Оригинальный русский текст: https://vavilovj-icg.ru/2016-year/20-1/
ГЕНЕТИКА ЧЕЛОВЕКА
Потеря слуха, обусловленная как средовыми, так и генетическими причинами, в той или иной степени затрагивает более чем 10 % населения мира, приводит к инвалидности и существенно снижает качество жизни глухих людей. В среднем 1 из 1 000 новорожденных рождается глухим, и в 50–60 % случаев патология имеет генетическую причину. Несиндромальная наследственная потеря слуха – моногенное заболевание с уникально высокой генетической гетерогенностью. Частота форм «генетической глухоты» варьирует в разных регионах мира и может определяться, как и для многих других моногенных заболеваний, этническим составом населения, изоляцией, эффектами основателя и «бутылочного горлышка», долей близкородственных браков, возможным селективным преимуществом гетерозигот. Предполагается, что в распространенности наиболее частой генетической формы потери слуха, обусловленной мутациями гена GJB2 (Сx26), важную роль играли и определенные социальные факторы: долговременная традиция заключения ассортативных браков между глухими людьми в сочетании с ростом их социальной адаптации и биологической приспособленности (genetic fitness). Стартом для этих событий явился «прорыв» глубокой социальной изоляции глухих людей, произошедший около 300 лет назад, когда в Европе (а позднее и в США) возникли школы для глухих с обучением жестовому языку как единому средству коммуникации (лингвистическая гомогамия). Компьютерное моделирование и сравнительное ретроспективное исследование показали, что в США за 200-летний период эти социальные процессы могли привести к удвоению частоты глухоты, обусловленной мутациями гена GJB2. Сведения о социально-демографической структуре сообществ глухих людей в прошлом крайне ограничены практически полным отсутствием соответствующих архивных данных. Тем не менее изучение социально-демографических и медико-генетических характеристик современных сообществ глухих людей имеет важное значение как для прогнозирования распространенности различных форм наследственной глухоты, так и понимания роли социальных факторов в эволюционных процессах, происходящих в популяциях человека.
Генетика человека
Был исследован полиморфизм гена цитохрома Р450 CYP1A1 – вариант CYP1A1*2С (Ile462Val, rs1048943). В результате этой замены активность фермента повышается в два раза, что приводит к накоплению реактивных интермедиатов и резко увеличивает возможность мутационных изменений ДНК и химически индуцируемого канцерогенеза. Известно, что носительство варианта 462Val может являться фактором риска развития ряда онкологических и других мультифакториальных заболеваний. Исследование проведено в популяциях тундровых ненцев Пуровского района Ямало-Ненецкого автономного округа (n = 271), нганасан Таймыра (n = 186) и русских, проживающих на севере Сибири (n = 267). В изученных выборках отсутствовали потомки от смешанных браков. Генотипирование проводили с помощью ПЦР в режиме реального времени с использованием конкурирующих TaqMan-зондов. Частота варианта 462Val в выборке тундровых ненцев составила 23,8 % (95 %-й доверительный интервал 20,4–27,6 %), что соответствует диапазону частот, встречающихся в популяциях восточной Азии, и выше значений, характерных для европеоидных популяций. В выборке русских Сибири частота аллеля 462Val составила 5,8 % (95 %-й доверительный интервал 4,1–8,1 %), что соответствует частоте этого варианта в европеоидных популяциях. В выборке нганасан частота варианта 462Val составила 39,0 % (95 %-й доверительный интервал 34,2–44,0 %) – это достоверно выше частот, характерных для популяций Европы, Африки и Азии. Близкими к нганасанам по частоте аллеля 462Val оказались лишь эскимосы (инуиты) Гренландии, индейцы Америки, а также южные китайцы. Таким образом, в популяциях тундровых ненцев и нганасан аллель CYP1A1 462Val встречается с высокой частотой, превышающей значения, характерные для европеоидных популяций. Широкое распространение данного варианта может указывать на наличие популяционного риска развития заболеваний, в патогенезе которых принимает участие данный генетический полиморфизм, особенно при изменениях традиционного уклада жизни, заключающегося в проникновении в среду обитания северных этносов ранее не встречающихся экотоксикантов.
