VISUALIZATION OF CHROMOSOME-SPECIFIC DNA SEQUENCES BY FLUORESCENCE IN SITU HYBRIDIZATION OF MICRODISSECTION DNA PROBES WITH METAPHASE CHROMOSOMES

Presently, suppression of repetitive DNAsequences (chromosomal in situ suppression hybridization, СISS-hybridization) is used to improve the results of fluorescence in situ hybridization (FISH). However, in some cases the suppression cannot be performed, because sufficient amounts of DNAof some species are not available. This article presents a new approach, which allows visualization of a signal from chromosome-specific DNAsequences by means of computer-assisted analysis of FISH images.

1. Гонсалес Р., Вудс Р. Цифровая обработка изображений. М.: Техносфера, 2005. С. 350–351, 989–991.

2. Журавель И.М. Краткий курс теории обработки изображений. 2012. Доступен на: http://matlab.exponenta.ru/imageprocess/book2/index.php.

3. Карамышева Т.В., Матвеева В.Г., Шорина А.Р., Рубцов Н.Б. Клинический и молекулярно-цитогенетический анализ редкого случая мозаицизма по частичной моносомии 3р и частичной трисомии 10q у человека // Генетика. 2001. Т. 37. № 6. С. 811–816.

4. Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В., Гайнер Т.А. Современные методы молекулярно-цитогенетического анализа и диагностика хромосомных патологий // Геномика – медицине. М.: Академкнига, 2005. С. 219–235.

5. Рубцов Н.Б., Карамышева Т.В. Многоцветие современной цитогенетики или multicolor FISH today // Информ. вестник ВОГиС. 2000. № 1. С. 13–15.

6. Софьер В.А. Компьютерная обработка изображений. Ч. 2.

7. Методы и алгоритмы // Сорос. образоват. журнал. 1996. № 3. С. 111.

8. Третьяк Л.Н. Обработка результатов наблюдений. Оренбург: ГОУ ОГУ, 2004. C. 44–45.

9. Шапиро Л., Стокман Дж. Компьютерное зрение. М.: БИНОМ, 2006. C. 87, 120–124.

10. Calvard S., Ridler T.W. Picture thresholding using an iterative selection method // IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics. 1978. V. 8. No. 8. P. 630–632.

11. Henegariu O., Heerema N., Wright L. et al. Improvements in cytogenetic slide preparation: controlled chromosome spreading, chemical aging and gradual denaturing // Cytometry. 2001. V. 43. P. 101–109.

12. Ji L. Intelligent splitting in the chromosome domain // Pattern Recognition. 1989. V. 22. No. 5. P. 519–532.

13. Lichter P., Cremer T., Borden J. et al. Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization using recombinant DNA libraries // Hum. Genet. 1988. V. 80. No. 3. P. 224–234.

14. Morozkin E.S., Loseva E.M., Karamysheva T.V. et al. A method for generating selective DNA probes for the analysis of C-negative regions in human chromosomes // Cytogenet. Genome Res. 2011. V. 135. No. 1. P. 1–11.

15. Otsu N. A threshold selection method for gray-levels histograms // IEEE Trans. on Pat. Anal. and Machine Int. 1979. V. 13. Р. 583–598.

16. Rubtsov N., Riemann I., Trifonov V. et al. Chromosome microdissection using NIR femtosecond laserpulses and generation of band specific DNA-libraries with DOP-PCR // Cell Mol. Biol. 2000. V. 46. Abstr. 200.

17. Zack G.W., Rogers W.E., Latt S.A. Automatic measurement of sister chromatid exchange frequency // J. Histochem. Cytochem. 1977. V. 25. No. 7. P. 741–753.

18. Zadesenets K.S., Karamysheva T.V., Katokhin A.V. et al. Distribution of repetitive DNA sequences in chromosomes of five opisthorchid species (Trematoda, Opisthorchiidae) // Parasitol. Internat. 2012. V. 61. No. 1. P. 84–86.