Генетический анализ представителя воинской знати из могильника черняховской культуры Дальний (Выдрин) в Курской области

В позднеримский период на территории Восточной Европы происходит обострение военнополитической обстановки как на границе Рима (Римской империи) и Барбарикума, так и внутри них. Значительную роль в динамике этих процессов играла черняховская культурная общность, формирование которой, согласно историко-археологическим данным, происходило при активном участии германских племен, продвинувшихся в этот регион с Северо-Запада Европы, причерноморского оседлого и отчасти степного кочевого населения. Погребальный обряд черняховской культуры предполагает крайне редкое помещение оружия, предположительно, только в могилы представителей воинской знати. В связи с чем антропологический материал из подобных погребений является ценным объектом для археогенетических исследований, позволяющим понять генетическое происхождение представителей воинской элиты черняховского общества. В данной работе мы впервые представляем результаты полногеномного анализа представителя воинской элиты из статусного захоронения черняховской культуры на могильнике Дальний (Выдрин), расположенного на северной границе ареала черняховской культуры. Совокупность археологических данных и проведенного ранее антропологического анализа указывает на то, что погребенный индивид принадлежал к воинской знати периода позднечерняховской культуры, который датируется концом IV в. н. э. С использованием масштабного параллельного секвенирования были определены полногеномные последовательности этого индивида. Показана принадлежность индивида к мужскому полу. Анализ однородительских маркеров свидетельствует о европейском происхождении материнской и отцовской линий исследованного мужчины. На основе анализа аутосомных маркеров мы впервые продемонстрировали генетическую связь этого индивида, представляющего воинское сословие черняховской культуры, с представителями кочевых степных групп: скифов, сарматов и авар. Полученные результаты вносят вклад в понимание сложной картины межэтнических контактов, лежавших в основе формирования населения полиэтничной черняховской общности.

1. Allentoft M.E., Sikora M., Refoyo-Martínez A., Irving-Pease E.K., Fischer A., Barrie W., Ingason A., … Delaneau O., Werge T., Racimo F., Kristiansen K., Willerslev E. Population genomics of post-glacial western Eurasia. Nature. 2024;625(7994):301-311. doi 10.1038/s41586-023-06865-0

2. Amorim C.E.G., Vai S., Posth C., Modi A., Koncz I., Hakenbeck S., La Rocca M.C., … Barbujani G., Krause J., Caramelli D., Geary P.J., Veeramah K.R. Understanding 6th-century barbarian social organization and migration through paleogenomics. Nat Commun. 2018; 9(1):3547. doi 10.1038/s41467-018-06024-4

3. Anastasiadou K., Silva M., Booth T., Speidel L., Audsley T., Barrington C., Buckberry J., … Holst M., Loe L., Armit I., Schulting R., Skoglund P. Detection of chromosomal aneuploidy in ancient genomes. Commun Biol. 2024;7:14. doi 10.1038/s42003-023-05642-z

4. Andreeva T.V., Manakhov A.D., Gusev F.E., Patrikeev A.D., Golovanova L.V., Doronichev V.B., Shirobokov I.G., Rogaev E.I. Genomic analysis of a novel Neanderthal from Mezmaiskaya Cave provides insights into the genetic relationships of Middle Palaeolithic populations. Sci Rep. 2022;12(1):13016. doi 10.1038/s41598-022-16164-9

5. Andreeva T.V., Soshkina A.D., Gusev F.E., Malyarchuk A.B., Dotsenko G.S., Dudko N.A., Plotnikova M.Yu., … Kantorovich A.R., Maslov V.E., Barinov D.G., Dobrovolskaya M.V., Rogaev E.I. Genetic history of Scythia. Sci Adv. 2025;11(30):eads8179. doi 10.1126/sciadv.ads8179