Многими исследователями отмечается перспективность исследования гена EPAS1 как возможного предиктора спортивной успешности в свете его влияния на процессы доставки и потребления кислорода. Несмотря на это, в современной научной литературе данные о влиянии замен EPAS1 на успешность в различных видах спорта крайне малочисленны и противоречивы. Целью настоящего исследования явилось изучение генетического отбора по полиморфной системе гена EPAS1 (rs1867785) в группе спортсменов-мужчин, занимающихся самбо. В рамках исследования были обследованы 312 испытуемых этнических русских в возрасте от 18 до 30 лет. Из них 92 человека представляют контрольную группу не занимающихся спортом и 220 человек – спортсмены, профессионально занимающиеся борьбой самбо. Для каждого испытуемого, участвовавшего в исследовании, был определен генотип по однонуклеотидному полиморфизму G/A гена EPAS1. Анализ частот встречаемости генотипов EPAS1 в группе спортсменов, занимающихся борьбой самбо, и контрольной группе неспортсменов выявил статистически достоверные различия. В группе спортсменов обнаружено увеличение частоты встречаемости генотипов АА и AG гена EPAS1 (χ2 = 8,68; p = 0,01). Таким образом, в целом для группы спортсменов, занимающихся борьбой самбо и достигших достаточно высокого уровня спортивного мастерства, характерно наличие в генотипе минорного А-аллеля гена EPAS1. Отношение шансов (OR), рассчитанное для данной группы, составило OR = 1,800 (95 % CI 1,227–2,641), что свидетельствует о преимуществе спортсменов-носителей А-аллеля гена EPAS1 перед носителями G-аллеля. Для группы единоборцев, достигших наивысшей спортивной квалификации, по сравнению с неспортсменами OR составило 1,990 (95 % CI 1,195–3,313). Полученные данные свидетельствуют о наличии направленного генетического отбора носителей А- аллеля EPAS1 среди борцов самбо.
ГЕНЕТИКА ЖИВОТНЫХ
В настоящей работе на организменном уровне рассмотрены признаки дестабилизации при селекции крыс на кататонический тип реагирования. Использована уникальная линия крыс ГК (генетическая кататония), в которую отбирали животных с длительным периодом пассивно-оборонительной реакции застывания. Целью данной работы было выявление признаков дестабилизации при отборе в линию крыс ГК по поведенческим и соматовегетативным параметрам. На поведенческом уровне дестабилизация проявилась в агрессивных реакциях по отношению к человеку (тест «на перчатку »). Был выявлен факт изменения уровня кортикостерона у крыс ГК: в состоянии покоя содержание этого гормона в фекалиях было снижено, а при взятии животных в руки оказалось повышенным. В метаболической системе обнаружено снижение энергетических запасов на углеводном (по содержанию глюкозы в крови), а также липидном (по содержанию триглицеридов) уровнях. Однако по концентрации в крови инсулина, влияющего на транспорт глюкозы через мембрану клетки, межлинейных различий не было обнаружено. Также мы не получили различий между крысами Вистар и ГК по уровню другого вида липидов – холестерина, который играет важную роль как в энергетическом, так и пластическом обмене. Сопутствующим эффектом при селекции на кататонию явилось ухудшенное состояние шерстного покрова у крыс линии ГК. По общему показателю физического развития – массе тела – крысы кататонической линии отстают от крыс из исходной популяции Вистар как в неонатальном периоде, так и во взрослом состоянии. Все эти изменения указывают на модификацию поведенческих и соматовегетативных паттернов и свидетельствуют об усилении пассивно-оборонительной компоненты при селекции крыс линии ГК.
Одним из важнейших направлений исследований в области биологии и частной генетики сельскохозяйственных животных является идентификация генов, контролирующих проявление признаков, имеющих значение для практического использования в животноводстве. Для большинства этих признаков характерна широкая вариабельность регуляции экспрессии генов в отдельных локусах, которые называются локусами количественных признаков (QTL). Яйцо домашней птицы вызывало научный интерес на протяжении десятилетий в связи с его важностью для воспроизводства птицы, а также широкого применения в фармацевтической, косметической и пищевой промышленности. Выведение линий кур и кроссов является необходимым этапом для получения заданных признаков качества яйца. Результаты данной работы рекомендуется использовать при создании систем молекулярных маркеров для маркерной селекции несушек и получения новых линий и кроссов несушек с большей массой яйца. По сравнению с существующими традиционными системами селекции несушек по этому признаку маркерная селекция позволит исключить оценку генотипа петухов по потомству, что даст возможность существенно сократить время селекционной работы. Система маркеров будет представлять собой набор праймеров для выявления аллелей генов, оказывающих существенное влияние на указанный признак. Применение высокоэффективных систем молекулярных маркеров для прямой селекции по признакам яйца домашней курицы позволит добиться существенного прогресса в биотехнологии домашней птицы, избежать необходимости приобретения аналогичных систем зарубежного производства. В результате проведенной работы исследовали влияние гена конденсина NCAPG на признаки качества яйца домашней курицы. Обнаружены ассоциации аллелей SNP-маркера rs14491030, локализованного в экзоне 8 гена NCAPG, с признаком «вес яйца», p < 0,001, а также с упругой деформацией скорлупы яйца, р < 0,026. Выявлено, что однонуклеотидная несинонимичная замена аллеля A на G приводит к достоверному увеличению веса яйца. Этот маркер может быть рекомендован для использования в селекции кур-несушек. Расчеты относительной приспособленности генотипов SNP-маркера rs14491030 свидетельствуют в пользу естественного отбора гетерозигот. Полученные результаты обсуждаются в связи с ролью комплекса конденсина I в компактизации хроматина и сегрегации хромосом.
