ИНФОРМАЦИОННАЯ ПОДДЕРЖКА ЭКСПЕРИМЕНТОВ ПО ТРАНСГЕНЕЗУ РАСТЕНИЙ В БАЗЕ ДАННЫХ ТРАНСЛЯЦИОННЫХ ЭНХАНСЕРОВ

Разработана база данных для подбора трансляционных энхансеров, обеспечивающих дополнительный контроль экспрессии чужеродного гена в растениях на уровне трансляции мРНК. База данных содержит структурированную информацию о локализованных в мРНК трансляционных энхансерах, которые контролируют экспрессию генов на посттранскрипционном уровне. Эта информация полезна для планирования генно-инженерных экспериментов. Использование платформы и интерфейса Sequence Retrieval System позволяет проводить быстрый поиск трансляционных энхансеров с определенными характеристиками и получать нуклеотидные последовательности выбранных энхансеров. База данных доступна по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trsig/.

1. Кочетов А.В., Смирнова О., Ибрагимова С. и др. Информационный портал «Биотехнология растений» – Интернет-ресурс для поддержки экспериментов в области генной инженерии растений, генетики и селекции пшеницы // Вавилов. журн. генет. и селекции. 2012. Т. 16. № 4/1. С. 838–848.

2. Смирнова О.Г., Рассказов Д.А., Афонников Д.А., Кочетов А.В. TGP – база данных промоторов для трансгенеза растений // Матем. биология и биоинформатика. 2012. Т. 7. № 2. С. 444–460.

3. Gallie D.R. The 5’-leader of tobacco mosaic virus promotes translation through enhanced recruitment of eIF4F // Nucl. Acids Res. 2002. V. 30. Nо. 15. P. 3401–3411.

4. Grillo G., Turi A., Licciulli F. et al. UTRdb and UTRsite (RELEASE 2010): a collection of sequences and regulatory motifs of the untranslated regions of eukaryotic mRNAs // Nucl. Acids Res. 2010. V. 38. Database issue. P. D75–D80.

5. Jacobs G.H., Chen A., Stevens S.G. et al. Transterm: a database to aid the analysis of regulatory sequences in mRNAs // Nucl. Acids Res. 2009. V. 37. Database issue. P. D72–D76.

6. Liu Y., Wimmer E., Paul A.V. Cis-acting RNA elements in human and animal plus-strand RNA viruses // Biochim. Biophys. Acta. 2009. V. 1789. Nо. 9/10. P. 495–517.

7. Zdobnov E.M., Lopez R., Apweiler R., Etzold T. The EBI SRS server – recent developments // Bioinformatics. 2002. V. 18. P. 368–373.