Hechenleitner P., Santos-Guerra A., Menezes de Sequeira M., Pennington R., Kenicer G., Carine M.A. Systematics, biogeography, and character evolution of the legume tribe Fabeae with special focus on the middle-Atlantic island lineages // BMC Evol. Biol. 2012. V. 12. P. 250.

9. Summons R.E., Jahnke L.L., Logan G.A., Hope J.M. 2-Methylhopanoids as biomarkers for cyanobacterial oxygenic photosynthesis // Nature. 1999. V. 398. P. 554–557.

10. Taberlet P., Coissac E., Pompanon F., Gielly L., Miquel C., Valentini A., Vermat T., Corthier G., Brochmann C., Willerslev E. Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding // Nucl. Acids Res. 2007. V. 35. No. 3. e14.

11. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Mol. Biol. Evol. 2011. V. 28. P. 2731–2739.

12. Weeden N.F. Genetic changes accompanying the domestication of Pisum sativum: is there a common genetic basis to the ‘domestication syndrome’ for legumes // Ann. Bot. 2007. V. 100. P. 1017–1025.

13. Won H., Renner S.S. The chloroplast trnT–trnF region in the seed plant lineage Gnetales // J. Mol. Evol. 2005. V. 61. P. 425–436.

14. Yulita K.S. Secondary structures of chloroplast trnL intron in dipterocarpaceae and its implication for the phylogenetic reconstruction // Hayati J. Biosci. 2013. V. 20. No. 1. P. 31–39.

15. Zhou Y., Lu C., Wu Q.-J., Wang Y., Sun Z.-T., Deng J.-C., Zhang Y. GISSD: Group I intron sequence and structure database // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. D31–D37.

16. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucl. Acids Res. 2003. V. 31. P. 3406–3415.