Поиск однонуклеотидных замен (SNP) в гене миостатина является перспективным направлением исследований, так как этот ген вовлечен в формирование важных биологических и продуктивных свойств у кур. С помощью метода ПЦР-ПДРФ проведен анализ частот аллелей и генотипов у кур породы корниш промышленной линии Г5 кросса «Смена-8». Использовали две пары праймеров, позволяющих получить ПЦР-продукт в участке гена миостатина. Рассмотрены две однонуклеотидные замены в экзоне 1 гена миостатина: G/A в положении MST2109 и G/С в положении MST2244. По частоте встречаемости обнаружено существенное преобладание в локусе MST2244 дезоксинуклеозидтрифосфата G над С и в локусе MST2109 – A над G. Различий по показателям продуктивности между генотипами при замене MST2109 обнаружено не было. При анализе аллельного разнообразия по локусу MST2244 обнаружены достоверные различия по живой массе цыплят в возрасте 7 дней между генотипами CC и G2G2 (p < 0,01), CG2 и G2G2 (p < 0,05). Особи с генотипом G2G2 (203,52 г) превосходили животных с генотипами СС (179,5 г) и CG2 (193,95 г) по живой массе в 7 дней. Выявлены различия между генотипами СС и G2G2 по живой массе в 33 дня (p < 0,05). Таким образом, проведенные исследования позволили оценить частоту встречаемости аллелей в гене миостатина линии Г5 породы корниш. Установленные закономерности дадут возможность учитывать определенные генотипы кур по гену миостатина для ускорения селекционного процесса.
ГЕНЕТИКА РАСТЕНИЙ
Для характеристики геномов 20 сортов мягкой пшеницы, созданных в различных регионах России, были использованы молекулярно-генетический и молекулярно-цитологический подходы. Молекулярно-генетический анализ проводился с применением 29 SSR-маркеров, охватывающих весь геном, и 41 ISBP-маркера, локализованного на хромосоме 5В. Анализ генетического сходства, проведенный на основании результатов молекулярного генотипирования, показал, что озимые пшеницы образуют общий кластер независимо от происхождения и зоны возделывания. Это, в первую очередь, объясняется тем, что при создании озимых сортов для Западно-Cибирского региона привлекались формы, происходящие из европейской части России. Сравнительный анализ индивидуальных дендрограмм, построенных на основании данных по одному–двум маркерам на каждую хромосому и с привлечением большего числа маркеров по хромосоме 5В, позволяет, помимо оценки генетического разнообразия, идентифицировать сорта, имеющие перестройки по изучаемой хромосоме. Показана кластеризация озимой
пшеницы Васса с яровым сортом Челяба 75, что может быть косвенным подтверждением использования озимых форм в селекции для повышения потенциала продуктивности яровой пшеницы. В результате молекулярно-цитологического анализа методами C-бэндинга и FISH у 8 из 20 изученных сортов были выявлены различные хромосомные перестройки, в том числе интрогрессии, происходящие от S. cereale, Ae. speltoides и Th. intermedium. Таким образом, сочетание двух подходов позволило более полно охарактеризовать геномные особенности сортового материала мягкой пшеницы различного происхождения.