6. Antonio M.L., Weiß C.L., Gao Z., Sawyer S., Oberreiter V., Moots H.M., Spence J.P., … Borić D., Novak M., Coppa A., Pinhasi R., Pritchard J.K. Stable population structure in Europe since the Iron Age, despite high mobility. eLife. 2024;13:e79714. doi 10.7554/eLife.79714

7. Chang C.C., Chow C.C., Tellier L.C., Vattikuti S., Purcell S.M., Lee J.J. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. GigaScience. 2015;4(1):7. doi 10.1186/s13742-015-0047-8

8. Damgaard P.B., Marchi N., Rasmussen S., Peyrot M., Renaud G., Korneliussen T., Moreno-Mayar J.V., … Nielsen R., Sikora M., Heyer E., Kristiansen K., Willerslev E. 137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes. Nature. 2018;557(7705):369-374. doi 10.1038/s41586-018-0094-2

9. Danecek P., Bonfield J.K., Liddle J., Marshall J., Ohan V., Pollard M.O., Whitwham A., Keane T., McCarthy S.A., Davies R.M., Li H. Twelve years of SAMtools and BCFtools. GigaScience. 2021;10(2):giab008. doi 10.1093/gigascience/giab008

10. Ehler E., Novotný J., Juras A., Chyleński M., Moravčík O., Pačes J. AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D29-D32. doi 10.1093/nar/gky843

11. Eltsov N., Volodko N. MtPhyl: Software tool for human mtDNA analysis and phylogeny reconstruction. 2016

12. Emery M.V., Duggan A.T., Murchie T.J., Stark R.J., Klunk J., Hider J., Eaton K., Karpinski E., Schwarcz H.P., Poinar H.N., Prowse T.L. Ancient Roman mitochondrial genomes and isotopes reveal relationships and geographic origins at the local and pan-Mediterranean scales. J Archaeol Sci Rep. 2018;20:200-209. doi 10.1016/j.jasrep.2018.04.036

13. Gansauge M.-T., Meyer M. Single-stranded DNA library preparation for the sequencing of ancient or damaged DNA. Nat Protoc. 2013; 8(4):737-748. doi 10.1038/nprot.2013.038

14. Günther T., Malmström H., Svensson E.M., Omrak A., Sánchez-Quinto F., Kılınç G.M., Krzewińska M., … Lidén K., Skar B., Storå J., Götherström A., Jakobsson M. Population genomics of Mesolithic Scandinavia: investigating early postglacial migration routes and high-latitude adaptation. PLoS Biol. 2018;16(1):e2003703. doi 10.1371/journal.pbio.2003703

15. Haak W., Brandt G., de Jong H.N., Meyer C., Ganslmeier R., Heyd V., Hawkesworth C., Pike A.W.G., Meller H., Alt K.W. Ancient DNA, Strontium isotopes, and osteological analyses shed light on social and kinship organization of the Later Stone Age. Proc Natl Acad Sci. 2008;105(47):18226-18231. doi 10.1073/pnas.0807592105

16. Heather P. The Fall of the Roman Empire: a New History of Rome and the Barbarians. Oxford: Oxford University Press, 2005

17. International Society of Genetic Genealogy (ISOGG v15.73). 2024. URL: https://isogg.org/tree/index.html (accessed 12.24.2025)

18. Järve M., Saag L., Scheib C.L., Pathak A.K., Montinaro F., Pagani L., Flores R., … Metspalu M., Savelev N., Kriiska A., Kivisild T., Villems R. Shifts in the genetic landscape of the Western Eurasian Steppe associated with the beginning and end of the Scythian dominance. Curr Biol. 2019;29(14):2430-2441.e10. doi 10.1016/j.cub.2019.06.019

19. Jónsson H., Ginolhac A., Schubert M., Johnson P.L.F., Orlando L. mapDamage2.0: fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters. Bioinformatics. 2013;29(13):1682-1684. doi 10.1093/bioinformatics/btt193

