ПОЛНОГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ ПУЛИРОВАННЫХ ВЫБОРОК ДНК КОГОРТ ЧЕЛОВЕКА

Цель работы – разработка, валидация и применение подходов приоритетного скрининга точковых полиморфизмов в эксперименте полногеномного аллелотипирования 16 когорт человека, составленных из больных и здоровых индивидов, по схеме «случай –контроль» на основе пулированных выборок. Генотипирование произведено на платформе Illumina Omni1S, имеющей 1,2 млн маркеров на планшете, выборки в среднем составили 200 человек. При сравнении частот аллелей между когортами патологических и контрольных выборок выявляли наборы полиморфизмов, достоверно отличающиеся друг от друга по частоте. Установлено, что выборки больных индивидов показывают систематические, устойчивые отклонения от здоровых по числу достоверно отличающихся полиморфизмов, дисперсия интенсивности аллелей между повторами одной когорты меньше таковой при случайном выборе пар разных когорт.

1. Abecasis G.R., Auton A. et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. 1000 Genomes Project Consortium // Nature. 2012. V. 491. No. 7422. P. 56–65.

2. Berglund E.C., Lindqvist C.M., Hayat S. et al. Accurate detection of subclonal single nucleotide variants in whole genome amplified and pooled cancer samples using HaloPlex target enrichment // BMC Genomics. 2013. No. 14. P. 856.

3. Bobak M., Richards M., Malyutina S. et al. Association between year of birth and cognitive functions in Russia and the Czech Republic: cross-sectional results of the HAPIEE study // Neuroepidemiology. 2009. V. 33. No. 3. P. 231–239.

4. Gaj P., Maryan N., Hennig E.E. et al. Pooled sample-based GWAS: a cost-effective alternative for identifying colorectal and prostate cancer risk variants in the Polish population // PLoS One. 2012. V. 7. No. 4. P. e35307.

5. Iliadis A., Anastassiou D., Wang X. Fast and accurate haplotype frequency estimation for large haplotype vectors from pooled DNA data // BMC Genet. 2012. V. 13. P. 94.

6. Malyutina S., Bobak M., Kurilovitch S. et al. Relation between heavy and binge drinking and all-cause and cardiovascular mortality in Novosibirsk, Russia: a prospective cohort study // Lancet. 2002. V. 360. No. 9344. P. 1448–1454.

7. Nicholson A., Pikhart H., Pajak A. et al. Socio-economic status over the life-course and depressive symptoms in men and women in Eastern Europe // J. Affect. Disord. 2008. V. 105. No. (1–3). P. 125–136.

8. Ozerov M., Vasemägi A., Wennevik V. et al. Cost-effective genome-wide estimation of allele frequencies from pooled DNA in Atlantic salmon (Salmo salar L.) // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 12.

9. Pajak A., Szafraniec K., Kubinova R. et al. Binge drinking and blood pressure: cross-sectional results of the HAPIEE study // PLoS One. 2013. V. 8. No. 6. P. e65856.

10. Purcell S., Neale B., Todd-Brown K. et al. PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis // American J. Human Genetics. 2007. V. 81. No. 3. P. 559–575.

11. Teumer A., Ernst F.D., Wiechert A. et al. Comparison of genotyping using pooled DNA samples (allelotyping) and individual genotyping using the affymetrix genome-wide human SNP array 6.0 // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 506.

12. Vikhireva O., Pikhart H., Pajak A. et al. Non-fatal injuries in three Central and Eastern European urban population samples: the HAPIEE study // Eur. J. Public Health. 2010. V. 20. No. 6. P. 695–701.

13. Wilkening S., Chen B., Wirtenberger M. et al. Allelotyping of pooled DNA with 250 K SNP microarrays // BMC Genomics. 2007. V. 8. P.77.