Капуста белокочанная как перекрестноопыляющаяся культура характеризуется высоким уровнем внутривидовой гетерогенности, что обусловливает трудности при создании генетически однородного материала и поддержании его чистоты. Одним из наиболее эффективных инструментов оценки генетического полиморфизма являются микросателлиты, которые относятся к высокополиморфным маркерам растительных геномов. Среди них наибольший интерес представляют EST-SSR, которые непосредственно связаны с экспрессирующимися областями и широко используются для анализа генетического разнообразия и структуры популяций. В связи с этим было проведено изучение эффективности использования трансферабельных EST-SSR- маркеров для межсортовой дифференциации и типирования индивидуальных растений B. oleracea var. capitata. В результате дана характеристика информативности 15 микросателлитных локусов. Определены эффективные мультиаллельные маркеры Bo20TR, BoDCTD4, BoPC34, BoPLD1, BoCalc, BoPC15 c высоким уровнем информационного содержания (PIC > 0,7), которые могут успешно использоваться для анализа меж- и внутрисортового полиморфизма B. oleracea var. capitata, включая типирование индивидуальных растений. На основе оценки аллельного состава SSR-локусов установлена генетическая структура селекционной коллекции капусты белокочанной и показано, что большинство экспериментальных форм, несмотря на различное происхождение, имеют общую предковую генетическую основу. Определены доноры редких аллелей, которые могут служить источником ценных генетических сегрегаций для селекционного улучшения капусты белокочанной. Показано, что межсортовой полиморфизм, выраженный в аллельном разнообразии изученных SSR-локусов, в значительной мере облегчает сортовую идентификацию и типирование индивидуальных растений при селекции. Полученная информация является основой для селекционного отбора генетически выровненного материала, а также дивергентных комбинаций скрещивания при селекции на гетерозис.
Функциональная генетика и генотоксикология. ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Белок Pnut дрозофилы принадлежит к семейству септинов – консервативных ГТФаз, участвующих в цитокинезе и других фундаментальных клеточных процессах. В связи с их способностью формировать комплексы, которые могут затем полимеризоваться в филаменты, а также на основе их взаимодействия с клеточной мембраной и выполняемыми функциями септины стали рассматривать как четвертую составляющую цитоскелета наряду с актином, микротрубочками и промежуточными филаментами. Однако в отличие от других цитоскелетных компонентов септины изучены гораздо слабее. Ранее нами было показано, что удаление септина, кодируемого геном peanut (pnut), в соматических тканях приводит к аномалиям митоза. Задачей данной работы было выяснение роли pnut в сперматогенезе дрозофилы. Нами была получена плазмидная конструкция для РНК-интерференции pnut, позволяющая эктопически подавлять экспрессию данного гена. Был исследован сперматогенез при подавлении экспрессии гена pnut при помощи РНК-интерференции. Установлено, что чувствительными к РНК-интерференции гена pnut являются генеративные клетки на самых ранних этапах сперматогенеза: снижение уровня экспрессии данного гена в генеративных клетках семенников на этих стадиях приводило к стерильности самцов, причиной которой является неподвижность спермиев. При этом в семенниках таких стерильных самцов не обнаружено сколь-нибудь значимых нарушений мейоза и последующего морфогенеза, структура аксонемы и митохондрий спермиев нормальная. Также проанализирован сперматогенез у мутантов по различным доменам белка Pnut на фоне нуль-аллеля. Показано, что мутации в ГТФазном домене приводят к нарушениям элонгации цист. У мутантов с делецией С-концевого домена обнаруживаются нарушения в морфологии семенника. Для обоих классов мутантов также показаны неподвижность спермиев и стерильность самцов. Таким образом, выявлено участие Pnut в спермиогенезе – заключительных этапах сперматогенеза, на которых происходит изменение морфологии сперматоцитов.
Основным способом контроля численности вредителей остается обработка химическими инсектицидами. Эффективность применения инсектицидов снижается из-за формирования резистентности в популяциях вредителей. Это особенно актуальная проблема при борьбе с колорадским жуком. Для замедления развития устойчивости к химическим препаратам предлагаются разные стратегии применения инсектицидов. На основе данных комплексного многолетнего исследования нами была предложена гипотеза замедления развития устойчивости за счет применения пониженных доз инсектицидов. Мы построили прогностическую дискретную генетическую модель развития устойчивости в популяциях колорадского жука для проверки нашей гипотезы. Модель, основанная на классических уравнениях популяционной генетики, была дополнена действием различных факторов. Расчеты коэффициентов выживаемости особей колорадского жука велись с учетом статистических закономерностей распределения дозы токсического вещества после обработок инсектицидами. Используя логнормальное распределение, мы рассчитали коэффициенты выживаемости разных генотипов при изменении дозы обработки инсектицидами в два и более раз. Дополнительно ввели в модель фактор дифференцированной смертности во время зимовки. Использование данных об изменении соотношения встречаемости фенетических маркеров неспецифической устойчивости к факторам среды позволило провести расчеты модели с опосредованными межгенными взаимодействиями. На данной модели были проверены различные гипотезы в разработке стратегии преодоления резистентности. Расчеты показали, что применение минимально эффективных доз инсектицидов (пониженных доз) приводит к замедлению увеличения доли резистентных особей в популяциях колорадского жука на пару сезонов. При чередовании применения инсектицидов из разных химических классов устойчивость развивается гораздо медленнее. Наиболее оптимальной стратегией являются межсезонное чередование применения инсектицидов разных химических классов и обработка пониженными дозами.