20. Krzewińska M., Kılınç G.M., Juras A., Koptekin D., Chyleński M., Nikitin A.G., Shcherbakov N., … Dalén L., Sinika V., Jakobsson M., Storå J., Götherström A. Ancient genomes suggest the eastern Pontic-Caspian steppe as the source of western Iron Age nomads. Sci Adv. 2018;4(10):eaat4457. doi 10.1126/sciadv.aat4457

21. Lazaridis I., Patterson N., Mittnik A., Renaud G., Mallick S., Kirsanow K., Sudmant P.H., … Slatkin M., Pääbo S., Kelso J., Reich D., Krause J. Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans. Nature. 2014;513(7518):409-413. doi 10.1038/nature13673

22. Lazaridis I., Mittnik A., Patterson N., Mallick S., Rohland N., Pfrengle S., Furtwängler A., … Stockhammer P., Pinhasi R., Reich D., Krause J., Stamatoyannopoulos G. Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans. Nature. 2017;548(7666):214-218. doi 10.1038/nature23310

23. Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R.; 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009;25(16):2078-2079. doi 10.1093/bioinformatics/btp352

24. Linderholm A., Kılınç G.M., Szczepanek A., Włodarczak P., Jarosz P., Belka Z., Dopieralska J., … Koman W., Rodríguez-Varela R., Storå J., Götherström A., Krzewińska M. Corded Ware cultural complexity uncovered using genomic and isotopic analysis from southeastern Poland. Sci Rep. 2020;10(1):6885. doi 10.1038/s41598-020-63138-w

25. Magomedov B.V. Chernyakhov Сulture. The Problem of Ethnicity. Lublin, 2001;140-143. Available: http://archaeology.ru/Download/Magomedov/Magomedov_2001_Czerniachov_ethnos.pdf (in Russian)

26. Mallick S., Micco A., Mah M., Ringbauer H., Lazaridis I., Olalde I., Patterson N., Reich D. The Allen Ancient DNA Resource (AADR) a curated compendium of ancient human genomes. Sci Data. 2024; 11(1):182. doi 10.1038/s41597-024-03031-7

27. Maróti Z., Neparáczki E., Schütz O., Maár K., Varga G.I.B., Kovács B., Kalmár T., … Gulyás B., Kovacsóczy B.N., Gál S.S., Tomka P., Török T. The genetic origin of Huns, Avars, and conquering Hungarians. Curr Biol. 2022;32(13):2858-2870.e7. doi 10.1016/j.cub.2022.04.093

28. Mathieson I., Lazaridis I., Rohland N., Mallick S., Patterson N., Roodenberg S.A., Harney E., … Anthony D., Lalueza-Fox C., Haak W., Pinhasi R., Reich D. Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians. Nature. 2015;528(7583):499-503. doi 10.1038/nature16152

29. Mathieson I., Alpaslan-Roodenberg S., Posth C., Szécsényi-Nagy A., Rohland N., Mallick S., Olalde I., … Borić D., Bonsall C., Krause J., Pinhasi R., Reich D. The genomic history of southeastern Europe. Nature. 2018;555(7695):197-203. doi 10.1038/nature25778

30. McColl H., Kroonen G., Moreno-Mayar J.V., Seersholm F.V., Scorrano G., Pinotti T., Vimala T., … Nielsen R., Hedeager L., Kristiansen K., Sikora M., Willerslev E. Steppe ancestry in Western Eurasia and the spread of the Germanic languages. bioRxiv. 2024. doi 10.1101/2024.03.13.584607

31. Mouttham N., Klunk J., Kuch M., Fourney R., Poinar H. Surveying the repair of ancient DNA from bones via high-throughput sequencing. BioTechniques. 2015;59(1):19-25. doi 10.2144/000114307

32. Oblomskiy A.M. The Forest-steppe Dnieper Left Bank Area in the Late Roman and Hun Ages (middle III–first half of V centuries A.D.). Moscow: Nauka Publ., 2002 (in Russian)

33. Patterson N., Price A.L., Reich D. Population structure and eigenanalysis. PLoS Genet. 2006;2(12):e190. doi 10.1371/journal.pgen.0020190

