ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ЭВОЛЮЦИИ ПРОКАРИОТИЧЕСКИХ СООБЩЕСТВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ПРОГРАММНОГО КОМПЛЕКСА «ГАПЛОИДНЫЙ ЭВОЛЮЦИОННЫЙ КОНСТРУКТОР»

В работе приведены результаты разработки высокопроизводительной версии программного комплекса «Гаплоидный эволюционный конструктор» (http://evol-constructor.bionet.nsc.ru), предназначенного для моделирования функционирования и эволюции прокариотических сообществ. Разработана параллельная версия программы, предназначенная для работы на высокопроизводительных кластерах с поддержкой MPI. Оказалось, что общее ускорение параллельной версии программного комплекса почти линейно зависит от числа используемых процессоров, и время расчета сложных моделей сообществ на кластере ЦКП «Биоинформатика» СО РАН уменьшилось с десятков часов до нескольких минут.

1. Заварзин Г.А. Лекции по природоведческой микробиологии. М.: Наука, 2003. С. 348.

2. Корнеев В.Д. Параллельное программирование в MPI. 2-е изд. испр. Новосибирск: ИВМиМГ СО РАН, 2002. 215 с.

3. Лашин C.А., Суслов В.В., Матушкин Ю.Г. Моделирование эволюции трофически замкнутых сообществ с компенсаторным и некомпенсаторным метаболизмом // Информ. вестник ВОГиС. 2009. Т. 13. № 1. С. 150–158.

4. Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Эволюционные тренды в системах «Прокариотическое сообщество» и «Прокариотическое сообщество–фаг» // Генетика. 2011. Т. 47. № 12. С. 1676–1685.

5. Lashin S.A., Matushkin Yu.G. Haploid evolutionary constructor: new features and further challenges // In Silico. Biol. 2012. V. 11. Nо. 3. P. 125–135.

6. Lashin S.A., Matushkin Yu.G., Suslov V.V., Kolchanov N.A. Computer modeling of genome complexity variation trends in prokaryotic communities under varying habitat conditions // Ecol. Modelling. 2012. V. 224. No. 1. Р. 124–129.

7. Wang G., Post W.M. A theoretical reassessment of microbial maintenance and implications for microbial ecology modeling // FEMS Microbiol. Ecol. 2012. Sep;81(3):610-7. doi: 10.1111/j.1574-6941.2012.01389.x. Epub 2012 Apr 30. (ссылка в пабмед: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22500928).