Функциональная генетика и генотоксикология. ОБЗОР
В статье описан соматический мутационный и рекомбинационный тест (Somatic Mutation and Recombination Test, SMART) на клетках крыла Drosophila melanogaster, который может быть использован для оценки влияния на геном различных факторов: физических (температура, разные типы радиоактивного излучения, электромагнитные поля), биогенных (генетические, физиологические, инфекционные) и широкого спектра химических соединений. Метод SMART используется как вариант метода in vivo при оценке мутагенных и промутагенных свойств пищевых добавок и продуктов, при скрининге потенциальных лекарственных и косметических препаратов, поллютантов окружающей среды. В основе метода лежит действие изучаемого агента на геном активно делящихся клеток крылового имагинального диска личинки, гетерозиготной по рецессивным мутациям, маркирующим клетку крыла. Мутации локализованы на левом плече хромосомы 3 – multi wing hairs (mwh; 3 – 0,3) и flare (flr; 3 – 38,8), что позволяет выявлять у гетерозигот по этим локусам как мутационные, так и рекомбинационные события. Крыло Drosophila melanogaster содержит 24 400 клеток, расположенных в два слоя, и в норме каждая клетка крыла имеет одну ворсинку. Рекомбинационное или мутационное событие в клетке приводит к образованию мутантных пятен / клонов, видимых при микроскопическом анализе поверхности крыловой пластинки. Наряду с тем, что в основе системы детоксикации дрозофилы и млекопитающих лежит действие цитохрома Р450, к достоинствам метода SMART относится существование модификаций теста с повышенным уровнем экспрессии цитохрома Р450, позволяющих более надежно экстраполировать результаты тестирования на млекопитающих. Подробные рекомендации по использованию метода SMART на клетках крыла Drosophila melanogaster, представленные в работе, могут применяться как методическое пособие в практике и учебных целях.
Клеточная биология. ОБЗОР
Гистоны, основные белковые компоненты хроматина, подвергаются посттрансляционным модификациям, которые влияют на особенности структурно-функциональной организации хромосом. Самыми распространенными посттрансляционными модификациями являются фосфорилирование, метилирование, ацетилирование и убиквитинирование. Фосфорилирование гистонов происходит в основном на N-концевых доменах серинов (Ser) и треонинов (Thr) и задействовано в регуляции различных процессов в митотическом и мейотическом делениях. На сегодняшний день показано, что данный вид модификации
необходим для активации транскрипции, репарации разрывов ДНК, рекомбинации, а также для конденсации и расхождения хромосом. Среди четырех основных гистонов для гистона H3 характерно наличие большего числа сайтов модификации. У растений наиболее хорошо изучено фосфорилирование гистона H3 по серину в 10-м и 28-м положениях и треонину в 3, 11, 32 и 133-м положениях. В обзоре собраны известные на настоящий момент данные о пространственно-временном распределении фосфорилирования Н3 по серину в 10-м положении (phH3Ser10) в митозе и мейозе у разных видов растений. Для большинства видов характерно фосфорилирование только прицентромерных районов в митозе и во втором делении мейоза, и по всей длине хромосом – в первом делении мейоза. Однако существуют исключения в распределении phH3Ser10 у мхов и в роде цеструм (Cestrum), а также у видов с голоцентрическими хромосомами. Встречаются противоречивые данные по распределению phH3Ser10 в митозе и мейозе у одних и тех же видов. Функциональное значение phH3Ser10 в клеточном делении у растений связывают с активностью центромеры, когезией центромер и сестринских хроматид и сегрегацией хромосом. Обсуждается участие известных на данный момент кандидатов киназ и фосфатаз в динамике фосфорилирования Н3Ser10. Обзор дает общее представление о роли модификации phН3Ser10 в делении и расхождении хромосом в митозе и мейозе.