34. Picard Tools – By Broad Institute [WWW Document]. 2019. URL https://broadinstitute.github.io/picard/ (accessed 12.1.2025)

35. Poznik G.D. Identifying Y-chromosome haplogroups in arbitrarily large samples of sequenced or genotyped men. bioRxiv. 2016. doi 10.1101/088716

36. Radyush O.A. Armament of 3rd–5th centuries AD from Chernyakhov culture settlements from the Sejm river basin in the Kursk region. Stratum Plus. Archaeol Cultural Anthropol. 2012;4:139-155 (in Russian)

37. Radyush O.A. The Chernyaknov and Kiev cultures: correlations and problems in the interpretation of artifacts in the eastern Dnieper left bank area. In: Early Iron Age in Eurasia from the Turn of Eras to the Middle 1st Millennium A.D.: Dynamics of Cultural Arena Expansion. St. Petersburg: Skifiya-Print Publ., 2018;119-125 (in Russian)

38. Radyush O.A. Top-quality weapon and armor in the eastern Early Slavic world in the 5th–6th centuries. In: Balkans, Danube Region, and Eastern Europe in the Roman and Early Middle Ages. Novi-Sad, 2019;261-288 (in Russian)

39. Radyush O.A. “Sarmatian” elements in the armament of the Chernyakhov culture? (Some controversial issues in the study of weapons of the late Roman period and the beginning of the migration era of peoples in Eastern Europe). Nizhnevolzhskii Arkheologicheskii Vestnik = Lower Volga Archaeological Bulletin. 2023;22(2):126-166. doi 10.15688/nav.jvolsu.2023.2.7 (in Russian)

40. Radyush O.A., Vasil’ev A.A. Burial with weapons at the burial ground of the Chernyakhov culture Dal’niy (Vydrin) in the Kursk region. Nizhnevolzhskii Arkheologicheskii Vestnik = Lower Volga Archaeological Bulletin. 2022;21(2):208-242. doi 10.15688/nav.jvolsu.2022.2.13 (in Russian)

41. Radyush O.A., Reshetova I.K., Rasskazova A.V. Interdisciplinary research of Chernyakhov culture materials of the 4th century AD from the Dal’niy (Vydrin) burial ground in the upper reaches of the Sudzha river. Stratum Plus. Archaeol Cultural Anthropol. 2025;4: 171-220. doi 10.55086/sp254171220 (in Russian)

42. Rasmussen M., Guo X., Wang Y., Lohmueller K.E., Rasmussen S., Albrechtsen A., Skotte L., … Sicheritz-Pontén T., Villems R., Nielsen R., Wang J., Willerslev E. An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia. Science. 2011; 334(6052):94-98. doi 10.1126/science.1211177

43. Renaud G., Slon V., Duggan A.T., Kelso J. Schmutzi: estimation of contamination and endogenous mitochondrial consensus calling for ancient DNA. Genome Biol. 2015:16;224. doi 10.1186/s13059-015-0776-0

44. Rudich T.A. Sarmatians in the Chernyakhov culture according to anthropological data. In: The Goths and Rome. Kiev, Biblioteka Vita Antiqua Publ., 2006;73-86 (in Russian)

45. Rudich T.A. Chernyakhov culture population on the territories betweеn the Danube and Dniester rivers according to the anthropological data. Stratum Plus. Archaeol Cultural Anthropol. 2010;4:223-231 (in Russian)

46. Rudich T.O. Inhabitants of the Middle Dnieper Region in the 1st and 2nd Millennia According to Anthropological Data. Kyiv: Maidan Publ., 2014 (in Ukrainian)

47. Saag L., Laneman M., Varul L., Malve M., Valk H., Razzak M.A., Shirobokov I.G., … Kivisild T., Villems R., Lang V., Metspalu M., Tambets K. The arrival of Siberian ancestry connecting the Eastern Baltic to Uralic speakers further east. Curr Biol. 2019;29(10):1701-1711. e16. doi 10.1016/j.cub.2019.04.026

48. Saag L., Utevska O., Zadnikov S., Shramko I., Gorbenko K., Bandrivskyi M., Pavliv D., … Barrington C., Gilardet A., Macleod R., Skoglund P., Thomas M.G. North Pontic crossroads: mobility in Ukraine from the Bronze Age to the early modern period. Sci Adv. 2025;11(2):eadr0695. doi 10.1126/sciadv.adr0695

49. Schiffels S. stschiff/sequenceTools. 2025

50. Schönherr S., Weissensteiner H., Kronenberg F., Forer L. Haplogrep 3 – an interactive haplogroup classification and analysis platform. Nucleic Acids Res. 2023;51(W1):W263-W268. doi 10.1093/nar/gkad284

51. Schubert M., Ginolhac A., Lindgreen S., Thompson J.F., AL-Rasheid K.A., Willerslev E., Krogh A., Orlando L. Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes. BMC Genomics. 2012;13:178. doi 10.1186/1471-2164-13-178

52. Schubert M., Lindgreen S., Orlando L. AdapterRemoval v2: rapid adapter trimming, identification, and read merging. BMC Res Notes. 2016;9:88. doi 10.1186/s13104-016-1900-2

53. Schütz O., Maróti Z., Tihanyi B., Kiss A.P., Nyerki E., Gînguță A., Kiss P., … Soficaru A.D., Spekker O., Varga S., Neparáczki E., Török T. Unveiling the origins and genetic makeup of the “forgotten people”: a study of the Sarmatian-period population in the Carpathian Basin. Cell. 2025;188(15):4074-4090.e11. doi 10.1016/j.cell.2025.05.009

54. Sedov V.V. The Origin and Early History of Slavs. Moscow: Nauka Publ., 1979 (in Russian)

55. Shchukin M.B. The Gothic Way (Goths, Rome and the Culture of Chernjakhov). Saint-Petersburg, 2005 (in Russian)

56. Skoglund P., Malmström H., Omrak A., Raghavan M., Valdiosera C., Günther T., Hall P., … Apel J., Willerslev E., Storå J., Götherström A., Jakobsson M. Genomic diversity and admixture differs for stone-age Scandinavian foragers and farmers. Science. 2014;344(6185):747- 750. doi 10.1126/science.1253448

57. Stolarek I., Zenczak M., Handschuh L., Juras A., Marcinkowska-Swojak M., Spinek A., Dębski A., Matla M., Kóčka-Krenz H., Piontek J.; Polish Archaeogenomics Consortium Team; Figlerowicz M. Genetic history of East-Central Europe in the first millennium CE. Genome Biol. 2023;24(1):173. doi 10.1186/s13059-023-03013-9

58. Terpilovsky R.V. Kiev and Cherniakhov cultures: the problem of contacts. Stratum Plus. Archaeol Cultural Anthropol. 2000;4:303-311 (in Russian)

59. Underhill P.A., Myres N.M., Rootsi S., Metspalu M., Zhivotovsky L.A., King R.J., Lin A.A., … Majumder P., Rudan P., Primorac D., Villems R., Kivisild T. Separating the post-Glacial coancestry of European and Asian Y chromosomes within haplogroup R1a. Eur J Hum Genet. 2010;18(4):479-484. doi 10.1038/ejhg.2009.194

60. Veeramah K.R., Rott A., Groß M., Van Dorp L., López S., Kirsanow K., Sell C., … Päffgen B., Hellenthal G., Haas-Gebhard B., Harbeck M., Burger J. Population genomic analysis of elongated skulls reveals extensive female-biased immigration in Early Medieval Bavaria. Proc Natl Acad Sci USA. 2018;115(13):3494-3499. doi 10.1073/pnas.1719880115

61. YFull [WWW Document]. 2025. URL https://www.yfull.com/ (accessed 12.1.2025)